А. С. Пушкин, ездивший на Урал собирать пугачевский фольклор, много общавшийся с казаками и казачками, знавшими и видевшими Пугачева, в «Капитанской дочке» со слов очевидцев грозных событий крестьянской войны дал такое описание Пугачева: «Он был лет сорока, росту среднего, худощав и широкоплеч. В черной бороде его показывалась проседь; живые большие глаза так и бегали. Лицо его имело выражение довольно приятное, но плутовское. Волосы были острижены в кружок…» Когда П. И. Чайковский хотел написать музыку к задуманной им опере «Капитанская дочка», он опасался вмешательства цензуры, ибо писать по Пушкину, давшему объективную и благожелательную характеристику Пугачеву, это означало вывести Пугачева «удивительно симпатичным…»
В 17 верстах от Черного Яра с двумя сотнями яицких казаков, с первой женой и сыном (дочери попали в плен) Пугачев вплавь переправился на степной левый берег Волги. Он не пал духом и предлагал казакам уйти к терским или запорожским казакам, к калмыкам, в Сибирь или за море «подымать орды» и продолжать борьбу. Казаки наотрез отказывались, заявляя, что в чужие земли не пойдут и звали на Яик, где оставались их семьи и дома. Среди казаков зрел заговор. Душой заговора являлись Творогов, Чумаков, Железное, Федульев, Бурнов. Они совсем не думали о простом народе и «чернь содержали в презрении». Их мечты стать «первым сословием в государстве» развеялись, как дым. Надо было думать о собственном спасении, а сделать это было можно путем выдачи Пугачева.
На двенадцатый день тяжелого пути достигли Узеней. Далеко не все казаки находились «в сговоре», и заговорщики пытались изолировать Пугачева от верных ему людей. Когда Пугачев поехал к старикам-бахчевникам за дынями, с ним направились и все главари заговорщиков. Чумаков заговорил первым: «Что, ваше величество? Куда ты думаешь теперь идти?» «А я думаю, — отвечал Пугачев, — идти по форпостам и, забрав своих людей, двигаться к Гурьеву городку. Тут мы перезимуем и, как лед скроется, то севши на суда, поедем на Каспийское море и тамо подымем орды, они верно за нас вступятся». «Иван, что задумал, то затевай!» — крикнул Федульев Бурнову. Бурнов схватил Пугачева за руки. «Что это вы вздумали? На кого руки подымаете?!» — закричал Пугачев. На него набросились, отобрали оружие. Пугачев вырвался, вскочил на лошадь, понесся к камышам, но его перехватили и связали. В дороге, когда его на время развязали, он схватил шашку и пистолет, направил его в грудь Федульева, но курок дал осечку. Пугачева сбили с ног, связали и вместе с женой и сыном посадили в телегу.
14 сентября заговорщики явились на Бударинский форпост и сдали Пугачева с рук на руки сотнику Харчеву. В ночь на 15 сентября Пугачева доставили в Яицкий городок, а через день капитан Маврин начал допрос Пугачева. Оттуда в специальной железной клетке, под охраной воинских частей с артиллерией, Пугачева повезли в Симбирск, куда он был доставлен 1 октября. Через день в Симбирск приехал командовавший войсками, действовавшими против Пугачева, граф Панин. «Как смел ты, ворон, назваться государем?» — с яростью спросил Пугачева его «усмиритель». «Я не ворон, я вороненок, а ворон-то еще летает», — бросил ему в ответ Пугачев. Панин набросился на Пугачева, избил его, и вырвал клок бороды. В ноябре Пугачева привезли в Москву и посадили на цепь в Монетном дворе в Охотном ряду. Начались новые допросы. Здоровье Пугачева уже было подорвано пытками, которым он подвергался в Яицком городке и Симбирске. Опасаясь, что Пугачев умрет до того, как от него «выведают» все, Екатерина II отдала приказ, чтобы во время допросов, проявлял и «возможную осторожность». 31 декабря Пугачев предстал перед судом, а 9 января был вынесен приговор: «Учинить смертную казнь, а именно: четвертовать, голову взоткнуть на кол, части тела разнести по частям города и наложить на колеса, а после на тех же местах сжечь».