Емельян Иванович Пугачев родился на Дону в «доме деда своего» в станице Зимовейской, в той самой Зимовейской, где за сто лет до него родился другой вождь мятежного крестьянства Степан Тимофеевич Разин. Зимовейская станица считалась еще в XIX в. «малороссийской», что свидетельствовало о наличии среди ее обитателей немалого числа переселенцев с Украины, а переходы на Дон с Днепра «повелись исстари». Возможно, что и семья Пугачевых была украинского происхождения. Деда Емельяна Ивановича звали Михаила Пугач, а «пугач» по-украински означает «филин».
Год рождения Пугачева можно установить только со слов его самого. На допросах, учиненных ему в 1774 г. в Яицком городке и в Москве, он говорил, что «от роду» ему 32 года, что «считает себе тридцать третий год». Следовательно, Емельян Иванович Пугачев родился в 1742 г.
Семья Пугачева жила в Зимовейской станице давно. Казаками были и отец его, Иван Михайлович, и дед Михайло, прозвище которого Пугач обусловило и фамилию Пугачевых.
Мать Пугачева, Анна Михайловна, также была донской казачкой. Емельян был младшим сыном. Старший сын Дементий рано женился и отделился от отца. Кстати, заметим, что Дементий Иванович Пугачев «в злодействе его участия не имел и служил во время Турецкой войны порядочно с должной верностью», за что был освобожден от присмотра, награжден 100 рублями с приказанием впредь именоваться «Дементием Ивановым».
Пугачевы, по словам самого Емельяна Ивановича, «были простые казаки». Юность его прошла в труде и бедности. Еще мальчиком он помогал отцу, работал в поле и «боронил за отцом землю». До семнадцати лет Пугачев жил в доме отца, умершего спустя четыре года. В семнадцать лет Пугачев начал казацкую службу и был записан «в казаки… на место отца своего», ушедшего в отставку. На втором году казацкой службы он женился на дочери казака Есауловской станицы Софье Дмитриевне Недюжевой. Жена Пугачева, человек «слабый и тихий», уже через неделю провожала своего мужа в поход — молодой казак отправлялся в составе команды в Пруссию, где он оказался в войсках под командованием З. Г. Чернышева. (Впоследствии имя графа Захара Чернышева будет носить пугачевский полковник, яицкий казак Иван Никифорович Зарубин-Чика).
Шла Семилетняя война. Русская армия сражалась против прусских войск «скоропалительного короля» Фридриха II. В период военных действий против Пруссии Пугачев находился в команде донских казаков под начальством полковника И. Ф. Денисова. За «отличную проворность» Денисов взял Пугачева к себе в ординарцы. Но когда однажды ночью во время стычки с неприятелем в суматохе ночного боя Пугачев упустил одну из лошадей Денисова, не спасла и «отличная проворность» — по приказу полковника Пугачев был бит «нещадно плетью». Так Пугачев самолично познакомился с той жестокостью и бесчеловечностью, которая составляла характерную черту крепостной России и возглавлявшего ее царизма. Надо полагать, что эта первая обида не могла пройти бесследно для Пугачева. Три года. Пугачев находился в действующей армии. Он побывал в Торуне, Познани, Шермицах, участвовал во многих сражениях, но пуля и сабля щадили его и, по словам самого Пугачева, он был «ничем не ранен».
В 1762 г. Пугачев вернулся в Зимовейскую станицу, где и прожил около полутора лет.
В 1764 г. в составе казачьей команды Пугачев был отправлен, в Польшу, где в Белоруссии, входившей тогда в состав Польши, скрывались русские староверы, вынужденные покинуть родину, спасаясь от преследований церковных властей и правительства. Из Польши Пугачев вернулся домой, где прожил четыре года, иногда направляясь куда-либо в составе казачьих «партий».
В 1768 г. началась война с Турцией. И вот Пугачев снова садится на коня. В команде полковника Е. Кутейникова он получает за храбрость младший казацкий офицерский чин хорунжего. Пугачев принимает участие в ряде сражений с турками, в том числе и в бою под Бендерами под началом П. И. Панина. И кто в то время мог знать, что придет пора, и не кто иной, как именно граф П. И. Панин, полководец царской армии, грозный «усмиритель» крестьянской войны, вынужден будет как с равным скрестить свой меч с полководцем великого крестьянского воинства Пугачевым, не так давно безвестным хорунжим! Правда, уже в те времена у Пугачева проявилось стремление чем-то отличиться, чем-то выделиться, «произвесть себя отличным от других». Будучи «отлично проворным», он мог рассчитывать на успех. И так как Пугачеву «отличным быть всегда хотелось», то он не остановился перед тем, чтобы однажды, показывая товарищам свою действительно хорошую саблю, заявить, что она подарена ему крестным отцом… Петром Великим! Не тогда ли у него родилась та неясная мысль «отличиться», которая со временем сделает «крестника Петра Великого» императором Петром Федоровичем?