В 1704 г. Свифт анонимно опубликовал антирелигиозную «Сказку бочки», в которой предлагал светлым умам Бедлама (Дома для умалишенных) занять ответственные государственные, церковные и военные посты. «Сказка» стала книгой года и выдержала три издания, после чего автор открыл свое имя и тут же был признан всеми светлыми умами столицы «своим». Но очень скоро Свифт уехал в Ирландию и принял там приход в деревне Ларакор.
В годы войны за испанское наследство (1701—1714 гг.) главнокомандующий английской армии герцог Мальборо и другие высокопоставленные виги нажили на военных поставках огромные состояния. Узнав об этом, Свифт разорвал отношения с высокопоставленными жуликами и обрушил на них все свое негодование.
В 1710 г. к власти пришли тори во главе с Генри Сент-Джоном (Болингброком), и Свифт стал главным советником их правительства. Писателю предоставили еженедельник, где в течение нескольких лет он публиковал свои памфлеты. Вскоре, в немалой степени благодаря Свифту, с Францией был заключен мирный договор.
В 1713 г. писателя назначили деканом собора св. Патрика в Дублине, хотя Свифт рассчитывал на епископство либо на место настоятеля большого прихода в Англии.
После кончины королевы Анны и возвращения вигов к власти Свифт окончательно «съехал» в Ирландию и шесть лет провел в уединении, ведя переписку и встречаясь лишь с двумя женщинами, носившими одно имя – Эстер. Джонатана связывали чувства, давно вышедшие за границы привязанности воспитателя к воспитаннице, не только с Эстер Джонсон, но и новые – с Эстер Ваномри. Почти ежедневно он писал письма обеим Эстер, обращаясь к Джонсон как к Стелле, а к Ваномри как к Ванессе.
Когда Лондон законодательно утвердил привилегии английским товарам, Свифт яростно включился в борьбу за автономию Ирландии. В 1724 г. он анонимно издал большим тиражом семь «Писем суконщика», призывающих к бойкоту английских товаров и неполновесной разменной монеты, отчеканенной специально для Ирландии, а также к всеобщему восстанию против английского владычества.
Резонанс от «Писем» был настолько силен, что Лондон посулил большое вознаграждение за выдачу автора. Никто не выдал Свифта. Когда премьер-министр предложил арестовать «подстрекателя», наместник затребовал для этого десять тысяч солдат.
Англия пошла на экономические уступки, а Свифт стал национальным символом свободы. Улицы Дублина украсили его портреты, встречные приветствовали его как родного. Авторитет писателя был непререкаем. Как-то на площади перед собором собралась шумная толпа наблюдать солнечное затмение. Свифт в раздражении бросил, что отменяет затмение. Толпа затихла и почтительно разошлась.
Вскоре всех граждан поверг в шок памфлет «Скромное предложение», в котором Свифт для устранения нищеты и голода в Ирландии предложил бедным ирландцам продавать своих детей в пищу аристократам.
В 1726—1727 гг. вышли «Путешествия Гулливера» (некоторые критики называют его романом о государстве), разделившие все человечество, состоящее из одних только йэху, на лилипутов и великанов. Современники восприняли события романа как имевшие место на самом деле, разве только в слегка иных пропорциях лилипутов и великанов.
После ранней смерти Ванессы и Стеллы Свифт опубликовал автобиографическую поэму, в которой пролил свет на свои сердечные привязанности: «Он увлекался в передышке, любовь ценил, но понаслышке».
Популярность писателя продолжала расти: Свифту присвоили звание почётного гражданина Дублина, вышли два собрания его сочинений.
Язвительность и мрачность в Свифте сочетались с его добрым отношением к друзьям и многим случайным людям. Всю жизнь его раздирали противоречия, порожденные характером писателя и обстоятельствами. Его могучий ум не мог вырваться из паутины, сплетенной социумом. Он постоянно искал равновесия в политических пристрастиях, социальных, сердечных, и нигде не находил его. Вполне вероятно, что именно это и привело его, в конце концов, к тяжелейшему психическому заболеванию.
Как-то уже в зрелые года, во время прогулки, Свифт, указывая спутнику на вершину засыхающего вяза, произнес: «Так же вот и я начну умирать – с головы». Так оно и вышло. Ад его жизни завершился помешательством и инсультом, после которого писателя признали недееспособным.
В последние годы жизни Свифт, находясь в состоянии безвыходного отчаяния, выпустил несколько жестоких, полных цинизма сатир.
19 октября 1745 г. Свифта не стало. Его похоронили в центральном нефе дублинского собора Кристчарч (Собор Христа), где он был настоятелем с 1713 по 1745 г., рядом с могилой Эстер Джонсон. Сам себе он сочинил эпитафию: «Здесь покоится тело Джонатана Свифта, декана этого собора, и суровое негодование уже не раздирает его сердце. Ступай, путник, и подражай, если можешь, тому, кто мужественно боролся за дело свободы».