Разгорелись споры о том, кому должна принадлежать Дамьетта. Иоанн де Бриенн, поддержанный светскими баронами и рыцарскими орденами, требовал, чтобы Дамьетту присоединили к королевству, и уже велел чеканить монету со своим именем как правителя города. Пелагий же утверждал, что Дамьетта должна принадлежать всему христианству, то есть церкви. Когда Иоанн пригрозил вернуться в Акру, Пелагий вынужден был пойти на компромисс: регент может управлять городом до прибытия короля Фридриха Германского.
Взятие Дамьетты вызвало взрыв энтузиазма на Западе. Все ожидали теперь окончательного уничтожения ислама в Египте и в Палестине. Папа поздравил Пелагия с победой, назвав его вторым Иисусом Навином (помощник и преемник пророка Моисея), обязал магистров орденов подчиняться праву вето легата и снова обещал скорейшее прибытие короля Фридриха. Напротив, в исламском мире падение города подействовало ошеломляюще. Аль-Камил вынужден был согласиться на отъезд аль-Муаззама в Сирию из-за угроз его государству на севере и для того, чтобы тот мог осуществить нападение на Акру. Армия аль-Камила пала духом, а подданные страдали от голода. Он перенес лагерь на юг, вверх по рукаву Нила, чтобы прикрыть дорогу на Каир, и основал прославившийся в истории крестовых походов военный лагерь-город аль-Мансура (Победоносный).
Тем временем отряд крестоносцев в тысячу человек был послан на легких лодках, перетащенных из Нила, по озеру Манзала к крепости Таннис, на юг от Дамьетты. Ее гарнизон бежал, не оказав сопротивления, и франки вернулись с богатой добычей.
В начале лета 1219 г. умер король Лев II Армянский, оставив двух дочерей. Одна, Стефания, была женой Иоанна де Бриенна, другой — Изабелле, дочери принцессы Сибиллы Иерусалимской, — было семь лет. Лев назначил ее своей наследницей, хотя и обещал ранее свой трон Раймунду-Рубену Антиохийскому. Иоанн де Бриенн немедленно выставил претензию на трон Армении от имени жены и их маленького сына. Папа в феврале 1220 г. поддержал его претензию, разрешил ему покинуть Дамьетту и передал верховную власть в Дамьетте Пелагию. В начале весны 1220 г. Иоанн отплыл в Акру. Как только Иоанн собрался отправиться из Акры в Киликию, умерла его жена Стефания, а через несколько недель их 4-летний сын, и регент королевства Иерусалим потерял надежду на трон Армении. Возвращаться в Дамьетту Иоанн не хотел, да к тому же у него для этого не было возможности. В марте 1220 г. аль-Муаззам с большой армией вторгся в королевство, разрушил недавно отстроенную Цезарею и осадил замок Шато-Пелерен (Атлит), но не смог его взять. Иоанн, собрав армию, держался поблизости, в тылу осаждавших. В ноябре аль-Муаззам снял осаду и ушел в Дамаск.
После смерти жены и сына Иоанна папа Гонорий поддержал претензию на армянский трон Раймунда-Рубена Антиохийского. Весной 1220 г. Боэмунд IV Триполийский отвоевал Антиохию, за исключением цитадели, которую Раймунд-Рубен доверил оборонять госпитальерам. Раймунд-Рубен вместе со своей матерью-армянкой Алисой (племянницей Льва) ушел в Киликию и в Тарсе ждал помощи от союзников-госпитальеров. Регентом при маленькой Изабелле, королеве Армении, стал Адам Баграсский, который вскоре был убит ассасинами, возможно по просьбе госпитальеров. На посту регента его сменил Константин, глава знатной армянской фамилии Хетумидов. Хетумиды всегда были сторонниками Византии и даже принимали православие, но теперь, после разгрома империи, они вернулись в ряды армянской церкви и стали противниками ее латинизации династией Рубенидов. В начале 1221 г. Константин завоевал Тарс, Раймунд-Рубен вместе с матерью попал в плен и умер в тюрьме. Его смерть утвердила Боэмунда в Антиохии, а Изабеллу — на престоле Армении. У Раймунда-Рубена на Кипре осталась от брака с Эльви Кипрской, сестрой короля Гуго I, маленькая дочь Мария, которая могла претендовать на антиохийский и армянский троны.
Между тем Пелагий прилагал все силы к тому, чтобы стать военным руководителем похода и подчинить светских баронов своей воле. Никогда до сих пор в крестовых походах священнослужитель не становился военным руководителем. Даже прославленный легат Адемар Монтейский был только духовным вождем Первого крестового похода и, хотя участвовал в боях, никогда не брал на себя военного руководства. Пелагий в общении со светскими баронами постоянно жаловался на измену делу святой церкви, угрожал небесной карой и призывал к покаянию. Забегая немного дальше, укажем, что, потерпев поражение, легат проявил полное отсутствие мужества и беспомощность.