Так как на море поднялись зимние шторма, решили перезимовать в Заре. Город был поделен пополам между венецианцами и крестоносцами. К папе отправилась миссия крестоносцев с объяснением случившегося. Папа отлучил всю армию от церкви, правда, затем снял отлучение с французов и германцев, учитывая их безвыходное положение, оставив отлученными венецианцев. При этом папа позволил крестоносцам поддерживать отношения с отлученными, чтобы первые смогли и далее использовать венецианский флот. Папа запретил в дальнейшем крестоносцам нападать на христиан. Он всеми силами хотел спасти свой крестовый поход и поступился принципами, не подвергнув крестоносцев решительному осуждению. В перспективе это нанесло огромный вред всему движению крестовых походов.
На рубеже 1202/03 гг. в Зару прибыли посланцы короля Филиппа Швабского и Алексея, предложившие западным князьям помочь возвратить трон принцу, за что от его имени обещали подчинить греческую церковь Риму, выплатить долг венецианцам, снабдить поход необходимыми деньгами (в общей сложности 200 тысяч марок) и продовольствием и поддержать его 10 тысячами византийских солдат. По настоянию Бонифация предложение послов было передано Дандоло, которого оно очень обрадовало. При обсуждении предложения западная армия раскололась, однако большинство предводителей, в том числе епископы, склонились к принятию предложения. Их аргументами были необходимость восстановления законного императора, приведение отступников-греков под руку Рима и неисчислимые священные реликвии и мирские богатства империи. Способствовало этому также то, что на всем протяжении крестовых походов раскольники-греки считались в Западной Европе предателями христианства. Окончательно сопротивление части крестоносцев было подавлено бандами баронских ленников. Непримиренные Симон де Монфор и Ги, аббат монастыря Ле-Во в Серне под Парижем, отправились домой, Рено де Монмирай — в Палестину, где долго не задержался и присоединился к крестоносцам.
Получив известие о решении, принятом крестоносцами, папа оказался в большом затруднении. С одной стороны, было ясно, что изменивший направление поход не принесет пользы и славы церкви, с другой стороны, он мог иметь последствием воссоединение церквей и оказание греками эффективной помощи крестоносцам. Поэтому папа ограничился двусмысленным распоряжением: крестоносцам запрещалось нападать на христиан, «если только те не будут очевидным образом мешать священной войне или не появится какая-либо необходимая причина, по которой вы сочтете нужным действовать иначе». Слова Иннокентия III, что, хотя греки и провинились перед Богом и церковью, не дело паломников их наказывать, внушили последним надежду, что папа простит им нападение на Константинополь.
3. Взятие Константинополя
25 апреля в Зару прибыл принц Алексей, и еще через несколько дней флот крестоносцев вышел в море из Зары. Флот остановился на некоторое время в Диррахии, где Алексей был признан императором, а затем — на Корфу, где он подписал договор с крестоносцами. 24 июня 1203 г. корабли обошли Пелопоннес и прошли через Эгейское море в Дарданеллы. Они захватили Абидос на азиатском берегу. Затем они высадились во Фракии, где забрали поспевший урожай и перевезли его через Дарданеллы в укрепленный Абидос, после чего прошли Мраморным морем и бросили якорь перед Халкидоном, напротив Константинополя. Через два дня они прошли дальше в Босфор и заняли дворец Скутари на азиатском берегу.
Написаны горы исторических трудов относительно причины изменения направления крестового похода. Спорящие стороны придерживаются двух позиций, которые можно определить как теория заговора и теория стечения обстоятельств. В свою очередь, сторонники теории заговора разделяются при определении инициаторов заговора: одни считают виновником Дандоло, другие — Филиппа Швабского и Бонифация, третьи — их всех.