После смерти Иннокентия Фридрих добился избрания сына римским (германским) королем и своим наследником, иными словами, объединения всех своих земель в одних руках. Папа Гонорий III, который прежде был одним из учителей императора, понял, что успех крестового похода не может быть достигнут без участия светской королевской власти, и призвал Фридриха к выполнению обета. Фридрих согласился, и в 1220 г. папа короновал его императорской короной. Еще до этого Фридрих совершил ошибку, которая ему дорого обойдется: он предложил папе отлучать от церкви тех, кто не выполнил свой крестовый обет. Тем самым император отказался от возможности самому себе назначить срок отправления в поход. Весной и летом 1221 г. Фридрих послал большие подкрепления крестоносцам в Египет и неоднократно обещал лично отправиться в поход.
Но прежде Фридриху нужно было упрочить положение в своих землях, и в первую очередь в родовом лене, королевстве Сицилия, где в южной Италии ему требовалось усмирить непокорных баронов. После нескольких лет борьбы бароны были разбиты. Почти одновременно Фридриху пришлось в течение нескольких лет огнем и мечом подавлять обширное восстание населявших остров Сицилия арабов. Арабы-мусульмане были покорены, переселены в южную Италию и составили храбрую 20-тысячную армию, воевавшую за императора с папой и другими его христианскими врагами без религиозных предрассудков. Ставший с 1216 г. ближайшим советником и другом императора магистр Тевтонского ордена Герман фон Зальца стал посредником между Фридрихом и Гонорием, сглаживая растущее обоюдное раздражение.
В неудаче крестового похода в Дамьетте, нанесшей сильный удар по престижу папы, Гонорий III обвинил императора и пригрозил ему отлучением, если он и впредь будет пренебрегать делом Бога. Осенью 1221 г. в Вероне должен был состояться конгресс с участием папы и императора, на который прибыли Пелагий, Иоанн де Бриенн, Рауль из Меранкура, патриарх Иерусалима, и сирийские бароны. Однако конгресс был отложен из-за болезни папы и восстания сицилийских арабов. Он открылся в марте 1223 г. в Ферентино в Апулии, Фридрих подтвердил принесенный крестовый обет, и ему был назначен срок отправления в поход — день святого Иоанна, 24 июня 1225 г. Срок был продлен, чтобы дать возможность императору окончательно покорить сицилийских арабов и привлечь к походу как можно больше государей и князей.
Фридрих пообещал папе отпраздновать бракосочетание с Иоландой Иерусалимской в Акре, но затем по его просьбе, переданной Иоанном де Бриеном и Германом фон Зальца, папа снова дал ему двухгодичную отсрочку. В июле 1225 г. в Сан-Джермано Фридрих подписал договор, в котором обещал, что отправится в путь в августе 1227 г., безотлагательно направит в Святую Землю тысячу рыцарей и в случае, если не выйдет в поход, лишится договорного залога в 100 тысяч золотых унций и будет отлучен от церкви.
Флот, повезший обещанных рыцарей в Святую Землю, привез обратно в Бриндизи Иоланду Иерусалимскую.
Фридрих ждал свою 14-летнюю жену в Бриндизи. 9 ноября 1225 г. в кафедральном соборе Бриндизи торжественно состоялось вторичное, после акрско-го, бракосочетание. На следующее утро после этого Фридрих вместе с женой покинул Бриндизи, не поставив в известность тестя. Когда же наконец де Бриенн догнал императора, тот сообщил ему, что (несмотря на обещание Германа фон Зальца) он сам становится королем Иерусалима, а Иоанн больше не регент. У де Бриенна не было никаких письменных договоренностей, а следовательно, никаких прав на регентство. Дочь, плача, сообщила ему, что император соблазнил одну из сопровождавших ее придворных девиц и покинул ее. Папа ничем не мог помочь Иоанну де Бриенну, кроме того, что назначил его управляющим церковными землями в Тоскане.
Фридрих принял титул короля Иерусалима. В 1226 г. он отправил Томмазо, графа Ацеррского, в Акру, чтобы заменить в качестве регента Одо де Монбельяра. Бароны в Сирии не возражали, так как ждали от императора существенной помощи.
Тем временем, делая вид, что собирает силы для крестового похода, Фридрих пытался подчинить себе Ломбардию, чтобы соединить северную и южную части своей империи. Ломбардцы вновь объединились в лигу, чтобы отстоять свою независимость. Папа Гонорий III умер в марте 1227 г., и его преемником стал двоюродный брат Иннокентия III 80-летний Григорий IX, человек аскетических принципов, твердый и властный. Он сразу увидел угрозу окружения Рима Штауфеном и поэтому непреклонно потребовал от Фридриха отправления в крестовый поход. Твердая позиция папы, собственное предложение об отлучении неушедшего в поход, а также весь комплекс политических соображений, направленных на борьбу со ставшим слишком сильным императором, включая требование императорского благочестия, отрезали Фридриху пути отступления.