Король Лев и армянский католикос забросали Рим потоком жалоб. Хотя папа Иннокентий III сомневался в искренности подчинения армянской церкви, он ни в коем случае не хотел отталкивать новых приверженцев. Неприятие действий молодого Боэмунда папой и патриархом заставили его примириться с отцом, вновь впустить его в Антиохию и возвратиться в Триполи. Старый Боэмунд теперь перешел на сторону сына. Тем временем тамплиеры развили в Риме бешеную деятельность. Иннокентий намекнул Льву, что если он хочет получить Антиохию, то должен отдать Баграс тамплиерам. Однако Лев ни за что не хотел расставаться с крепостью. Конференция с участием старого Боэмунда III, патриарха Антиохии Петра и короля Льва ни к чему не привела. Раздосадованный несговорчивостью Льва, патриарх перешел на сторону молодого графа Боэмунда, и, когда после смерти князя-отца в апреле 1201 г. тот прибыл в Антиохию, на его стороне были коммуна, ордены и церковь. Многие из дворян, особенно те, в чьих жилах текла армянская кровь, помня свою присягу и опасаясь деспотического характера Боэмунда, бежали в Сис.
Война Антиохии и Триполи с Киликийской Арменией за наследие князя Боэмунда III продолжалась добрые четверть века. Ночное нападение армян на Антиохию произошло весной 1203 г. Они даже ворвались в город. Однако тамплиеры, составлявшие примерно половину гарнизона, удержали цитадель и затем выгнали их из города.
Саму Киликию спасало то, что после смерти рум-сельджукского султана Кылыч Арслана II в 1192 г. там шла долгая война за наследство отца между его сыновьми. В Алеппо для сына Салах ад-Дина аз-Захира Гази самой большой угрозой был его дядя аль-Адил, и он не предпринимал никаких решительных действий против франков. Амори не вмешивался в войну Боэмунда со Львом, хотя его симпатии были на стороне Льва и Раймунда-Рубена. Он видел свою главную задачу в том, чтобы до прибытия нового крестового похода сохранить мир с аль-Адилом, который, в свою очередь, тоже желал мира, так как не мог рассчитывать на верность своих племянников.
Время от времени между франками и мусульманами возникали короткие войны. В конце 1202 г. в Акру одна за другой из Фландрии, Венеции и Марселя прибыли три группы северофранцузских крестоносцев. Всех прибывших насчитывалось несколько сотен человек. Группа из Венеции привезла вести, что в Далмации грузится на корабли огромная армия крестоносцев. Однако вскоре из Зары прибыл крестоносец Рено де Монмирай, родственник графов Блуа и Шампанского. Он сообщил, что крестовая армия задержится на продолжительное время, если вообще прибудет.
Вновь прибывшие рыцари захотели сразу вступить в бой с неверными. Напрасно король Амори уговаривал их обождать. Один из прибывших, знатный рыцарь Ренар де Дампьер, в лицо назвал короля трусом и увел часть французов на север в Антиохию, к Боэмунду Молодому, чтобы принять участие в войне с армянами. Эта группа благополучно проследовала через Триполи и через Джа-балу, принадлежавшую мусульманскому эмиру. Далее на север лежала Латакия, также принадлежавшая мусульманам. Миролюбивый эмир Джабалы оказал французам гостеприимство, но посоветовал для прохода через Латакию обратиться за пропуском и сопровождением к сеньору эмира Латакии аз-Захиру Алеппскому. Он даже вызвался написать аз-Захиру, который, конечно же, даст разрешение, так как заинтересован в усилении Антиохии в войне с Киликийской Арменией. Но французы не стали ждать и двинулись дальше. Эмир Латакии напал на них из засады. По словам Жофруа де Виллардуэна, «из восьмидесяти рыцарей, отправившихся в путь, ни один не спасся, но был взят в плен или убит», попал в плен и предводитель Ренар де Дампьер.
В ответ на нападения мусульманских морских разбойников в ноябре 1203 г., за которые аль-Адил отказался дать возмещение, корабли Амори напали на торговые корабли египтян, шедшие в Латакию. Тогда же Амори предпринял разбойничье нападение на Галилею. Аль-Адил с армией вышел навстречу, но до сражения дело не дошло. В ответ на другое нападение морских разбойников Амори послал небольшой флот в Египет, который поднялся под парусами вверх по Нилу мимо Розетты и разграбил маленький город Фува.
Тем не менее обе стороны были заинтересованы в мире. Если у Амори не хватало собственных сил и он ждал подкреплений с Запада, то земли аль-Адила были опустошены сильными землетрясениями, и жители страдали от голода и болезней. Кроме того, он, учитывая господство христиан на море, был заинтересован в восстановлении и упрочении торговых связей с франкскими городами, а также не хотел дать повод для нападения на Египет большого флота крестоносцев, стоявшего у Константинополя.