В юридичній літературі викладені різні судження про правову природу правовідносин, пов'язаних із відшкодуванням особі шкоди, завданої незаконними діями, рішеннями у сфері кримінального судочинства. Зазначена проблема концептуально викладена в наукових працях окремих дослідників. Так, дослідники проблем цивільного права О. Н. Войтенко, Т. М. Медведєва, М. М. Скворцов, К. В. Ярошенко вважають, що відносини, пов'язані з відшкодуванням особі майнової та моральної шкоди, заподіяної незаконними діями у сфері кримінального судочинства, мають цивільно-правову природу, тому що їх регулюють норми цивільного права. При цьому вони посилаються на предмет і метод правового регулювання відносин, пов'язаних із відшкодуванням шкоди, які традиційно регулюються нормами цивільного права [11-14]. Зазначена точка зору є спірною. Вважаємо, що суспільні відносини, які регулюють норми цивільного права, — це майнові та особисті немайнові відносини, властивою ознакою яких є те, що вони засновані на юридичній рівності, вільному волевиявленні, майновій самостійності їх учасників (ст. 1 ЦК України). Варто зазначити, відносини, пов'язані з відшкодуванням особі шкоди, завданої незаконним і необґрунтованим кримінальним переслідуванням, незаконним засудженням, мають кримінально-процесуальну природу, тому що передує їм скасування незаконних процесуальних рішень щодо особи, не винуватої у вчиненні злочину. Водночас визначальною ознакою методу цивільно-правового регулювання суспільних відносин є юридична рівність сторін, тобто учасники цивільно-правових відносин не можуть примушувати іншого учасника до певної поведінки за формою і суттю [15, c. 10]. Варто зазначити, що, на відміну від цивільно-правових відносини, у кримінальному процесі відносини врегульовано із застосуванням імперативного методу правового регулювання (методу влади і підкорення), що має примусовий характер. Відносини сторін правовідносин при ньому будуються «по вертикалі» (слідчий — обвинувачений). Метод обирається за схемою «обов'язок + відповідальність» [16, с. 26].
В юридичній літературі Л. В. Бойцова, М. І. Пастухов, Л. І. Петрухін виклали іншу позицію. Вони вважають, що реабілітаційні відносини з відшкодування шкоди, завданої незаконним і необґрунтованим кримінальним переслідуванням, незаконним засудженням, мають комплексний характер, бо шкода спричиняється у кримінальному процесі, а відшкодовується в рамках цивільного, фінансового, трудового, пенсійного права [17-19]. Так, Л. В. Бойцова вважає, що предметом регламентації правового інституту реабілітації є матеріальні реабілітаційні та процесуальні реабілітаційні відносини. Перші «народжуються» з моменту заподіяння громадянину шкоди в період кримінального переслідування; інші виникають із моменту винесення рішення про визнання невинуватості особи. Матеріальні реабілітаційні правовідносини спрямовані на відшкодування майнової, моральної шкоди особам, відновлення порушених прав, усунення обмежень в їх правоздатності. Зазначені права захищаються різноманітними галузями права: трудовим, пенсійним,
житловим, цивільним, державним правом. Водночас, на думку автора, регулювання державної відповідальності спеціальними нормативно-правовими актами (указом, положенням, інструкцією) має специфіку, що пояснюється особливими відносинами реабілітанта з державою (зокрема нерівністю індивіда і влади в матеріальному і процесуальному плані), наявністю негативних наслідків в результаті необґрунтованого притягнення особи до кримінальної відповідальності. Л. В. Бойцова зазначає, що норми трудового, житлового, цивільного, пенсійного права, не втрачаючи своєї належності до вказаних галузей права, входять до комплексного правового інституту відповідальності держави перед особою за завдану їй шкоду у сфері правосуддя [17, c. 29-30].
Дослідники теорії права поділяють правові інститути, з урахуванням їх змісту, на: прості інститути — невеликі інститути, що не містять жодних інших структурних утворень (крім природно-правових норм) та комплексні інститути — порівняно великі інститути, що містять більш дрібні структурні утворення — субінститути. Слушною є думка Я. Ф. Фархтдинова, який об'єднує норми в інститути за предметом і функціональною ознакою. Інститути, що визначають і регулюють основоположні загальні питання (загальна частина КПК), мають функціональний характер. Тому Я. Ф. Фархтдинов виділяє загальні (основні) і спеціальні інститути. Завдання, принципи судочинства включаються до основного інституту. Спеціальні інститути формуються з норм особливої частини права і регулюють окремі ділянки процесуальних правовідносин [20, с. 31-32].