7 октября 1931 года в девять часов утра Сильвестер Матушка был задержан в своей квартире сотрудниками венского отделения общественной безопасности и подвергнут первоначальному допросу прибывшими в Вену будапештскими криминалистами. Сначала Матушка категорически все отрицал. Однако поскольку он вынужден был признать, что обладал всеми материалами, использованными во время диверсии близ Биаторбади, то руководитель венского отделения общественной безопасности советник Воль тут же санкционировал предварительное заключение его под стражу. Пункт за пунктом на допросе Матушке предъявлялись многочисленные отягчающие обстоятельства и улики. Венская утренняя газета "Дёр морген" дала сообщение об этом допросе 12 октября 1931 года под аршинным заголовком:
"По следу железнодорожного преступника!
…Он равнодушно выслушивает все вопросы, обращенные к нему, затем довольно неопределенно смотрит в небо, и каждый раз ему требуется немало времени, чтобы ответить на вопрос. Ответ, который редко что-либо проясняет. Матушка пытается избежать разговора на конкретную тему и за счет более или менее искусных уловок уйти от точных определений… После ареста Матушки полиция конфисковала в его квартире и тот костюм, который был на нем 13 сентября, когда он — по его же собственным словам — удивительным образом спасся в Биаторбади от смерти. Речь идет о спортивном костюме с брюками-гольф, на карманах которого обнаружены странные желтые пятна. По мнению специалистов, эти пятна, без сомнения, являются следами экразита, который применялся при диверсии…"
С каждым новым вопросом положение Матушки становилось все безнадежнее. Уже давно были проверены совершенные в Австрии и Германии диверсии и вызваны в Вену занимавшиеся этим криминалисты. 16 октября 1931 года в восемнадцать часов Матушка в присутствии криминалистов доктора Швейнитцера и доктора Антала из Будапешта, советника Воля и доктора Брандта из Вены, а также советника Генната и доктора Берндорфа из Берлина полностью признался в содеянных преступлениях. Это признание, проверенное полицейскими учреждениями трех стран, подтвердило результаты расследования. Оно не оставляло больше сомнений в том, что Матушка один, без соучастников и чьего бы то ни было подстрекательства, совершил диверсии в Анцбахе, Ютербоге и Биаторбади и планировал еще три — в Милане, Париже и Амстердаме.
Итак, цепь ужасных преступлений была выявлена, и кошмар, висевший над людьми, рассеялся. Однако пока царила полная неясность в отношении мотивов преступлений. Материальные или политические причины отпадали сразу. Был ли Матушка душевнобольным? Когда его спрашивали о том, что было поводом к совершению преступления, он возбужденно вскакивал, бросался на пол и, всхлипывая, бормотал сдавленным голосом:
— Мир, услышь меня; мир, пойми; мир, знай: я, Сильвестер Матушка, преступник, самый грешный человек.
Когда проводившие допрос служащие энергично призывали его к порядку, он тут же вставал, виновато улыбался и говорил:
— Простите, пожалуйста. Я знаю, что должен умереть. Я даже хочу этого. Но дайте мне еще несколько дней отсрочки, тогда я все скажу. И пожалуйста, верните мне статуэтку, которую у меня отобрали при аресте…
Матушка воспитывался в строгих религиозных традициях. Он должен был стать священником, но его исключили из семинарии, так как поймали во время посещения борделя. Между двумя этими полюсами, видимо, и следует искать действительные, до сих пор не выясненные до конца мотивы его преступлений. Сам Матушка сказал, когда ему наконец вернули небольшую статуэтку святого Антония Падуанского, которую он постоянно носил с собой как талисман:
— На рождество 1930 года я был на торжественной мессе в своем родном городе. Я подарил церкви прекрасные ясли работы скульптора Бартолотти. Они стоили четыреста шиллингов. Когда я увидел, какую радость они доставили людям, в том числе и тем, кто обычно не ходил в церковь, я захотел их всех, неверующих и сомневающихся, обратить в веру в господа. Я чувствовал себя призванным к этому, но знал, что смогу достигнуть этого только в том случае, если заставлю людей слушать. Поэтому и решил устроить в течение года крушения поездов по всей Европе, а потом заявить о себе.