Иоанн с большими силами снова осадил Фессалоники. Против него созрел заговор, в котором, видимо, приняла участие его жена-половчанка. 8 октября 1207 г. царь был убит в лагере половцем, любовником жены. Среди народов Иоанна начался разброд. Его племянник и наследник Борис был признан царем только частью подданных, и 31 июля 1208 г. он потерпел жестокое поражение при Филиппополе от императора Генриха.
Король Бонифаций оставил от Маргариты Венгерской малолетнего сына Дмитрия. Маргарита стала регентшей, а опекуном был избран ломбардец граф Оберто Бьяндратский, сразу сделавший попытку освободиться от ленного верховенства Генриха и возвести на королевский престол итальянского сына Бонифация от первого брака - Вильгельма. Однако Генрих сумел восстановить против Оберто регентшу и германских и французских вассалов короля и заставил ломбардца покинуть Грецию. Регентша признала императора своим сувереном. В 1207 г. как ленник императора основал герцогство Архипелаг (Кикладские острова) племянник Дандоло Марко Санудо.
Овдовев, Генрих женился на дочери Иоанна Калояна. В Анатолии он упорно и с переменным успехом боролся с императором Феодором Ласкарем и по договору 1214 г. возвратил Латинской империи потерянные ранее земли на северо-востоке полуострова. Когда в 1211 г. умер патриарх Морозини, было избрано сразу три патриарха: от венецианцев, от французов и от ломбардцев.
Новый папский легат Пелагий, прибывший в Константинополь, усилил общее замешательство. Он, поставив себе основной задачей подчинение греческой церкви римской, закрывал православные церкви и бросал в тюрьмы греческих священников и монахов. Население заволновалось. К императору отправилась депутация видных греков и объявила ему, что греки переселятся в Азию, если гонения продолжатся. Генрих распорядился открыть церкви, выпустить из тюрем православных священнослужителей и разрешил грекам принести жалобу папской курии. Греки называли Генриха «вторым Ареем» (богом войны). Император Генрих всегда выступал их защитником как в отношении свободы совести, так и в отношении притязаний католических прелатов. Он умер в 1216 г., возможно, отравленный, - обычное предположение для тех времен.
Крестовый поход, захвативший христианский Константинополь, не только не принес никакой пользы христианам в Святой Земле, более того, он причинил непоправимый вред как государствам крестоносцев в Палестине и Сирии, так и всему христианству в его борьбе с исламом. Основание Латинской империи привело к тому, что людские и рыцарские потоки из Западной Европы переключились в более плодородные и спокойные греческие земли. Сухопутная дорога в Сирию была полностью перекрыта враждебно настроенными греками Никеи и турками. Морские же пассажирские маршруты итальянских кораблей были теперь направлены в основном в Константинополь, Грецию и на греческие острова. Помимо этого, франкские государства в Греции привлекли к себе рыцарские семьи из Палестины и Сирии. Поход ограбил великую греческую цивилизацию и нанес ей смертельный удар. Крестоносцы разорили и уничтожили главный бастион, который до сих пор препятствовал дальнейшему распространению ислама на Запад. Слабая Никейская империя не смогла противостоять подъему нового турецкого государства Османов. Непримиримая ненависть к Западу со времени Четвертого крестового похода воцарилась в сердцах греков, и никакие новые внешние угрозы не могли преодолеть ее.
Пятый крестовый поход
Уже летом 1204 г. франкам в Святой Земле стало ясно, что их надежды на крестовый поход напрасны. Вести войну с мусульманами без помощи крестоносцев король Амори был не в состоянии. У аль-Адила, со своей стороны, было много забот внутри только что созданного государства, и нападением на королевство он рисковал навлечь на себя большой крестовый поход, собравшийся в Константинополе. В сентябре 1204 г. Амори и аль-Адил заключили перемирие сроком на шесть лет, которое было выгодно обеим сторонам.
После смерти Амори 1 апреля 1205 г. королевства разделились. Королевство Иерусалим после смерти королевы Изабеллы в 1206 г. унаследовала ее старшая дочь, 14-летняя Мария Монферратская, а регентом королевства стал Жан д'Ибелен, сводный по матери брат Изабеллы, ближайший и старший мужской родственник ее дочерей. Он владел самым большим леном в королевстве - Бейрутом и был признанным главой палестинских баронов. Не надеясь на помощь Запада, он подтвердил перемирие, заключенное Амори с аль-Адилом. Четыре года своего правления он спокойно и осмотрительно продолжал политику Амори, всеми силами укрепляя королевство, не влезая в войны и авантюры.