Брать заложников продолжали и после того, как Кронштадт пал. Арестовывали родственников руководителей ВРК, военных специалистов, которые ушли из Кронштадта в Финляндию. 14 апреля в качестве заложников были арестованы проживавшие в Гомельской губернии П.И.Петриченко, крестьянин шестидесяти пяти лет, и два его сына. Их доставили на Лубянку, но вскоре выяснилось, что никакого отношения к председателю кронштадтского ВРК Петриченко они не имеют.
Кронштадтцы добивались открытых и гласных переговоров с властями, однако позиция последних с самого начала событий была однозначной: никаких переговоров или компромиссов, мятежники должны быть наказаны. Парламентеров, которые направлялись восставшими, арестовывали. Предложение обменяться представителями Кронштадта и Петрограда осталось без ответа. 4 марта было опубликовано воззвание Комитета обороны Петрограда "Достукались. К обманутым кронштадтцам", которое, по существу, являлось ультиматумом. Кронштадт вынужден был либо принять его, либо защищаться. Он выбрал второе. 4 марта в Кронштадте состоялось заседание делегатского собрания, на котором присутствовали 202 человека. По предложению Петриченко состав ВРК был увеличен с 5 до 15 человек.
В связи с прямыми угрозами со стороны властей силой расправиться с кронштадтцами ВРК обратился к военным специалистам — офицерам штаба — с просьбой помочь организовать оборону крепости. 5 марта договоренность о совместных действиях ВРК и штаба крепости в организации обороны была достигнута. Военные специалисты предложили, не ожидая штурма крепости, самим перейти в наступление. Они настаивали на захвате Ораниенбаума, Сестрорецка, с тем чтобы расширить базу восстания. Однако на предложение первыми начать военные действия ВРК ответил решительным отказом.
Власти готовились силой оружия подавить восстание. Уже утром 3 марта во все части, на корабли Балтфлота был направлен приказ, в котором всем комиссарам предписывалось находиться на местах; запрещались собрания в присутствии посторонних лиц; всех замеченных в агитации против советской власти предлагалось арестовывать. Власти приняли меры, чтобы изолировать Кронштадт от внешнего мира, закрыть доступ в Петроград морякам и красноармейцам Кронштадта. Попытки кронштадтцев доставить в Петроград какие-либо сведения о событиях в крепости пресекались. Перлюстрировались все письма, направлявшиеся из крепости и в крепость.
5 марта отдается приказ об оперативных мерах по ликвидации "мятежа". Была восстановлена 7-я армия под командованием М.Н.Тухачевского, которому предписывалось подготовить оперативный план штурма и "в кратчайший срок подавить восстание в Кронштадте". Штурм крепости был назначен на 8 марта. Именно в этот день после нескольких переносов должен был открыться X съезд РКП(б). Это не простое совпадение, а продуманный шаг, предпринятый с определенным политическим расчетом. Подготовка штурма и день его начала держались в секрете, но Ленин в докладе на съезде намекнул, что, возможно, к вечеру 8 марта придут новости из Кронштадта. Советские военные руководители были уверены, что с "мятежом" будет покончено одним ударом. Их мнение разделял и Ленин.
Руководство партии понимало необходимость уступок, в том числе замены продразверстки продналогом, разрешения торговли. Накануне съезда были подготовлены соответствующие документы, с тем чтобы вынести их на обсуждение. Между тем именно эти вопросы являлись одними из основных в требованиях кронштадтцев. Казалось, возникла основа для переговоров. Однако советское правительство отвергло такую возможность и, более того, принимая под давлением общественных сил решение об изменении внутренней политики, посчитало необходимым упредить этот шаг карательной акцией против тех, кто осмелился открыто выдвинуть от имени народа назревшие требования. Большевики тем самым хотели показать, что у них есть свое представление о том, как должны осуществляться изменения в экономической политике. Вместе с тем они отдавали себе отчет в том, что эти изменения потребуют известных реформ в политической жизни. Расправа над кронштадтцами должна была показать границы отступления в этой области, именно то, что любые политические реформы не затронут основ властной монополии.