Эйтингон не только не закрывал глаза на результаты сталиниза-ции Советского Союза, но и открыто высказывался по этому поводу. В кругу близких друзей он, в частности, не стеснялся говорить о том, что партия большевиков больше не является отрядом единомышленников, преданных коммунистическим идеалам и принципам социальной справедливости, что она превратилась в машину управления народом и страной. Позволял он себе и такие шутки: «При нашей системе есть лишь одна, впрочем, тоже не гарантированная возможность не закончить свои дни в тюрьме. Надо не быть евреем или генералом госбезопасности».
…Вскоре после окончания войны по инициативе Хозяина была проведена реорганизация сначала советских вооруженных сил, а затем и органов госбезопасности. Вместо НКВД появилось МГБ — Министерство государственной безопасности, которое возглавил Абакумов.
Буквально через неделю после своего официального назначения он вызвал к себе Эйтингона и Судоплатова и заявил: «Почти два года назад я принял решение никогда с вами не работать. Но товарищ Сталин, когда я предложил освободить вас от выполняемых вами обязанностей, сказал, что вы должны продолжать работать в прежней должности. Так что, давайте срабатываться».
И Эйтингон, и Судоплатов прекрасно помнили, с чего все началось. Это действительно произошло почти два года назад, в самый разгар стратегических дезинформационных радиоигр «Монастырь» и «Послушники». Абакумов, возглавлявший тогда СМЕРШ, в один прекрасный день появился у них и тоном, не терпящим возражений, заявил, что по решению Советского Верховного Главнокомандования все руководство радиоиграми переходит от НКВД в ведение Наркомата обороны, а точнее — в его руки. Судоплатов и Эйтингон согласились с этим, по при условии, если будет на то приказ вышестоящего начальства. И приказ поступил через день — оставить обе радиоигры в ведении НКВД. Наскок Абакумова с целью заполучить в свои руки радиоигры, за ходом которых постоянно следил сам Сталин, не удался. Тогда-то он и сказал: «Учтите, я этого не забуду. Я принял решение в будущем не иметь с вами никаких дел».
Началось то, что и должно было начаться. Через несколько дней после злополучной беседы в кабинете Абакумова Эйтингон вместе с Судонлатовым был вызван на заседание специальной комиссии ЦК ВКГ1(б), рассматривавшей «преступные ошибки» прежнего руководства госбезопасности во главе с Меркуловым, в том числе и решение о приостановлении уголовного преследования сторонников Троцкого в 1941–1945 годах. При обсуждении этого вопроса Абакумов обвинил Эйтингона и Судоплатова в «преступных махинациях» — в незаконном вызволении в 1941 году «своих дружков» из тюрем и содействии им в уклонении от «заслуженного наказания».
А дальше пошло-поехало. В июле 1946 года Абакумов расформировал Четвертое управление МТБ и таким образом избавился от Судоплатова и Эйтингона. Правда, ненадолго, осенью того же года решением ЦК и правительства создается Бюро МТБ № 1 по диверсионной работе за границей. Судоплатов был назначен его руководителем, а Эйтингон — его заместителем. Более того, сверхсекретным приказом Сталина на Эйтингона возлагают организацию и практическое руководство операциями по содействию спецслужбам китайской компартии в локализации сепаратистского движения уйгуров в Восточном Туркестане. Так назывался тогда нынешний Синьцзян-уйгурский автономный район КНР. В тот период японцы спровоцировали там вооруженные выступления местного населения — уйгуров и казахов — против китайских коммунистов и Советского Союза. Во главе этого вооруженного восстания стоял японский агент Осман Батыр, который унаследовал и умело использовал антикитайские лозунги популярного в массах уйгурского деятеля Али-хана Тере, провозгласившего еще в 1944 году независимость Восточного Туркестана.
Эйтингон блестяще справился с поручением. Вместе с Прокопюком, легендарным партизанским командиром, Героем Советского Союза, он в сжатые сроки организовал мощное противодействие уйгурским националистам, благодаря чему в течение трех лет, 1946–1949, сепаратистское движение в Восточном Туркестане полностью сошло на нет. Проделанная Эйтингоном работа и на этот раз получила высокую оценку Кремля.
А через два года, 28 октября 1951 года, его арестовали в аэропорту Внуково, прямо у трапа самолета, на котором он вернулся из Литвы, где сумел обезвредить лидеров антисоветской подпольной организации.
Эйтингона обвинили в соучастии в заговоре врачей-сионистов, намеревавшихся умертвить Сталина и других членов Политбюро и таким путем захватить власть. Эйтингон якобы обучал врачей-за-говорщиков методам проведения террористических акций и с этой целью прятал у себя в рабочем кабинете мины, взрывчатые вещества, взрывные устройства, закамуфлированные под обычные электроприборы. А роль связника между ним и злодеями-врачами выполняла его сестра Соня Исааковна Эйтингон, известный врач-терапевт, главный врач поликлиники автозавода (нынешнего ЗИЛа). Ее арестовали годом раньше.