Присоединение армянской церкви к Риму в 1203 г. и будущий крестовый поход заставили папу заняться улаживанием спора о престолонаследии в Антиохии и послать туда двух легатов — Софруа Сен-Пракседийского, ставшего патриархом Иерусалима, и Петра Сен-Марсельского, которые сначала по очереди, а потом сообща пытались примирить стороны. Однако Лев II не хотел отдавать тамплиерам Баграс, а Боэмунд IV отвергал вмешательство папы в вопросы престолонаследия. В самой Антиохии Боэмунд, поддержанный тамплиерами и городской коммуной, боролся с принявшим сторону папы латинским патриархом Петром из Ангулема, за которого было латинское дворянство, породнившееся с армянским. Коммуна, объединявшая греческих и латинских купцов, боялась прихода в город армян и не хотела признавать князем Раймунда-Рубена. Боэмунд IV объявил, что Антиохия как светское государство не может подчиняться папе и признал своим ленным сюзереном Бодуэна, нового императора Константинополя. Он даже в 1204 г. принес ленную присягу Марии Шампанской, жене императора Бодуэна, когда она проездом в Константинополь прибыла в Акру.
Когда патриарх Петр из Ангулема рассорился еще и с легатом Петром Сен-Марсельским, Боэмунд, поддержанный коммуной, воспользовавшись моментом, сместил его и призвал в город православного патриарха Симеона II. К сожалению, Византийская империя, добивавшаяся этого в течение всего прошлого века, к этому времени пала и не смогла порадоваться событию. Б ответ патриарх Петр примирился с легатом Петром и отлучил от церкви князя Боэмунда и городскую коммуну. Коммуна в массовом порядке перешла к греческому обряду богослужения. Патриарх Петр затеял в городе переворот. В конце 1207 г. он призвал в Антиохию убежавших ко Льву латинских рыцарей, породнившихся с армянами. Они захватили нижний город, но цитадель осталась в руках Боэмунда, который собрал силы и выгнал их из города. Патриарх Петр предстал перед судом по обвинению в государственной измене. Он был брошен в тюрьму без пищи и воды и умер в мучениях, выпив масла из лампы.
Война Боэмунда IV и Льва II Армянского продолжалась, причем Боэмунд призвал на помощь сельджуков, а папа Иннокентий обратился к аз-Захиру Алеппскому с просьбой спасти Антиохию от греков. Но затем папе надоело заниматься сирийскими дрязгами, и он возложил улаживание конфликта на Альбе-ра, патриарха Иерусалимского. Патриарх уговорил Боэмунда принять в Антиохию латинского патриарха Петра из Лоцедио (Locedio) и так же, как папа, потребовал от Льва передачи тамплиерам крепости Баграс. В ответ на это Лев вывел армянскую церковь из подчинения Риму, заключил союз с греческим императором Никеи, принял в Киликии греческого патриарха Антиохии Симеона и передал грекам принадлежавшие латинской церкви земельные владения на своей территории. Однако Лев сохранил дружбу с Гуго I Кипрским, на родной и сводной сестрах которого, Эльви Кипрской и Сибилле Иерусалимской, женились примерно в одно время (около 1210 г.) Раймунд-Рубен и он сам.
Окончательно испортились отношения госпитальеров с тамплиерами, Боэмундом и Альбером, патриархом Иерусалимским. Как говорили злые языки, в качестве орудия возмездия госпитальеры использовали ассасинов, плативших им дань. В 1213 г. в кафедральном соборе Тортосы ассасинами был убит старший сын Боэмунда IV Раймунд, в следующем году они же убили Альбера, патриарха Иерусалимского. Боэмунд собрал войска, получил помощь тамплиеров и осадил в горах замок ассасинов Каваби. Ассасины обратились за помощью к аз-Захиру, а тот, в свою очередь, — к своему дяде аль-Адилу. Боэмунду пришлось снять осаду.
Распространившиеся слухи о новом крестовом походе способствовали объединению мусульман и усилению их вражды с христианами. Эти же слухи заставили Льва вновь искать дружбы Рима. Новый патриарх Иерусалимский Рауль из Меранкура, бывший епископ Сидона, ходатайствовал перед папой о прощении Льва, и тот согласился простить армянского короля, если он окажет содействие крестовому походу. Бракосочетание регента Иоанна де Бриенна и дочери Льва Стефании обеспечило дружбу Армении с Акрой. С помощью Петра, латинского патриарха Антиохии, в 1216 г., когда Боэмунд IV находился в Триполи, Льву удалось тайком ввести войска в Антиохию и овладеть городом и цитаделью, сдавшейся через несколько дней. Раймунд-Рубен был коронован князем. На радостях Лев передал тамплиерам Гастен (Баграс) и возвратил принадлежавшие латинской церкви земли в Киликии. Однако рум-сельджукам в это время удалось отнять у него несколько пограничных крепостей.