В 1906 г. Альберт Швейцер писал, что Бауэр «первоначально стремился защитить честь Иисуса, спасая его репутацию от бессмысленной пародии на биографию, которую сфабриковали христианские апологеты». Однако в конце концов он пришел к убеждению, что это полная выдумка, и «считал евангелиста Марка не только первым рассказчиком, но даже создателем евангельской истории, таким образом, делая последнюю выдумкой, а христианство — изобретением единственного оригинального евангелиста» (Отто Пфлейдерер).
Хотя Бауэр исследовал «Прото-Марка», именно его замечания по поводу современной версии «Евангелия от Марка» привлекли всеобщее внимание. В частности, некоторые ключевые темы «Евангелия от Марка» показались ему литературными. Тема мессианской тайны, когда Иисус постоянно творил чудеса, а затем постоянно просил зрителей никому не рассказывать о том, что он это делал, показалась Бауэру примером вымысла. Если «Мессианская тайна» является вымыслом, писал Бауэр, то редактор, добавивший эту тему, вероятно, был окончательным редактором нашей современной версии «Евангелия от Марка». В 1901 г. Вильгельм Вреде приобретет широкую известность, повторив многие из этих идей в своей книге «Мессианская тайна».
Некоторые влиятельные богословы Тюбингенской школы считали некоторые Павловы послания подделками II века. Бауэр радикально изменил эту позицию, предположив, что все Павловы послания являются подделками, написанными на Западе в противовес Павлу из Деяний. Бауэр отметил преобладание греко-римского элемента над иудейским в христианских сочинениях и привел множество исторических фактов в поддержку своей теории. Однако современные ученые, такие как Э.П. Сандерс и Джон П. Майер, оспаривают эту теорию и пытаются доказать преимущественно еврейский исторический фон. Другие авторы, такие как Рудольф Бультманн, соглашались с тем, что греко-римский элемент был доминирующим.
По мнению Бауэра, автором «Евангелия от Марка» был «итальянец, живший в Риме и Александрии», «Евангелие от Матфея» написал «римлянин, питавшийся духом Сенеки», а христианство — это, по сути, «стоицизм, торжествующий в еврейском одеянии».
Бауэр добавил глубокий обзор европейской литературы I века. По его мнению, многие ключевые темы Нового Завета (особенно те, которые противопоставляются темам Ветхого Завета) можно с относительной легкостью найти в греко-римской литературе, процветавшей в I веке. Такой позиции придерживались и некоторые иудейские ученые.
В последней книге Бауэра «Христос и кесари» (1879 г.) приводится анализ, показывающий общие ключевые слова в текстах таких писателей I века, как стоик Сенека и Новый Завет. Хотя это было замечено еще в античные времена, древние объясняли это тем, что Сенека был тайным христианином. Бауэр был первым, кто попытался тщательно продемонстрировать, что некоторые авторы Нового Завета свободно заимствовали у Сенеки. Одно из современных объяснений состоит в том, что общие культуры имеют общие формы мышления и общие модели речи, и сходство не обязательно свидетельствует о заимствовании.
В книге «Христос и кесари» Бауэр утверждал, что иудаизм проник в Рим в эпоху Маккавеев и с тех пор увеличил свое влияние в Риме. Он ссылался на литературу I в., чтобы подкрепить свои доводы тем, что влияние иудаизма в Риме было гораздо большим, чем сообщали историки. По его словам, императорский трон находился под влиянием еврейского религиозного гения, он привел в пример отношения Ирода с семьей Цезаря, а также знаменитые отношения между Иосифом Флавием, Веспасианом и Титом. Кроме того, в стихотворении Горация рассказывается о том, как он приветствовал своего римского друга в субботу по пути в местную синагогу.
Аргумент против существования Иисуса
Бауэр стал первым автором, который систематически доказывал, что Иисуса не существовало.
Однако уже в начале своей научной карьеры Бруно Бауэр был уверен, что Иисус, безусловно, существовал — просто обычные богословы продолжали нагромождать легенду за легендой на реального, исторического Иисуса. В книге знаменитого Альберта Швейцера «Поиски исторического Иисуса» (1906 г.), Бруно Бауэр пишет следующее: «Мы спасаем честь Иисуса, когда возвращаем его личность к жизни из того состояния бездействия, до которого ее довели апологеты, и вновь придаем ей живое отношение к истории, которым она, несомненно, обладала — этого уже нельзя отрицать».