Три договора, от марта и октября 1204 г. и от октября 1205 г., составили основу государственного устройства Латинской империи, каждый император перед коронацией должен был присягнуть этим договорам. С самого начала император был лишен власти, так как был отстранен от раздачи 600 ленов и высших должностей, то есть не мог создать собственной армии, раздача производилась смешанной франко-венецианской комиссией. На основании договора от октября 1205 г. венецианцы были обязаны принимать участие в военной службе, и в качестве верховного органа был создан смешанный франко-венецианский государственный совет, на котором председательствовал император, а его заместителем был подеста (градоначальник), правитель венецианской части государства. Совет руководил военными предприятиями и мог отменять административные распоряжения императора. Основной закон империи был изложен в Assises de Romania (Ассизах Романии), на которые повлияли, видимо, Иерусалимские ассизы. Высокий суд улаживал споры императора с ленниками. Таким образом, император был не более чем председателем наследственного собрания дворян.
Формально был провозглашен союз церквей, но греки в вопросах веры и обряда остались непреклонными. Греческие высшие священнослужители были по большей части заменены латинцами. Были основаны новые епископства, цистерцианцы и новый орден францисканцев начали основывать свои монастыри.
Большая часть церковных владений была конфискована, первоначально православным церквам вне Константинополя оставили только пятнадцатую часть церковных владений, затем она была увеличена до одиннадцатой части. Латинское население должно было выплачивать церковную десятину, православные тридцатую часть. Нужно отметить, что, помимо раздоров между католическим клиром и православным, налицо были раздоры между латинскими прелатами, а также между ними и светскими баронами, норовившими ограбить монастыри и завладеть церковными землями.
Никто из крестоносцев больше не помышлял о крестовом походе. Папа и Западная Европа сначала с большим воодушевлением приветствовали падение civitas diu profana (давно уже оскверненного города). Теперь Святая Земля должна была бы получить действенную помощь от сильного франкского государства на месте Византии и смог бы осуществиться столь желанный союз православной церкви с римской. Когда папа затем получил более точную и обширную информацию, он ужаснулся и был страшно возмущен. Гнев папы еще более усилился, когда он узнал, что с его правами руководителя похода не посчитались и государство и церкви были разделены, а его легат Петр Сен-Марсельский освободил крестоносцев от обязанности дальнейшего похода в Святую Землю. Полный возмущения, он написал в Константинополь, перечисляя злодеяния крестоносцев, но был вынужден смириться, все еще надеясь на помощь, которую новое государство окажет Святой Земле.
Когда Бодуэн взошел на престол, были еще живы три греческих императора: Алексей III Ангел, Алексей V Дука Мурзуфл и Феодор Ласкарь. Первый остановился в Адрианополе, был изгнан оттуда Бонифацием Монферратским и затем укрылся в Лариссе (Фессалия). Сюда прибыл Мурзуфл, в надежде найти у него убежище. Однако Алексей III приказал его ослепить и выгнал из города. Ослепленный Мурзуфл попался крестоносцам и был казнен в Константинополе в наказание за убийство Алексея IV Ангела. Алексей III сдался Бонифацию, ставшему королем Фессалоник, и отказался от титула императора. Вскоре он был обвинен Бонифацием в заговоре и арестован, но бежал и укрылся у сельджуков в Анатолии. С их помощью он хотел свергнуть другого своего зятя, императора Феодора Ласкаря, но попал к нему в плен и умер в тюрьме.
Остатки византийцев сформировали три государства: одно, самое значительное, — империя в Вифинии со столицей в Никее, во главе которой встали Феодор Ласкарь и его жена Анна, дочь Алексея III. Там собрались видные горожане, бежавшие из Константинополя вместе с греческим патриархом Иоанном Каматиром. После его смерти в 1206 г. духовенство, высланное из Константинополя, избрало новым патриархом Михаила Авториана, который короновал императорскими коронами Феодора и Анну. В глазах греков Никейская империя стала законной наследницей Византии. В северной Греции возник деспотат Эпир со столицей Диррахий во главе с Михаилом Ангелом, троюродным братом Алексея III. В Трапезунде, на Черном море, при поддержке царицы Тамары Грузинской была создана незначительная империя во главе с ее племянниками Алексеем и Давидом Комнинами, внуками императора Андроника.