Готовилось большое наступление. Правительство не останавливалось ни перед чем, чтобы подавить восстание, обезглавить его. Из Петербурга под Оренбург власти направили двух «воронов» — яицких казаков Петра Герасимова и Афанасия Перфильева, поручив им подговорить казаков схватить или убить Пугачева. Но, как и Хлопуша, Перфильев перешел на сторону Пугачева.
В ярости Екатерина II приказала схватить и отправить в тюрьму в Казань жену и детей Пугачева, бродивших «меж двор» «по бедности». Дом Пугачева, купленный одним казаком, разобранный и перевезенный, был доставлен на старое место и сожжен вместе с плетнем и садом. Место, где стоял дом Пугачева, окопали рвом «для оставления на вечные времена без поселения».
Однако дело было не в самом Пугачеве, так как, по признанию Бибикова, «не Пугачев важен», важно «всеобщее негодование». А оно все росло, и волна крестьянской войны заливала все новые и новые области. Она охватила Яик и Западную Сибирь, Прикамье и Поволжье, Урал и Заяицкие степи.
Как брошенный в воду камень вызывает круги расходящихся волн, так и действия Главной армии Пугачева, осаждавшей Оренбург, обусловливали распространение восстания на север и на юг, на запад и восток. В первые же дни осады Оренбурга к Пугачеву пришли многочисленные башкирские отряды, в том числе отряд Кинзи Арсланова, ставшего верным соратником Пугачева и возглавившего башкир, входящих в состав пугачевского войска, осаждавшего Оренбург. В начале ноября у деревни Юзеевки на сторону восставших перешел большой отряд под начальством Салавата Юлаева, направленного Пугачевым для набора башкир Сибирской дороги. Вскоре поднялась вся Башкирия. Часть старшин осталась в лагере правительства, часть колебалась, часть под влиянием народных масс Башкирии примкнула к восстанию. Колебания одних и враждебность других старшин наложили отпечаток на ход восстания в Башкирии. Русские, башкирские и мещерякские отряды действовали разрозненно. Все это побудило Пугачева направить в Башкирию яицкого казака Ивана Никифоровича Зарубина-Чику. Зарубин сделал своей ставкой деревню Чесноковку под Уфой. Здесь он развернул энергичную деятельность. Всюду «устраивалась» новая власть, избирались атаманы и есаулы. Они должны были выполнять приказы Пугачева и Зарубина, пополнять ряды войска, ведать казной, творить суд и т. д. Во всем чувствовалась твердая рука «графа Чернышева», как именовал себя Зарубин-Чика. Отряды Салавата Юлаева, мишарского старшины Канзафара Усаева, Батыркая Иткинова стали действовать по его распоряжениям. Назначив табынского казака Ивана Степановича Кузнецова «главным российского и азиатского войска предводителем», Зарубин направил его в район Красноуфимска, подчинив ему все русские и башкирские отряды. Иван Никифорович Грязнов, «главной армии полковник», получил приказ идти в Исетскую провинцию. Башкирия стала одним из наиболее значительных очагов крестьянской войны.
В первые же дни крестьянской войны поднялись работные люди Южного Урала. Пугачев только подошел к Оренбургу, как начались волнения на Воскресенском заводе, затем к восстанию примкнули Богоявленский, Златоустовский и другие заводы. Посланный Пугачевым на Урал Хлопуша поднял Авзяно-Петровский завод. Заводские крестьяне и работные люди чаще всего восставали по своей инициативе, едва услышав о появлении «Петра Федоровича», обещающего им волю и все «крестьянские выгоды». Заводы поднимались порой задолго до того, как на них появлялись манифесты «Третьего императора».
Работные люди и заводские крестьяне выбирали из своей среды атаманов, есаулов, урядников и прочих «выбранных». На заводах возникали станичные избы, сносившиеся с другими заводами, ведавшие казной и продовольствием, снабжавшие всем необходимым войско пугачевских полковников, собиравшие и вооружавшие отряды, направлявшиеся либо в Берду к самому Пугачеву, либо под Уфу в Чесноковку к Зарубину-Чике, либо под Челябинск к Грязнову. Заводские отряды нередко были весьма многочисленными. Часть обслуживавших заводы рабочих, особенно заводские крестьяне и наемные люди, покидали заводы и расходились по домам, выступая в роли зачинателей восстания в своих краях. Переселенные на завод приписные и крепостные крестьяне, а нередко и мастеровые были самыми активными участниками восстания. Заводские крестьяне «всем миром» переходили на сторону пугачевцев. Уничтожались конторские книги и бумаги, конфисковывались деньги и хозяйственное имущество, выбирались «править заводами» новые власти, все заводские крестьяне и работные люди становились пугачевскими «казаками». Восстали работные люди Кыштымского, Каслинского, Златоустовского, Уткинского, Каменского, Саткинского и других заводов.