Уже несколько десятков лет продолжалась вяло текущая война за Далмацию между венецианцами и королями Венгрии. Бела III в 1186 г. овладел тамошним ключевым городом Зара (Задар) с помощью восставших жителей. Дож Энрико Дандоло предложил отсрочить выплату долга, если крестоносцы согласятся его отвоевать. Город служил убежищем морским разбойникам и причинял большой ущерб венецианской торговле, однако принадлежал христианскому королю, который готовился принять участие в крестовом походе. Папа, услышав об этом, отправил посланцев с запретом нападать на город. Но Бонифаций, который летом безрезультатно ездил к папе за дополнительными средствами, вместе с подавляющим большинством крестоносцев принял предложение Энрико. Сопротивление оппозиции было преодолено. Как только венецианцы и крестоносцы пришли к соглашению о нападении на Зару, в соборе Святого Марка состоялась праздничная церемония, на которой дож и большое количество венецианцев приняли крест.
8 ноября флот вышел в море из Венеции и через два дня, 10 ноября, прибыл к Заре. Была прорвана цепь, загораживавшая гавань, и крестоносцы высадились на берег. Жители Зары отправили посланцев к нападавшим и предъявили им папские письма, запрещавшие наносить городу вред под угрозой отлучения от церкви. Однако дож, ненавидевший жителей города за измену, сказал, что даже отлучение не остановит его. Часть западных крестоносцев отказалась принимать участие в осаде, некоторые возвратились домой. Однако большинство в предвкушении добычи присоединилось к венецианцам. 24 ноября, после ожесточенного штурма, продолжавшегося пять дней, город сдался. Он был разграблен, стены его снесены, жители по большей части изгнаны. Во время дележа добычи дело дошло до потасовки между крестоносцами и венецианцами. «И столь великая разгорелась схватка, что на каждой улице бились воины мечами, копьями, арбалетами и дротиками, и множество было убитых и раненых. Так прошла большая часть ночи, и с большим трудом бившихся все же разняли» (Жофруа де Виллардуэн).
Так как на море поднялись зимние шторма, решили перезимовать в Заре. Город был поделен пополам между венецианцами и крестоносцами. К папе отправилась миссия крестоносцев с объяснением случившегося. Папа отлучил всю армию от церкви, правда, затем снял отлучение с французов и германцев, учитывая их безвыходное положение, оставив отлученными венецианцев. При этом папа позволил крестоносцам поддерживать отношения с отлученными, чтобы первые смогли и далее использовать венецианский флот. Папа запретил в дальнейшем крестоносцам нападать на христиан. Он всеми силами хотел спасти свой крестовый поход и поступился принципами, не подвергнув крестоносцев решительному осуждению. В перспективе это нанесло огромный вред всему движению крестовых походов.
На рубеже 1202/03 гг. в Зару прибыли посланцы короля Филиппа Швабского и Алексея, предложившие западным князьям помочь возвратить трон принцу, за что от его имени обещали подчинить греческую церковь Риму, выплатить долг венецианцам, снабдить поход необходимыми деньгами (в общей сложности 200 тысяч марок) и продовольствием и поддержать его 10 тысячами византийских солдат. По настоянию Бонифация предложение послов было передано
Дандоло, которого оно очень обрадовало. При обсуждении предложения западная армия раскололась, однако большинство предводителей, в том числе епископы, склонились к принятию предложения. Их аргументами были необходимость восстановления законного императора, приведение отступников-греков под руку Рима и неисчислимые священные реликвии и мирские богатства империи. Способствовало этому также то, что на всем протяжении крестовых походов раскольники-греки считались в Западной Европе предателями христианства. Окончательно сопротивление части крестоносцев было подавлено бандами баронских ленников. Непримиренные Симон де Монфор и Ги, аббат монастыря Ле-Во в Серне под Парижем, отправились домой, Рено де Монмирай - в Палестину, где долго не задержался и присоединился к крестоносцам.
Получив известие о решении, принятом крестоносцами, папа оказался в большом затруднении. С одной стороны, было ясно, что изменивший направление поход не принесет пользы и славы церкви, с другой стороны, он мог иметь последствием воссоединение церквей и оказание греками эффективной помощи крестоносцам. Поэтому папа ограничился двусмысленным распоряжением: крестоносцам запрещалось нападать на христиан, «если только те не будут очевидным образом мешать священной войне или не появится какая-либо необходимая причина, по которой вы сочтете нужным действовать иначе». Слова Иннокентия III, что, хотя греки и провинились перед Богом и церковью, не дело паломников их наказывать, внушили последним надежду, что папа простит им нападение на Константинополь.