Раздоры и неразбериха царили в Антиохии. После смерти Боэмунда III в 1201 г. там утвердился его младший сын Боэмунд IV, хотя у Раймунда-Рубена, внука от старшего сына князя и внучатого племянника Льва II Армянского, были неотъемлемые права на город. На стороне Боэмунда IV были тамплиеры, добивавшиеся возвращения армянами замка Баграс (Гастен), сельджуки, постоянные враги Льва, и аз-Захир Алеппский, сын Салах ад-Дина. Напротив, аль-Адил, как и король Амори, относились враждебно и к аз-Захиру, и к Боэмунду. Воспользовавшись восстанием, поднятым в 1204 г. против Боэмунда его вассалами в Триполи, которое поддержал король Амори, Лев Армянский осадил Антиохию. Боэмунд призвал на помощь аз-Захира Алеппского, и Лев вынужден был возвратиться в Армению. После смерти короля Амори Жан д'Ибелен прекратил поддержку мятежников, и к концу 1205 г. Боэмунд IV справился с мятежом, потеряв, правда, в бою один глаз.
Присоединение армянской церкви к Риму в 1203 г. и будущий крестовый поход заставили папу заняться улаживанием спора о престолонаследии в Антиохии и послать туда двух легатов - Софруа Сен-Пракседийского, ставшего патриархом Иерусалима, и Петра Сен-Марсельского, которые сначала по очереди, а потом сообща пытались примирить стороны. Однако Лев II не хотел отдавать тамплиерам Баграс, а Боэмунд IV отвергал вмешательство папы в вопросы престолонаследия. В самой Антиохии Боэмунд, поддержанный тамплиерами и городской коммуной, боролся с принявшим сторону папы латинским патриархом Петром из Ангулема, за которого было латинское дворянство, породнившееся с армянским. Коммуна, объединявшая греческих и латинских купцов, боялась прихода в город армян и не хотела признавать князем Раймунда-Рубена. Боэмунд IV объявил, что Антиохия как светское государство не может подчиняться папе и признал своим ленным сюзереном Бодуэна, нового императора Константинополя. Он даже в 1204 г. принес ленную присягу Марии Шампанской, жене императора Бодуэна, когда она проездом в Константинополь прибыла в Акру
Когда патриарх Петр из Ангулема рассорился еще и с легатом Петром Сен-Марсельским, Боэмунд, поддержанный коммуной, воспользовавшись моментом, сместил его и призвал в город православного патриарха Симеона II. К сожалению, Византийская империя, добивавшаяся этого в течение всего прошлого века, к этому времени пала и не смогла порадоваться событию. В ответ патриарх Петр примирился с легатом Петром и отлучил от церкви князя Боэмунда и городскую коммуну. Коммуна в массовом порядке перешла к греческому обряду богослужения. Патриарх Петр затеял в городе переворот. В конце 1207 г. он призвал в Антиохию убежавших ко Льву латинских рыцарей, породнившихся с армянами. Они захватили нижний город, но цитадель осталась в руках Боэмунда, который собрал силы и выгнал их из города. Патриарх Петр предстал перед судом по обвинению в государственной измене. Он был брошен в тюрьму без пищи и воды и умер в мучениях, выпив масла из лампы.
Война Боэмунда IV и Льва II Армянского продолжалась, причем Боэмунд призвал на помощь сельджуков, а папа Иннокентий обратился к аз-Захиру Алеппскому с просьбой спасти Антиохию от греков. Но затем папе надоело заниматься сирийскими дрязгами, и он возложил улаживание конфликта на Альбе-ра, патриарха Иерусалимского. Патриарх уговорил Боэмунда принять в Антиохию латинского патриарха Петра из Лоцедио (Locedio) и так же, как папа, потребовал от Льва передачи тамплиерам крепости Баграс. В ответ на это Лев вывел армянскую церковь из подчинения Риму, заключил союз с греческим императором Никеи, принял в Киликии греческого патриарха Антиохии Симеона и передал грекам принадлежавшие латинской церкви земельные владения на своей территории. Однако Лев сохранил дружбу с Гуго I Кипрским, на родной и сводной сестрах которого, Эльви Кипрской и Сибилле Иерусалимской, женились примерно в одно время (около 1210 г.) Раймунд-Рубен и он сам.
Окончательно испортились отношения госпитальеров с тамплиерами, Боэ-мундом и Альбером, патриархом Иерусалимским. Как говорили злые языки, в качестве орудия возмездия госпитальеры использовали ассасинов, плативших им дань. В 1213 г. в кафедральном соборе Тортосы ассасинами был убит старший сын Боэмунда IV Раймунд, в следующем году они же убили Альбера, патриарха Иерусалимского. Боэмунд собрал войска, получил помощь тамплиеров и осадил в горах замок ассасинов Каваби. Ассасины обратились за помощью к аз-Захиру, а тот, в свою очередь, - к своему дяде аль-Адилу. Боэмунду пришлось снять осаду.