В юридичній літературі дискусійними є питання щодо юридичної природи інституту реабілітації. Так, досліджуючи реабілітацію як міжгалузевий інститут, О. М. Матвєєв визначає процесуальні і непроцесуальні його компоненти. На його думку, процесуальна частина інституту реабілітації включає: постановлення правового акта про визначення обвинуваченого невинуватим; письмове повідомлення про наявність у особи прав вимагати відшкодування шкоди; звернення реабілітуємого з відповідною вимогою до суду чи в інший орган, який визначає її наявність, щодо нарахування суми завданої шкоди; звернення реабілітованого до суду за правилами виконання вироку щодо постановлення постанови про відшкодування завданої шкоди. Непроцесуальна складова частина інституту реабілітації — це звернення реабілітованого з постановою суду до фінансових, житлових, інших органів [7, с. 16-17]. Вважаємо, що запропонована О. М. Матвєєвим теоретична доктрина інституту реабілітації є дискусійною. Виокремлення автором непроцесуальної складової частини інституту реабілітації є штучним у зв'язку з тим, що підставою поновлення порушених прав, відшкодування шкоди є процесуальним рішення слідчого, прокурора, суду, виконання якого покладається на орган виконавчої служби.
Вважаємо доцільним проаналізувати точку зору Р. В. Гаврилюка, який зазначає, що сутність інституту реабілітації в поновленні придатності особи, підданої незаконному кримінальному переслідуванню і засудженню, стати повноправним носієм загальнолюдських прав і свобод, які раніше були обмежені процесуальними органами, та утворення ефективного компенсаційного механізму поновлення її майнових, соціальних та інших прав, захист інтересів, які були порушені діями чи рішеннями публічних процесуальних органів [8, c. 11]. Загалом можна погодитися з цим визначенням. Водночас Р. В. Гаврилюк не розкриває правовідносини між особою, яка була піддана незаконному і необґрунтованому кримінальному переслідуванню, незаконно засуджена, і державою, яка несе відповідальність за свою діяльність.
О. В. Веретенникова, досліджуючи поняття інституту реабілітації, визначила такі його ознаки: 1) норми, які мають самостійний загальний предмет правового регулювання; 2) єдина функція — поновлююча; 3) реабілітаційні норми входять до загального блоку правових норм; 4) реабілітаційні норми мають своє оформлення і законодавчу особливість. У зв'язку з цим автор вважає, що реабілітація — це кримінально-процесуальний інститут права, який побудований на конституційних принципах і визначає порядок поновлення незаконно порушених прав особи на підставах, визначених КПК РФ у формі юридичної відповідальності держави у вигляді відшкодування майнової шкоди, компенсації моральної шкоди і поновлення в соціальних, трудових та інших правах, а також публічне вибачення прокурора [9, с. 13].
Слушною є наукова позиція М. В. Орлової, яка зазначає, що інститут реабілітації являє собою сукупність правових норм, що регулюють правовідносини, які виникають у зв'язку з прийняттям акта про реабілітацію (виправдувального вироку чи постанови про закриття кримінальної справи або кримінального переслідування з реабілітуючих підстав) і здійсненням на його основі компенсаційно-поновлюючих заходів, спрямованих на відшкодування шкоди і поновлення прав особи, яка незаконно і необґрунтовано чи помилково піддана кримінальному переслідуванню [10]. Водночас не можна погодитися з М. В. Орловою, що особа, не винувата у скоєнні злочину, може бути «помилково» піддана кримінальному переслідуванню. На наш погляд, кримінальне переслідування має бути законним і обґрунтованим. У разі, коли має місце незаконне і необґрунтоване кримінальне переслідування, то невинувата особа буде незаконно і необґрунтовано засуджена.
Питання про галузеву належність інституту реабілітації є дискусійним серед науковців. Так, на думку одних дослідників, інститут реабілітації належить до комплексного правового інституту (Л. В. Бойцова, М. І. Пастухов, Л. І. Петрухін), інші — до міжгалузевого (Б. Т. Безлєпкін), міждисциплінарного (О. М. Матвєєв), до комплексного інституту міжнародно-правового характеру (Р. В. Гаврилюк), цивільно-правового (О. Н. Войтенко, Т. М. Медведєва, М. М. Скворцов, К. В. Ярошенко). Проблеми вирішення галузевої належності мають певне теоретичне і практичне значення.