В это время Феодосий уже умер, и его место занял в Константинополе Аркадий. Он был молод (около 19 лет), женат на Евдоксии, такой же суеверной, как и он, но несравненно более энергичной. Быть может, некоторая часть господствующей николаитской фракции старалась сдержать распространение обвинительного акта, каким являлся для них Апокалипсис, однако при том резонансе, который он вызвал, рано или поздно рукопись должна была дойти и до императора и поразить все его окружение тем же суеверным ужасом, каким дышала в это время вся религиозная масса. В такой критической ситуации единственный выход для императора — призвать этого грозного пророка, устами которого говорит Всемогущий и сделать его личным, придворным пророком, исполнив все, что тот прикажет, и покаявшись во всех грехах.
Эта теоретическая реконструкция политических событий полностью подтверждается источниками (в дальнейшем все цитаты из книги Муравьева в передаче Морозова). Когда в 397 г. умирает епископ Нектарий, византийская императорская чета «и все Константинопольские священники, и окрестные епископы, и весь народ… требуют единогласно», чтобы на его место посадили «помимо всех корыстолюбивых соискателей» не кого–нибудь, а опального, никогда официально не признававшегося, оппозиционного пресвитера Иоанна, рукоположенного оппозиционным епископом Флавианом, и никогда не бывшего в Константинополе! Специальный императорский посол, в сопровождении почетной стражи, прибывает в Антиохию и вручает Флавиану указ отпустить в Константинополь Иоанна, назначаемого первым епископом, патриархом церкви. Иоанн, очевидно, принял все это за очередную провокацию властей, чтобы выманить его на расправу, и укрылся от императорского посольства в храме, «и вся Антиохия сбежалась к этому храму для того, чтобы его защитить». Не в силах ничего сделать в такой бурной ситуации, посольство возвратилось в Константинополь.
При обычных условиях на ослушников императорского указа обрушилась бы гроза, и непокорный Иоанн был бы вновь сослан, тем более, что претендентов на престол первого епископа, хватало. Но здесь было не до того, и вот императорская власть поступает совершенно небывалым способом. Новому императорскому послу, адъютанту Астерию, было приказано похитить Иоанна из Антиохии. Под предлогом религиозной дискуссии посол и антиохийский градоначальник заманили Иоанна в предместье города и когда тот, ничего не подозревая, явился, Иоанна со всевозможными почестями и поклонами посадили в колесницу и, окружив почетным конвоем, отправили в Константинополь.
И вот, 26 февраля 398г., как раз за год до срока исполнения грозного пророчества, Иоанн прибыл в столицу империи. «И вышел к нему (ведомому под стражей, чтобы не сбежал) весь город со множеством вельмож, посланных императором встречать его, и принят был с почетом от царя и всего собора и народа, и все радовались о таком светильнике церковном».
Иоанн не сразу согласился занять пост патриарха. По–видимому, он не хотел принять назначения, пока не созовут в Константинополе собора империи, и это требование было мгновенно исполнено Аркадием. Все первостепенные епископы были вызваны в столицу, и закоренелый враг Иоанна, Теофил Александрийский «сам рукоположил Иоанна». Историки, чтобы объяснить этот странный собор, говорят, что он был созван лишь потому, что «император хотел торжественного поставления Иоанна»; однако, ни для кого другого таких соборов не созывали, а посвящали прямо, вызывая лишь фракийского епископа.
На панику среди христиан и, как ее результат, необычайное религиозное настроение при водворении Иоанна, единогласно указывают все источники: «Ристалища и амфитеатры временно опустели, как осушаются берега от волн, отгоняемых сильным ветром. Волны народные нахлынули в церковь. Кафедра сделалась слишком отдаленной, чтобы можно было слышать его слова, и он был принужден говорить с амвона посреди церкви». Императорский эдикт в начале 399 г. запретил всякие спектакли по воскресеньям, а в 400 г. к этим запретным срокам добавили еще одну неделю перед весенним равноденствием и одну неделю после.