Теперь франки уже не могли рассчитывать на выполнение договора. Венецианцы давно уже советовали рыцарям взять город штурмом и посадить там своего императора. Теперь предложение было принято. На роль императора подходили Дандоло, маркиз Бонифаций Монферратский и граф Бодуэн Фландрский. В марте дож и «сиятельнейшие князья» во главе с Бонифацием и Бодуэном подписали договор partitio imperii (о разделе империи), по которому должна была решиться дальнейшая судьба Византийской империи. Договор начинался словами: «Прежде всего мы, именем Христа, должны вооруженной рукой завоевать город». После того как город будет взят, комитет из шести венецианцев и шести франков должен избрать императора «во славу Бога, святой Римской церкви и империи». Если императором будет избран франк, что казалось более предпочтительным, то патриархом должен стать венецианец, который получит Софийский собор. Императору должна подчиняться вся Византийская империя, но принадлежать ему должна только четверть столицы и империи и два столичных дворца. Остальные три четверти должны быть поделены пополам между рыцарями и венецианцами. Все, получившие наделы, должны принести императору ленную присягу, от которой будет освобожден только дож Дандоло. Никто уже не хотел продолжения крестового похода.
Теперь нужно было овладеть городом. Венецианцы убедили рыцарей, что лучше штурмовать город с кораблей, со стороны Золотого Рога. Первый штурм, 9 апреля, был отбит с большими потерями. Алексей Мурзуфл личным участием воодушевлял оборонявшихся. В понедельник, 12 апреля, рано утром начался второй штурм. Упорное сражение продолжалось несколько часов. Только после полудня двум кораблям, «Пилигрим» и «Парадиз», связанным между собой цепями, удалось подойти близко к стене и зацепиться за ее зубцы штурмовыми лестницами. Крестоносцы овладели сначала участком стены, а потом и башней. В это же время отряду рыцаря Петра Амьенского удалось взломать секирами и ломами старые заложенные камнем городские ворота. В город ворвались крестоносцы. Греки отступили, продолжая сражаться. Вечером, опасаясь численного превосходства греков, крестоносцы подожгли город. Выгорела часть города вдоль Золотого Рога, по словам де Виллардуэна, «там сгорело домов больше, чем в было их в трех самых больших городах королевства Франции». Пожар окончательно подорвал моральный дух защитников. Ночью Мурзуфл с женой бежал через Золотые ворота и затем на корабле прибыл к тестю Алексею III. Когда стало известно, что он бежал, знать собралась в Софийском соборе и предложила корону Феодору Ласкарю. Он встретился с патриархом на площади между собором и императорским дворцом, у Золотого Камня, обозначавшего начало византийских дорог. Он обратился к варяжской гвардии со страстным призывом спасти город, утверждая, что у новых господ им будет гораздо хуже, чем у греческого императора. Однако ни варяги, ни народ больше не хотели воевать. Освещаемый пожаром, он вместе с патриархом и оставшейся знатью поспешил к Дворцовой гавани и сел там на корабль, направившийся в азиатскому берегу.
Утром 13 апреля крестоносцы заняли центральную и южную части города, куда не решались вступить с вечера. Дож и видные бароны, расположившиеся в Большом императорском дворце, объявили солдатам, что отдают им город на три дня. На протяжении трех дней в городе царили убийства, насилия и грабеж. И если, по меркам Средневековья, убитых было не очень много, не более двух тысяч, то вакханалия насилия и грабежа превысила все мыслимые пределы. Крестоносцы врывались в дома, не щадили ни монастырей, ни церквей, ни библиотек. Все, что не могло быть унесено, уничтожалось. От рук варваров и в огне пожара погибли бесценные произведения искусства. Венецианцы лучше французов понимали их ценность, они увезли домой бесчисленное количество сокровищ, в том числе квадригу Лисиппа, придворного скульптора Александра Македонского, стоявшую над императорской ложей на ипподроме и ныне украшающую собор Святого Марка. В Святой Софии пьяные солдаты рвали на куски тканные серебром алтарные завесы, играли в кости на мраморных досках с изображением ангелов, пили вино из алтарных сосудов, а одна шлюха танцевала на престоле патриарха и пела непристойную французскую песню. Священнослужители начали охоту за реликвиями. Гунтер из Пэриса с наивностью рассказывает, как его аббат Мартин в храме Христа Пантократора (Всевластителя), угрожая смертью греческому священнику, заставил его показать место, где были спрятаны священные реликвии, которые произвели на аббата значительно более сильное впечатление, чем все сокровища Греции. «И он поспешно и жадно запустил обе руки [в хранилище] и очень осторожно начал наполнять брюшной карман рясы церковными святынями». Видимо, аббат был очень крепким человеком, так как в кармане его рясы уместились след Крови Господа, часть Святого Креста, немалая кость святого Иоанна, рука святого Иакова, ступня святого Козьмы, зуб святого Лаврентия и еще святые останки 36 святых — 28 мужчин и 8 женщин, а также каменные обломки из 16 святых мест. Епископ Конрад Хальберштадтский, возвратившись на родину в Саксонию, привез с собой телегу, нагруженную константинопольскими реликвиями.