В системе криминалистического знания методология выделилась на сравнительно поздних стадиях его развития и явилась важнейшим показателем зрелости этой науки.
На первоначальном эмпирическом этапе развития криминалистики осуществлялось формирование систем методов практической деятельности. Приемы работы сыщиков, детективов, полицейских, судебных следователей с самого начала должны были строиться с учетом структуры и закономерностей преступной деятельности и поведения преступников. Развитие и совершенствование этих приемов достигались посредством все более глубокого изучения и учета указанных закономерностей. Так, на смену приемам опознавания преступников но случайным признакам (так называемые идентификационные парады) пришли системы регистрации и идентификации, основанные на установленных антропометрией, гистологией и остеологией устойчивых и индивидуальных свойствах человека.
Наиболее эффективные приемы, проверенные практикой, закреплялись, анализировались и систематизировались учеными и переходили в разряд научных рекомендаций и методов. Образцом такой систематизации явился труд австрийского судебного следователя Ганса Гросса.
Собственно учение о методе, характеризующее теоретический этап развития криминалистики, формируется на более поздних стадиях. Инструментарий познавательной деятельности криминалиста выступает на этой стадии в качестве самостоятельного предмета научного исследования. При этом эффективность метода оценивается не в контексте результатов расследования конкретного преступления, а в контексте решения типовой криминалистической задачи, например, эффективность лазерного микроспектрального анализа при исследовании изымаемых с мест преступлений микроколичеств вещества; эффективность полиграфа для диагностики виновной осведомленности и т.п. Это обязывает методологов, криминалистики произвести «инвентаризацию» методов, сопоставив их с методами «большой» науки, дать их классификацию, исследовать их законность, эффективность, экономичность. Если ранее криминалистика в основном регистрировала, описывала используемые на практике методы следователей и экспертов, то на методологическом уровне развития науки возникла задача прогнозирования и проектирования новых методов, в том числе с использованием самых современных средств формализации, моделирования, математических и компьютерных технологий.
Классификации методов криминалистики осуществляются по различным основаниям и обслуживают решение различных задач науки и практики. Так, для решения задач работы с криминалистической информацией выделяют методы обнаружения, фиксации, декодирования (прочтения) информации, формирования частных и общих информационных систем. Применительно к задачам анализа процесса исследования конкретного источника криминалистической информации выделяют методы, реализуемые на различных стадиях исследования: аналитической, сравнительной, синтезирующей (оценочной). Применительно к субъекту и сфере профессионального применения методов различают экспортные, следственные, оперативно-розыскные методы, реализуемые в других сферах профессиональной деятельности, в том числе за рамками судебного процесса.
Применительно к задачам выбора метода и оценки его результатов существенное значение имеет их деление на органолептические и инструментальные, непосредственные и опосредствованные, качественные и количественные, однозначно-детерминистские и вероятностно-статистические.
Дальнейшая систематизация методов будет осуществлена по уровням методологии криминалистики, в которой различают: философский, общенаучный и специальный уровни. Они образуют строгую иерархическую структуру. В этой структуре методы высшего уровня действуют на низших методологических уровнях, обеспечивая их общую стратегическую и организационную направленность. В свою очередь, низшие методологические уровни обеспечивают адаптацию методов высшего уровня к особенностям структуры изучаемых объектов и условий их исследования.
Переходя к рассмотрению отдельных методологических уровней криминалистики, следует подчеркнуть, что их изолированное рассмотрение вызвано только удобствами теоретического анализа и изложения. Практически ни один из методов любого уровня не используется изолированно в отрыве от других. Их практическая реализация возможна только в системах криминалистических методик, адаптированных к особенностям задач, объектов и условий криминалистического исследования.