Использовали писари древних рукописей и систему условных алфавитов. Как правило, в их основе лежали уже известные: греческий, глаголический, кириллический, в которых привносились какие-то изменения или дополнения. Однако случались в рукописях и оригинальные условные алфавиты, построенные или по какому-то определенному принципу, или абсолютно произвольных начертаний.
Образцом алфавита, придуманного специально для тайнописи, притом по особенному принципу, может служить ключ к тайнописи, изображенный на отдельном листе второй половины XVII ст. (Собрания Большой Патриаршей библиотеки № 93).
Здесь тайнопись заключается в замене обычных букв треугольниками и четырехугольниками, заимствованными из решеток, составленных из двух параллельных линий, пересеченных двумя такими же линиями под прямым углом. В полученных клеточках помещено по четыре и по три буквы в порядке азбуки: в тайнописи буквы заменяются, при этом первая — простым угольником, а следующие — тем же угольником с одной, двумя или тремя точками, ввиду места буквы в нем. Поскольку при таком размещении букв в клетках вся азбука не могла поместиться, то в этой тайнописи не оказывается знаков для таких букв кириллицы, как «ш», «ь» и тому подобных.
Следующий вид тайнописи, которая использовалась писарями в российских рукописях, — это «система замен». Выделяют два вида такой тайнописи: «простую литорею» (от лат. litera — буква) и «мудрую литорею», а также, как вариант этой последней, тайнопись «в квадратах». «Простая литорея» заключалась в том, что каждая из десяти по порядку азбуки согласных, поставленных в одном ряду, заменялась соответствующей ей буквой во втором таком же ряду, который состоял из последних десяти согласных, которые шли в обратном (справа налево) порядке.
Первый документ, который дошел до нас и содержал данный тип криптосистемы, датировался 1229 годом. Однако по-настоящему широкое распространение она получила в конце XVII века. Ключ к «простой литорее» такой:
Слово «УКРАИНА», записанное «литореей», выглядит так: «УТМАИПА».
Более сложной разновидностью «литореи» была так называемая «мудрая литорея», где все буквы кириллической азбуки, включая гласные, заменялись на другие буквы и символы. К этому же виду тайнописи, которую использовали в XVI–XVII веках, относилась тайнопись «в квадратах», где таблицы замены букв выписывались в виде квадратов. Нередко писари прибегали к написанию фраз в обратном порядке, составляя своеобразные криптограммы, или не дописывали букву — подобный шифр назывался «полусловицей».
Цифровая система тайнописи, которую тогда называли «счетной» или «цифирной», была основана на употреблении букв как цифр и на разных практических действиях с ними и была очень распространенной. Следует сказать, что в древнерусских рукописях встречались разные ее виды: простая и сложная цифровая система, описательная система, система особенного применения арабских цифр, система значков, то есть с использованием разных значков для обозначения цифр-букв. Цифровая тайнопись существовала на Руси уже в самом начале XIV века.
Простая цифровая тайнопись заключалась в том, что для каждой цифры-буквы, которая отвечала желательной в обычном письме букве, давалось несколько преимущественно одинаковых слагаемых. Так, чтобы получить нужную букву, нужно было провести сложение, а полученная сумма, изображенная соответствующей цифрой-буквой, и была искомой буквой. Реже сумма состояла из разных цифр-букв, причем каждая группа цифр-слагаемых отделялась каким-либо знаком или пропуском от соседних. Буквы, что не имели цифрового значения, оставались неизменными.
Арабские цифры начали использоваться в качестве тайнописи лишь с того времени, как они начали входить в употребление в российской письменности, то есть со второй половины XVI века на российском юго-западе и с начала XVII века на северо-востоке.
К другим системам тайнописи, известным по древнерусским рукописям, принадлежал «монокондил», разные приемы образного и фигурного письма, а также «акростих» (стихотворение, в котором начальные буквы строк образуют слово или фразу). «Акростих» — типичный для европейской средневековой письменной культуры прием организации поэтического текста — входил в арсенал художественно изобразительных средств древнерусских авторов уже с конца XI века.