19 сентября, когда немцы взяли Киев, 12-я эскадрилья была снята с прикрытия мостов и переброшена в Мытницу. При перелете ее обстреляли германские зенитки, повредившие машину чатника Ланга. Уже при посадке наскочил на плохо засыпанную воронку и перевернулся самолет Паленичека. Разведчики в тот день совершили три вылета, обнаружив в разных местах большие скопления советской автотехники. Последними летали Гашпарович и Пэточка, которые засекли у с. Войтовцы до 500 автомобилей, но тут же попали под огонь ПВО. У «шмолика» были пробиты баки, и экипажу едва удалось дотянуть до Мытницы. Однако из-за отсутствия запчастей самолет ремонтировать не стали и бросили на краю аэродрома.
20 сентября 1 – я летка совершила 5 вылетов на разведку отступавших войск РККА юго-восточнее Киева и вскрыла более 700 единиц автотехники. Для удара по ним было решено привлечь все имеющиеся силы словацкой авиации. 21 сентября в 5.35 Гашпарович с Паточкой на «шмолике» под прикрытием пары «авиа» вылетели на до-разведку ранее обнаруженных целей. У с. Воронки группа попала под зенитный огонь и ушла в облака. Выйдя из них, ведущий истребителей Циприх не обнаружил ведомого чатника В. Калиского. (На следующий день немцы сообщили, что тот был сбит и погиб.) В 6.35 четыре «авиа», ведомые Даниэлем, штурмовали в районе Рогозов советскую автотехнику. В 9.00 семь «шмоликов» и пять истребителей нанесли бомбоштурмовые удары по автоколоннам в районах Рогозов – Нрковцы и Рогозов – Любарцы. Своих потерь не было, но и результаты не удалось зафиксировать ввиду сильного противодействия ПВО. Этим налетом была подведена черта под участием словаков в киевской операции.
В следующем месяце боевая активность полка резко снизилась. Так, с 3 по 6 октября 1 – я эскадрилья совершила всего 6 вылетов на фоторазведку в районе Днепропетровска. Сказывались потери и износ матчасти – на 5 октября исправными оставались всего 3 разведчика и 4 истребителя. Немцы, понесшие серьезные потери в летне-осенних боях, особой помощи союзнику оказать не могли. Стало ясно, что пора сворачиваться. Возвращение в Словакию началось 15 октября и завершилось 25-го. К тому времени 1-я эскадрилья выполнила 752 вылета, из них всего 78 на разведку либо штурм, и потеряла по различным причинам 9 машин. На счету 12-й эскадрильи 770 вылетов, из них 398 боевых: 107 – на сопровождение разведчиков, 263 – на прикрытие наземных объектов и 28 – для ударов по наземным целям. В 58 боях летчики «авиа» сбили 3 самолета достоверно и еще 2 предположительно. Было списано двадцать шесть «В-534». В общей сложности в 1941 году на Восточном фронте словаки задействовали 76 боевых самолетов в составе пяти леток, которые совершили 2544 вылета, из них только 676 были связаны с выполнением боевых заданий и еще 756 относились к «полетам над территорией противника». Остальное – перелеты с аэродрома на аэродром. Общий налет составил 505 000 км и 2284 ч. Из личного состава погибли всего 4 человека, а вот парк самолетов уменьшился на 46 машин, из которых только 9 было потеряно по боевым причинам.
После участия в штурме столицы Украины эскадрилью перевели в резерв группы армий «Юг». Передышка была недолгой, и в скором времени словаки вели бои около Кременчуга, наступая вдоль Днепра.
2 октября 1-я моторизованная дивизия сражалась в составе 1-й немецкой танковой армии на территории правобережной Украины. Затем ожесточенные бои около Мариуполя и Таганрога. Зиму 1941—1942 гг. словацкая дивизия встретила на рубеже реки Миус. Позднее она принимала участие в наступлении немецких войск на Кавказе, в ходе которого словаки сыграли важную роль при штурме Ростова.
