Армин Вегнер в одном из своих писем писал: «Ближе к вечеру я сел с одним священником — отцом Арсланом Дадшадом у входа в его палатку и попросил его рассказать о перенесенных страданиях, о восьмистах семьях, вместе с которыми он был депортирован, о тысячах людей, похороненных им в пустыне, среди которых было 23 священника и один епископ. Их глаза кричат мне: "Ты немец и союзник турок... Значит, правда, что и вы этого хотели!" Я опускаю взгляд. Как мне ответить на их обвинения? Священник вынимает из кармана маленькое распятие, завернутое в тряпку, и благоговейно целует его, и я не могу удержаться, чтобы тоже не поднести к губам этот крест, ставший свидетелем такой боли и стольких человеческих страданий».
В 1918 году несколько священников сопровождали армянских добровольцев Восточного Легиона, который после войны прибыл в Киликию с французами. Им тоже предстояло покинуть территорию в момент эвакуации французских войск.
В 1909 году, после Малахии Орманяна, Армянским Константинопольским Патриархом становится Егише Дурян (1860-1930), филолог и брат поэта Петроса Дуряна. очень энергичный человек, в прошлом епископ Смирны (1904-1908). В 1911 году он оставил кафедру и в течение десяти лет работал учителем в разных армянских школах города. В 1921 году его выбрали Патриархом в Иерусалиме, где он до самой своей смерти (1930) был духовным ориентиром для всей Армянской Церкви в период, когда ее престолы в Константинополе и Эчмиадзине переживали глубокий кризис.
После ухода Патриарха Дуряна и до 1915 года еще два Патриарха занимали кафедру в Константинополе. В 1915 году была отменена армянская Национальная Конституция, а годом позднее турецкое правительство упраздняет Армянский Константинопольский Патриархат и Сисский Католикосат и дает Армянскому Иерусалимскому Патриарху титул «Католикос Всех Армян Турции», разрешая в Константинополе лишь присутствие одного только викарного епископа. Затем, в 1919 году, по окончании периода смятения, армянский Патриархат возобновил свою деятельность во время оккупации Стамбула странами Антанты; в дальнейшем его право на существование будет оговорено в статьях Лозаннского договора, касающихся прав национальных меньшинств в Турции.
Несмотря на то, что во второй половине XIX века с принятием армянской Национальной Конституции светская власть Армянского Константинопольского Патриарха была сильно ослаблена, до 1915 года в его ведении еще находились целый миллет (то есть армянская община всей Турции) и общины Балкан, в целом около пятидесяти епархий и столько же епископов. Сотни церквей, монастырей и, в особенности, большое число армянских школ подчинялись непосредственно Патриарху.
Сегодня армянский Патриархат в Стамбуле сохраняет моральный авторитет, считаясь четвертым престолом после двух Католикосатов и Патриархата в Иерусалиме; однако он стал самым бедным Патриаршим престолом во всей Церкви. Ему доверено духовное окормление армян Турции и Крита. Число приходов невелико, нет своей семинарии, но есть много армянских школ. Турецкое правительство усиленно ограничивает всякую деятельность армянского Патриархата, как, впрочем, и всякой другой христианской общины: чинит серьезные бюрократические препятствия при реставрации церковных зданий, получении наследств и пожертвований, запрещает любые публичные религиозные манифестации, закрывает церкви в провинции, превращая их в мечети или разрушая. Закон предписывает, чтобы Патриарх был гражданином Турции. Сегодня с Патриархом сотрудничают всего два епископа и меньше тридцати священников. Армянская община Стамбула по традиции тесно связана с Церковью и имеет, наряду с Алеппской общиной, самый высокий процент верующих, которые ведут регулярную церковную жизнь. Однако около 70 процентов армян в Турции уже не знают языка своих отцов; кроме того, община уменьшается по причине эмиграции.
Католикосат Сиса также прошел через потрясения во время геноцида. После ухода французских войск из Киликии в 1922 году он недолго находился в Сирии, затем в 1930 году обосновался в городе Антелиасе на окраине Бейрута, в Ливане. Патриархат Иерусалима уступил ему юрисдикцию над Ливаном и Сирией, затем к ним добавился Кипр. Только позднее в его юрисдикцию войдут также общины Греции, Ирана, Кувейта, две американские епархии и одна канадская.
В сумятице, вызванной геноцидом, исчезает католикосат Ахтамара, который, впрочем, уже давно пришел в упадок.