Следует отметить, что часть качинских националистов перешла в оппозицию центральному режиму намного раньше прихода к власти Не Вина. Так, еще в 1949 году капитан Хай Сенг, служивший в Качинском батальоне, перешел на антиправительственные позиции и вскоре ушел в подполье. С ним вышел на контакт молодой человек по имени Дау Сенг, учившийся в государственной средней школе в Лашо. Когда в 1951 г. Хай Сенг скрылся на китайской территории, где получил убежище от преследований бирманских властей, Дау Сенг продолжил организовывать антиправительственные группы в северной части штата Шан, где также проживали качины. На связь с Дай Сенгом вышел некто Ламунг Ту Джай, уволенный в звании ефрейтора из Качинского батальона. В 1960 г. была создана Качинская организация независимости. Дау Сенг стал в ней руководителем аппарата, а Ту Джай – заместителем руководителя. После того, как оппозиционеры приобрели оружие и боеприпасы, было образовано вооруженное крыло Качинской организации независимости из 27 боевиков – Качинская армия независимости.
5 февраля 1960 г. Качинская организация независимости провела свой первый рейд, напав на один из банков. Группа молодых качинов во главе с Дау Сенгом и Ту Джаем перешла на нелегальное положение и приступила к началу вооруженной борьбы против бирманского правительства. 5 февраля 1961 г. было официально объявлено о создании Качинской организации независимости. Ее главнокомандующим стал Дау Сенг. В десяти милях к востоку от качинской деревни Син Ли на севере штата Шан, был создан военный тренировочный лагерь Качинской организации независимости. Первая группа повстанцев начала подготовку 16 марта 1961 года. Вскоре были сформированы два батальона повстанческой армии – первый батальон в Монбаре в Бамо и второй батальон в Мон Хтан. Росту численности бойцов качинского сопротивления способствовало провозглашение буддизма государственной религией Бирмы. Поскольку большинство качинов исповедует христианство, такое решение центрального правительства не могло прийтись им по нраву. В Качинскую организацию независимости стало вступать все больше и больше людей – как учащаяся молодежь, так и крестьяне. К 1963 году Качинская армия независимости уже состояла из 1 бригады и 6 батальонов и насчитывала 1000 бойцов. В районе Лашо – Куткай размещалось около 300 боевиков организации, еще 380 боевиков находились в Бамо и Мьичине.
Качинская организация независимости требовала от центрального правительства предоставить автономию этническим группам, установить частный суверенитет, не вмешиваться во внутренние дела качинского народа, и только после реализации этих требований заключить договор о дружбе между Рангуном и штатом Качин. В 1964 г. была сформирована вторая бригада Качинской армии независимости.
Однако, в том же 1964 году качины потерпели серьезное поражение от бирманских правительственных войск. В результате боевых действий 377 качинских боевиков погибли, 696 человек получили ранения и еще 2223 боевика были арестованы правительственными силами. Для того, чтобы обеспечить организацию финансовыми средствами, Дау Сенг выехал в соседний Таиланд, где постарался заручиться поддержкой таиландских спецслужб. Основным источником финансовых поступлений организации к этому времени стали торговля наркотиками и нелегальные добыча и экспорт нефрита, которым были богаты горные районы Качина.
В начале 1966 г. бирманское правительство было вынуждено вывести из Качина часть своих войск и перебросить их для участия в боевых действиях против Коммунистической партии Бирмы. Благодаря этому качинские повстанцы получили возможность реорганизоваться и восстановить силы. Однако Качинская организация независимости столкнулась с новой проблемой – проживавшие в регионе национальные меньшинства лису, лаши и мару не были согласны с тактикой качинской борьбы за независимость, прежде всего потому, что их представители не были включены в руководство повстанческого движения. Серьезные противоречия существовали у качинских повстанцев и с Коммунистической партией Бирмы, активизировавшейся в северных районах штата Шан. Тем не менее, как и бирманские коммунисты, качины смогли заручиться поддержкой китайского правительства. Китайские инструкторы занялись подготовкой качинских повстанцев. Оружие поставлялось из Таиланда – в обмен на нефрит, доставляемый качинскими контрабандистами. К концу 1976 г. Качинская армия независимости уже включала в свой состав 9 полков численностью около 1750 человек в штате Качин и еще 500 боевиков в штате Шан. Политическая концепция Качинской организации независимости в это время основывалась на качинском национализме, хотя руководители организации, с целью получения военной и финансовой помощи от Китая, декларировали симпатии к коммунистическому движению. Часть качинов стала сотрудничать с Коммунистической партией Бирмы, хотя большинство участников качинского национально-освободительного движения скорее относились к коммунистам как к противникам.