Историки, как правило, изображают Бейлиса жертвой властей, применявших антисемитизм в политических целях – для восстановления своего пошатнувшегося могущества, борьбы против тех, кто считался противниками самодержавия, и возбуждения антиеврейских настроений среди простонародья. Таким образом, дело Бейлиса стало результатом совместных усилий государственных учреждений, предпринятых для предотвращения неминуемого падения монархии; с этой целью была использована традиционная враждебность населения к евреям. Считается общепризнанным, что в ходе дела Бейлиса царское правительство сознательно пожертвовало ни в чем не повинным человеком из политических соображений. Это означает, что высокопоставленные сановники с ведома и одобрения Николая II решили оговорить Бейлиса, чтобы защитить режим от надвигающейся революции. Чиновники надеялись, что гнев и недовольство народа будут направлены не на монархию, а на евреев, издавна служивших козлами отпущения. И действительно, власти рассчитывали вызвать антиеврейские выступления, чтобы покарать евреев за приписываемые им коллективные акции, а также чтобы ослабить кампанию за отмену черты оседлости, показав, что евреям нельзя доверять (см. Документы 4 и 5).
Начиная с 1960-х годов новые труды, посвященные делу Бейлиса в частности и царской политике по отношению к евреям в целом, поставили под вопрос многие предположения, высказанные предыдущими исследователями. Историки указывают, что российский бюрократический аппарат не должен восприниматься как нечто монолитное и однородное, без учета расхождений во мнениях, взглядах и линиях поведения, характеризовавших политику бюрократии накануне Первой мировой войны (см. Документ 6). К примеру, П. А. Столыпин, председатель Совета министров, убитый во время поездки в Киев осенью 1911 года, выступал за упразднение черты оседлости, но его план по ликвидации ограничений на проживание евреев натолкнулся на серьезные законодательные препятствия и сопротивление высшего чиновничества. Несмотря на большую твердость, проявленную Столыпиным, соглашались далеко не со всеми его мерами и противодействовали ему, стремясь свести на нет неугодные им политические стратегии и проекты. Отметим также, что исследования последних тридцати лет не выявили никаких указаний центральных властей по организации антиеврейских выступлений. Как заключают историки, маловероятно, чтобы царские чиновники, озабоченные поддержанием общественного покоя, поощряли, терпели и тем более планировали насильственные действия, которые наносили ущерб собственности и влекли за собой гибель людей. Они хорошо выучили уроки 1905 года: любые волнения могли отрицательно повлиять на устойчивость самодержавия [Pogroms 1992]. Ч. А. Рууд и С. А. Степанов утверждают, что полиция и судейские чиновники принесли Бейлиса в жертву ради сохранения закона и порядка: поступились справедливостью, чтобы заручиться поддержкой антисемитов, угрожавших еврейскими погромами [Рууд, Степанов 1993: 315‒316].
Установить, чем именно руководствовались чиновники, решившие оговорить Бейлиса, невозможно: документы не содержат подобных сведений. В особенности это касается действий министра юстиции И. Г. Щегловитова, одобрившего замысел и, возможно, сообщившего о нем Николаю II, который не высказал возражений. Судя по всему, Щегловитов надеялся, что процесс против Бейлиса создаст для режима идеологическую опору, которая позволит обосновать принципы, ценности и политику самодержавия, особенно политику по отношению к евреям. Намерения вступивших в сговор киевских чиновников понятны нам намного лучше. Существуют веские доказательства того, что маргинальные элементы из числа правых, в надежде повлиять на политику самодержавия и усилить его позиции, вошли в соглашение с антисемитами из числа думских депутатов, к которым прислушивался министр юстиции. Они оказали давление на Г. Г. Чаплинского, прокурора Киевской судебной палаты, сфальсифицировавшего дело Бейлиса, и других чиновников, указывая на Бейлиса как на убийцу Ющинского. А. Д. Марголин сообщает, что В. И. Фененко, один из тех, кто вел предварительное следствие, – он отвечал за сбор материала для предъявления обвинения, – рассказывал ему об «антиеврейской агитации киевской “черной сотни” и о том, как прокурор киевского окружного суда, под влиянием студента Голубева… предложил ему… обвинить в убийстве Бейлиса» [Margolin 1926: 163]. Кроме того, местные черносотенцы «не давали покоя полиции и следствию из-за убийства Ющинского» [Margolin 1926: 167].