Иоанн подкрался к Новгороду на 120 верст, потом на 50, потом на 30. По новгородским волостям «ходил меч и огонь». Владыка новгородский Феофил упал в ноги князю, стал упрашивать и умаливать, клясться в верности. Князь молча отвернулся от посла, но велел позвать его обедать. Опять повезли взятки московским боярам. Опять стали соглашаться на неволю. Иоанн молчал, но полки неумолимо придвигал к проклятому городу. Были взяты ближние монастыри и Городище. Прямо на ходу продолжались переговоры с новгородскими послами. В общем, это был пустой базар для отвода глаз. 27 ноября новгородцы увидели своих послов, возвращавшихся ни с чем, а за ними переходило замерзший Волхов московское войско. Началась осада. Московские отряды посменно ходили кормиться по волостям. Новгородцы голодали. Каждые три дня владыка Феофил осмеливался снова просить у государя милости.
— Я не пойму, чего вы просите, — грозно ворчал Иоанн, — я сказал: теперь у вас будет мое государство, как на Низу, в Москве.
— Ой, да мы ж низового государства не знаем и не умеем, — лукавил Феофил.
— Государство наше таково, — милостиво разъяснял Иоанн, — вечевому колоколу в Новгороде не быть, посаднику не быть, а государство все НАМ держать, селами НАМ владеть, как владеем в Низовой земле.
Поняли новгородцы, что свободе их конец. Или конец жизни. Да тут еще слух прошел, что государь всех новгородцев выведет с их заразной земли в свои волости. Шесть дней думали, как быть. Потом согласились остаться без колокола, веча и посадника. Но остаться. Чтобы государь никого в неволю не угонял.
— Ладно, — согласился государь, — не буду. Хотите — верьте, хотите — нет.
Новгородцы обнаглели, стали добавлять мелкие пожелания, требовать с князя крестного целования. Князь гордо отказался. Подходило Рождество. Послы стали проситься домой подумать и попраздновать в кругу семьи. Князь не пустил. 29 декабря послы стали просить хоть какого-нибудь решения. Послов впустили к князю. Он сказал им: «Чего вы просили насчет суда и службы, тем я вас жалую». Послы обнадеженные пошли восвояси. Но скоро их нагнали московские бояре и передали слова Горбатого, что Новгород должен отдать Москве все волости и села. Опять в Новгороде начались совещания, предлагали князю часть волостей, торговались из-за монастырей и дани. Кое-как договорились, и 13 января 1478 года была совершена «присяжная запись». Боярин Иван Патрикеев провел собрание «лучших» новгородцев в закрытой палате. Веча на площади больше не было. После объявления условий компромисса новгородцы были приведены к присяге. По окраинам новгородским поскакали московские дьячки и офицеры, заставляли бояр да «детей боярских» целовать крест на верность Горбатому. Итоговый документ — присяжная грамота — был скреплен 58 печатями. Наместниками Иоанна в Новгороде были назначены братья Оболенские — Ярослав и Иван Стрига. Сам князь в Новгород въезжал только два раза на короткое время, потому что на улицах поверженного города свирепствовал мор.
5 марта Иоанн вернулся в Москву. Он привез с собой пленников — Марфу Борецкую и еще семерых новгородских заводил. В обозе князя звякал накрытый рогожкой священный символ новгородской вольницы — вечевой колокол. Марфу со товарищи отправили в тюрьму, а колокол подвергли высшей мере наказания казни через повешение. Ранним московским утром 6 марта 1478 года он был вздернут на кремлевскую колокольню — «звонить вместе с другими колоколами».
Тоска новгородская не унималась. Никак не могли понять в Новгороде нового бытия. Дурью казалось новгородцам после 600 лет республики отчитываться по мелочам, черт ее знает, в какую Москву. Их великий город привык вести собственную экономическую и внешнюю политику. В культурном плане Новгород всегда оставался русским. Его хозяйство было обозримым, управляемым, эффективным. Перспективы перед ним открывались европейские. И вот — Москва. Нет, с этим мириться было нельзя.
А Москву продолжали терзать внутренние распри, предавали и подставляли хранимые про запас ордынские ханы. Москва отвлеклась от Новгорода. Новгородцы снова стали пересылаться с Казимиром Литовским. Складывался опасный союз Новгорода с Литвой и частью Золотой Орды. Дело могло закончиться походом объединенных сил на Москву.
Здесь просматривается аналогия с мотивами битвы при Грюнвальде. Москва стала реальной угрозой самостоятельности своих «малых» европейских соседей, она заняла место павшего жандарма — Тевтонского Ордена.