Бауэр продолжал писать, в том числе более девяти теологических трудов в двенадцати томах. Темы варьировались между теологией, современной историей и политикой. Он писал, работая в табачной лавке своей семьи.
В 1843-1845 гг. Бауэр опубликовал «Историю политики, культуры и просвещения XVIII века» (в 4-х томах). В 1847 г. Бауэр опубликовал «Историю Французской революции» (Geschichte der französischen Revolution) в 3 томах. В 1850-1852 гг. Бауэр опубликовал «Критику Евангелий и историю их происхождения», а также «Критику посланий Павла».
В 1877 г. Бауэр опубликовал книгу «Христос и цезари», а в 1882 г. — «Романтический империализм Дизраэли и социалистический империализм Бисмарка».
Последняя книга Бауэра по теологии, «Христос и кесари» (1879 г.), стала его венцом в обосновании гегелевского положения о том, что христианская теология обязана греко-римской классической философии не меньше, чем иудаизму.
Бруно Бауэр умер в Риксдорфе в 1882 году.
Конфликт с Дэвидом Штраусом
Вскоре после смерти Гегеля в Берлин (1831 г.) приехал другой писатель — Давид Штраус, читавший труды Гегеля. Будучи учеником Фридриха Шлейермахера, он написал известную ныне книгу «Жизнь Иисуса, подвергнутая критическому анализу» (The Life of Jesus Critically Examined), которую обычно называют «Жизнь Иисуса» (1835). В этой книге Дэвид Штраус провозгласил свою собственную эпохальную теорию «демифологизации» как подход к Евангелиям, но при этом попытался использовать имя и славу Гегеля в посвящении своей книги.
В год своего выхода в свет книга Штрауса вызвала бурю споров. Прусский король Фридрих Вильгельм IV ужесточил контроль над системой прусских университетов, отдавая предпочтение ультраконсервативному подходу к изучению Нового Завета. Он резко возражал против работ Давида Штрауса, а также обвинял гегельянскую школу в целом, в том числе и потому, что Штраус в своем посвящении назвал Гегеля.
Бруно Бауэр, которому уже исполнилось 26 лет, был выбран гегельянцами для опровержения Давида Штрауса в гегельянском «Журнале философской критики» (Journal für wissenschaftliche Kritik). Бауэр показал, что Штраус основательно исказил Гегеля. Бауэр также показал, что диалектика Давида Штрауса была заимствована у Шлейермахера (который был антагонистом Гегеля).
Хотя книга Штрауса хорошо продавалась в Европе, в 1838 г. Штраус опубликовал опровержение Бруно Бауэра в брошюре под названием «В защиту моей жизни Иисуса против гегельянцев» (1838 г.). В этой книге Штраус публично признал, что его позиция в конечном счете не была вдохновлена ни философией Гегеля, ни его теологией (с ее диалектическим триединством). Тем самым Штраус решительно отделился от гегелевской философии.
Однако в этом последнем обмене мнениями с гегельянцами Дэвид Штраус подверг их критике, которая стала знаменитой. Штраус придумал термины, которые используются до сих пор: по его словам, правый гегельянец некритично защищает все позиции ортодоксального христианского богословия, а левый гегельянец придерживается либерального и прогрессивного подхода к Священному Писанию.
Прусский монарх, возражая против этих дискуссий, запретил многим гегельянцам преподавать в университетах, в том числе и Бруно Бауэру. До конца жизни Бауэр продолжал испытывать неприязнь к Штраусу, а престарелый Бруно Бауэр поощрял молодого Фридриха Ницше к написанию статей с резкой критикой Давида Штрауса. Ницше в этот ранний период называл Бруно Бауэра «[своей] читающей публикой!».
Взгляды на происхождение христианства
Бауэр написал критику Нового Завета. Дэвид Штраус в своей книге «Жизнь Иисуса» рассматривал евангельские повествования как полусознательный продукт мифического инстинкта раннехристианских общин. Бауэр высмеял идею Штрауса о том, что община может создать связное повествование. Напротив, он считал, что за создание первого Евангелия мог отвечать только один автор. Его собственное утверждение, воплощающее теорию Христиана Готтлоба Вильке (Der Urevangelist, 1838), заключалось в том, что первоначальным повествованием было Евангелие от Марка.
По мнению Бауэра, Евангелие от Марка было завершено в правление Адриана (117-138 гг. н.э.), хотя его прототип, «Прото-Марк» (идентифицируемый в «Евангелии от Марка» с помощью критического анализа), был начат примерно во времена Иосифа и римско-иудейских войн (66-70 гг. н.э.). Бауэр, как и другие сторонники «маркианской гипотезы», утверждал, что все синоптические Евангелия использовали «Евангелие от Марка» в качестве модели повествования.