Летом 1942 года 1 – я моторизованная дивизия под командованием генерала Йозефа Туранца переправилась через реку Кубань и развернула наступление на Туапсе. В январе 1943 года командование дивизии вновь поменялось. Новым командиром стал генерал-лейтенант Стефан Юрек. Зимой 1943 года после поражения армий стран оси под Сталинградом немецкие, румынские и словацкие войска на Кавказе оказались под угрозой полного окружения. Особенно это стало очевидным после выхода советских армий к Ростову.
1-я словацкая моторизованная дивизия прикрывала отход основных немецко-румынских сил, понеся при этом большие потери. Около станицы Саратовской ее части попали в окружение и сумели вырваться, бросив все тяжелое вооружение и технику. Остатки дивизии были эвакуированы по воздуху в Крым. С этого момента некоторые детали в ее судьбе неизвестны. Судя по отрывочным сведениям, словаки прикрывали береговую линию Сиваша. Ряд частей оказались под Мелитополем, где были разбиты во время мощного наступления Красной Армии. Более 2000 человек попали в плен.
В начале 1944 года дивизия была воссоздана. Ее новый костяк состоял из двух пехотных полков, нескольких батарей 37-мм противотанковых орудий, двух рот ПВО и саперной роты. Из ее состава немцы выделили боевую группу, насчитывавшую 12 офицеров, 13 унтер-офицеров и 775 солдат, и перебросили в Крым. Остальные подразделения на фронт не попали и были задействованы в охране коммуникаций. В июне 1944 года боеспособность дивизии резко снизилась. Немцы ее разоружили и использовали в качестве строительной бригады при сооружении укреплений на территории Румынии.
2-я охранная дивизия дислоцировалась на западной Украине в глубоком тылу немецких войск. Сперва она занималась уничтожением отдельных окруженных частей Красной Армии. Затем ее подразделения вели активные антипартизанские операции, действуя около Житомира. Некоторые части были переданы в состав 1-й словацкой моторизованной дивизии (например, 31-й артиллерийский полк). Весной 1943 года охранную дивизию передислоцировали в Белоруссию, в район Минска. Моральный дух словаков оставлял желать лучшего. Борьба с партизанами была задачей не из легких. 1 ноября 1943 года в связи с участившимися случаями дезертирства (несколько подразделений перешли с оружием на сторону партизан) дивизию разоружили и отправили в Италию в качестве строительной бригады.
Весной 1944 года линия фронта подошла к границам Словакии вплотную. При помощи немцев были сформированы и вооружены две новые словацкие пехотные дивизии, которые были сосредоточены в Западных Карпатах под командованием генерала Густава Малара. Эти силы, получившие название «Восточнословацкая армия», должны были остановить продвижение Советской армии.
В самой же Словакии готовилось восстание против режима Тисо и его немецких покровителей. Словацкие части должны были установить контакт с советскими войсками и открыть им дорогу в страну. 29 августа началось Словацкое национальное восстание. На сторону восставших перешли многие армейские гарнизоны, часть полиции. Однако немцам удалось оперативно разоружить большинство частей «Восточнословацкой армии», из числа которых только 2000 человек смогли присоединиться к повстанцам.
Центром восстания стал г. Банска-Быстрица, расположенный в центральной части страны. Словацкий Национальный Комитет, центральный руководящий орган восставших, объявил о проведении мобилизации. К концу сентября повстанческая армия насчитывала уже около 60 000 человек. 18 октября 1944 года немецкие войска перешли к активным действиям против словацких повстанцев. Основную роль в операции играли 18-я панцергренадерская дивизия СС «Horst Wessel» («Хорст Вессель»), боевая группа СС «Schill» («Шиль»), 178-я гренадерская дивизия «Tatra» («Татра») и бригада Дирлевангера. Словацкие формирования оказывали упорное сопротивление, но сдержать врага не могли. Постепенно кольцо вокруг них сужалось.