Через несколько дней, 20 сентября, в Акру с Кипра прибыл легат Конрад, архиепископ Майнцский, вместе с германскими князьями. Он предложил в мужья Изабелле и в короли кандидатуру недавно овдовевшего Амори де Лузиньяна, короля Кипра. Идея была удачной. Женившись на Изабелле, Амори объединял Акру и Кипр. Очевидно, выдвигая Амори, архиепископ Конрад имел в виду ленное подчинение объединенного государства германской короне. Бароны и ордены поддержали кандидатуру Амори, он сторонился партийных раздоров и был гораздо способнее своего брата Ги. Их выбор одобрил папа, рассчитывая объединить весь латинский Восток в одно государство. Амори согласился. В январе 1198 г. в Акре он вступил в брак с Изабеллой, а через несколько дней патриарх короновал их коронами короля и королевы Иерусалима. Это был четвертый брак Изабеллы (и третий ее брак как королевы).
С прибытием огромной германской армии стали отправляться домой оставшиеся после Третьего крестового похода французские крестоносцы. В октябре 1197 г. немцы и брабантцы под командой Генриха Брабантского двинулись, чтобы отвоевать Сидон и Бейрут. Подойдя к Сидону, они обнаружили его разрушенным и покинутым. Эмир Усама, морской разбойник, владевший Бейрутом, тоже начал его разрушать, но успел разрушить только часть стены, чем воспользовались крестоносцы и 24 октября вошли в город. Стены вскоре были восстановлены, и город передан как лен Жану д'Ибелену, сводному брату королевы. Теперь была восстановлена связь по суше между королевством и графством Триполи.
Поход на Иерусалим, намеченный императором Генрихом, решили отложить до весны, а пока отвоевать крепость Торон в Ливанских горах недалеко от Тира, ее гарнизон постоянно угрожал франкам на приморской равнине. В ноябре 1197 г. армия под командой Генриха, герцога Брабантского, и рейхсканцлера Конрада, епископа Хильдесхайма, осадила крепость, расположенную на высокой горе. С помощью горнорудных рабочих из германского Гослара, центра германских рудников, ушедших в крестовый поход, удалось пробиться через скалистые породы к стенам, начать подкопы под них и установить осадные машины. Осажденные, не надеясь на помощь, предложили сдать крепость вместе с пятьюстами пленными, если им будет гарантирована жизнь и сохранность личного имущества. Это предложение вызвало раздоры в христианском лагере, в котором не было единого руководства. Генрих Брабантский, находившийся в неприязненных отношениях с бездельником и сибаритом рейхсканцлером, и палестинские бароны были за то, чтобы принять предложение, немцы во главе с Конрадом -против, они настаивали на безусловной сдаче. Местные франки, опасавшиеся массовой резни после штурма, которая могла привести к джихаду, оповестили защитников и аль-Адила, что немцы пленных не берут. Осажденные поклялись умереть, но не сдаваться, а аль-Адил уговорил племянника аль-Азиза Османа Египетского выслать на помощь крепости армию. Энергия осаждавших начала ослабевать. В это время были получены известия о смерти императора Генриха VT в сентябре. Многие из германских предводителей заторопились на родину, чтобы быть дома при ожидавшихся раздорах и земельных переделах. И действительно, вскоре поступили вести о начавшейся в Германии гражданской войне между Штауфенами и Вельфами. Осаду решили снять. 2 февраля с юга приблизилась египетская армия. Простые солдаты хотели сражаться, но внезапно пронесся слух, что рейхсканцлер Конрад и предводители сбежали. Возникла всеобщая паника, армия бросилась бежать к морю и укрылась за стенами Тира.
5 марта 1198 г. в Акре на Коронном совете было решено возникшее во время Третьего крестового похода Германское госпитальное братство обратить в духовно-рыцарский орден святой Марии Тевтонской в Иерусалиме. Орден принял устав госпитальеров, вскоре после возникновения получил богатые земли в Германии и стал приобретать и строить замки в Святой Земле. Его первым владением была башня над воротами Сен-Никола в Акре, переданная ордену королем Амори. Вскоре они купили у правителя Тира замок Монфор и переименовали его в Штаркенберг. Позднее магистр ордена Герман фон Зальца перенес в него штаб-квартиру ордена.
Взятие Бейрута и возникновение Тевтонского рыцарского ордена — таковы были достижения Германского крестового похода. Снова, как ив 1190 г., смерть императора развалила германскую армию.
Амори с самого начала своего правления настоял на том, что правление обоими королевствами будет раздельным и что кипрские деньги короля нельзя будет тратить на нужды материкового королевства. Кипр был объявлен наследственным королевством, и наследником Амори — его сын Гуго. В королевстве на Святой Земле права наследования принадлежали королеве Изабелле, и в случае смерти Амори она могла вновь выйти замуж, и ее новый муж стал бы королем. Наследницей королевства была дочь Изабеллы от второго брака, Мария Монферратская. Даже если бы у Амори и Изабеллы родился сын, вряд ли он смог бы претендовать на корону. Фактически, однако, от этого последнего брака Изабеллы в живых остались две дочери, Сибилла и Мелизанда.