Однако вскоре настоящий удар нанес старинный враг, Теофил, епископ Александрийский. Для начала он обрушился на сторонников Иоанна, египетских оригенитов, обитавших в окрестности Нитрийской горы. Специальная военная экспедиция в ночь на 10 июля 402 г. перебила большинство из них. Иоанн написал Теофилу резкое письмо, на что получил послание, угрожающее уже ему самому. Оригениты подали в 402 г. жалобу императору на Теофила и потребовали суда. Тогда Теофил, в союзе с Епифанием и блаженным Иеронимом (старым соперником Иоанна) под предлогом разбирательства дела Теофила и, пользуясь поддержкой императорской четы, которая, освободившись от страха катастрофы, желала теперь удаления Иоанна из столицы так же страстно, как раньше стремилась к его воцарению, организовали в Константинополе новый собор для неожиданного суда над Иоанном и оригенитами. Иоанн отказался присутствовать на заседании собора, начавшемся в марте 403 года, и произнес против него в своем храме резкую речь.
Собор обвинил Иоанна по шести основным пунктам:
1. Он проповедовал, что церковный алтарь полон мерзостей.
2. Он называл императрицу Евдоксию Иезавелью.
3. Он воскликнул раз во время церковной службы, «я схожу с ума от любви»
4. Он оригенитов считал за своих, а тех, которые сообщались с государственною церковью, не лечил в темнице.
5. Он принимал язычников, которые дурно обращались с христианами, давал им защиту в церкви и молился за них.
6. Он похитил церковное имущество. (Латинский текст оригинала см. в ([57], стр. 256)).
Первое обвинение явно ссылается на то, что в Апокалипсисе Иоанн признавал чашу причащения, чашей «наполненной мерзостями». Второе обвинение также, как мы уже неоднократно указывали, непосредственно связано с Апокалипсисом. Наибольший интерес представляет шестое обвинение, в присвоении церковного имущества.
О том, что Иоанн похитил что–либо из материальных богатств, не может быть и речи: все сохранившиеся источники и свидетельства подчеркивают простоту его жизни, одежды и его тягу к благотворительности, средства для которой он брал у молодой константинопольской красавицы Олимпиады, служившей диакониссой при одной из церквей Иоанна, и обладавшей огромными имениями около столицы.
Следовательно, это обвинение могло относиться только к его единственным всем известным богатствам, дававшим ему такое обаяние в публике: к его литературным произведениям, которые теперь старались представить похищенными в виде каких–либо древних документов, неизвестных публике и выданных им за свои. Удар наносился в единственное уязвимое место Иоанна, так как он разрушал его гигантский авторитет как великого писателя и еще более великого пророка.
Если сопоставить этот пункт обвинения с тем фактом, что Апокалипсис приписывается в каноне уже другому лицу, то невольно приходит в голову мысль, что его оклеветали на этом соборе именно в том, что во время своего бегства в 381 г. из горного монастыря близ Антиохии, он унес оттуда находившиеся там древние рукописи, принадлежавшие кому–то другому. Кому? По–видимому, этот собор впервые назвал тут имя другого Иоанна, непосредственного ученика Христа, который, якобы, и написал Апокалипсис. При полном отсутствии литературной критики в те времена и некритичности восприятия древних, опровергать такое обвинение было невозможно, а тем более в обстановке, накаленной несбывшимся пророчеством. Мифический Иоанн, другой ученик Христа, созданный для уничтожения настоящего ученика, поднялся как грозный обвинитель плагиатора, неправильно истолковавшего мысль Бога.
Обвинение сразу отнимало у Иоанна авторитет великого христианского писателя, а вместе с тем, делало Апокалипсис из орудия, направленного против николаитской господствующей фракции, ее собственным и чрезвычайно могучим орудием устрашения паствы и противников, а эффективность этого орудия уже была продемонстрирована. Доказательством основательности такого обвинения мог служить для врагов Иоанна и тот факт, что пророчество не сбылось, а, следовательно, не было понято и самим Иоанном, выдававшим себя за его автора.