Подходя к берегам Испании, Дрейк встретил французский корабль с грузом соли. Судно так понравилось адмиралу, что он, назвав его «Дрейк», включил в свою флотилию, пообещав французам выплатить компенсацию по возвращении из плавания, что он, кстати сказать, выполнил. Затем был захвачен испанский корабль с грузом ньюфаундлендской рыбы, известной в Англии под названием «Бедный Джон» и очень нравившейся англичанам. Добыча была разделена между командами судов флотилии, а захваченный корабль отпущен.
27 сентября флотилия Дрейка бросила якорь у острова Байона, расположенного недалеко от испанского порта Виго. Дрейк послал несколько пиннас с солдатами под командованием Карлейля к берегу. По дороге они встретили лодку с английским купцом, которому губернатор острова Педро Ромеро поручил узнать, что за корабли появились в гавани. Купец был отослан назад в сопровождении Семпсона, одного из пехотных офицеров, входивших в состав экспедиции. Когда Семпсон предстал перед губернатором, то сразу же спросил его: «Объявлена ли война между Испанией и Англией?» Губернатор ответил, что нет. Тогда Семпсон задал второй вопрос: «Почему же в таком случае испанские власти удерживают в своих портах английские суда и арестовывают их команды?». Губернатор ответил, что это делалось по приказу короля, но что еще неделю назад все английские корабли были отпущены и остались лишь те, которые хотели продолжать торговые операции с испанцами. В подтверждение своих слов он просил английских купцов, находившихся на острове, посетить Дрейка и сказать ему об этом. Но адмирал удовлетворился объяснениями и приказал высадить на остров солдат. Губернатор же, проявляя любезность, выслал солдатам хлеба, вина, фруктов и сладостей.
Между тем погода портилась, надвигался шторм. Солдаты поспешили вернуться на корабли. Среди ночи разразилась сильная буря, продолжавшаяся три дня. Когда буря стихла, Карлейль на своем корабле «Тигр», сопровождаемом тремя пиннасами, был послан Дрейком в Виго. Прибыв в город. Карлейль увидел, что жители покинули его, испугавшись слухов о появлении Дрейка. Англичане не теряли времени даром и, вернувшись на корабли, привезли добычу в 30 тыс. дукатов, в том числе большой серебряный с позолотой крест из кафедрального собора Виго.
Узнав, что в городской тюрьме находятся арестованные английские матросы, Дрейк послал туда Семпсона с солдатами. Семпсон не только освободил англичан, но и захватил добра еще на несколько тысяч дукатов.
Пробыв неделю в Виго, Дрейк направился дальше, к Канарским островам. Он хотел остановиться на острове Пальма, чтобы дать отдохнуть экипажу и пополнить запасы воды и продовольствия. Но при приближении к берегу английские суда были обстреляны береговой артиллерией. Дрейк решил идти не останавливаясь к островам Зеленого Мыса. Он надеялся перехватить испанский флот, перевозивший драгоценности из Америки, но не успел. 8 октября флот уже прибыл на родину. Вечером, 16 ноября, английская флотилия подошла к одному из островов Зеленого Мыса — Сантьягу. Находившийся на острове город с тем же названием лежал в долине, окруженной холмами, на которых были расположены укрепленные форты. Дрейк приказал Карлейлю с отрядом в тысячу человек на следующий день высадиться на берег и захватить город. Карлейль начал операцию по всем правилам военной науки. Но когда его люди подошли к фортам, то не увидели ни одного человека. Не было жителей и в самом городе. Не было их и в соседних селениях. 17 ноября был день коронации Елизаветы, и Карлейль решил отметить этот праздник салютом из батарей, находившихся в захваченных фортах. Услышав орудийные выстрелы и правильно поняв их причину, Дрейк приказал ответить салютом корабельной артиллерии. Под гром орудий англичане высадились на берег и вошли в опустевший город. Удалось отыскать только одного жителя. Он сказал, что пять лет назад Сантьягу был разрушен французскими пиратами, и поэтому когда показались корабли неизвестной флотилии, жители в панике покинули город и вместе с губернатором и епископом укрылись в горах в небольшом городке Сан-Доминго. Дрейк отправился туда, взяв 200 солдат. Пройдя 12 миль, англичане увидели Сан-Доминго, но городок был безлюден. Дрейк ждал до вечера. Никто из жителей не появился.
Предав Сан-Доминго огню, Дрейк вернулся в Сантьягу. Во время обратного марша никто не напал на отряд Дрейка. Лишь один юнга, сбившись в темноте с пути, был захвачен и зверски убит местными жителями. Это решило судьбу Сантьягу. Город был сожжен дотла. Англичане искали золото, но безуспешно. Вина же было найдено с избытком. Дрейк заметил очевидное падение дисциплины. Тогда он собрал всех своих людей и заставил их дать клятву на протяжении всего дальнейшего пути беспрекословно подчиняться ему и его офицерам. На шестой день пребывания англичан на острове в город вернулся один из жителей. На вопрос Дрейка, где золото, он ответил, что много золота находится на скале в Порто-Прайа, небольшом селении к востоку от Сантьягу, и сказал, что может проводить туда англичан. Но побывавший в селении Семпсон золота не нашел. Дрейк приказал сжечь и Порто-Прайа. Утром 26 ноября английская флотилия покинула острова Зеленого Мыса и направилась в испанскую Вест-Индию.
Погода продолжала благоприятствовать плаванию. Корабли шли быстро, разрезая золотисто-зеленые волны тропического моря. Матросы и солдаты благодушествовали. На восьмой день плавания внезапно умер один из солдат. Тропическая лихорадка, «Желтый Джек», как называли ее моряки, подхваченная людьми Дрейка на островах Зеленого Мыса, мстила за сожженные города. В течение короткого времени умерло 200 человек.
На 18-й день после выхода из Сантьягу англичане достигли острова Доминика. Островитяне радушно встретили флотилию. Они угощали матросов и солдат белым хлебом и табаком, говоря, что последний очень помогает при лихорадке. Дрейк пополнил запасы воды и продовольствия на кораблях и, не доверяя местным жителям, покинул остров, держа курс на север. В тот же день корабли подошли к маленькому необитаемому островку Сан-Киттс. Там Дрейк решил дать отдых экипажам судов. То ли усиленное курение табака, то ли свежая пища, фрукты и прекрасный воздух сделали свое дело, по лихорадка прекратилась так же внезапно, как и началась. Люди поправлялись, вновь обретая бодрость духа и уверенность в себе.
На острове Сан-Киттс англичане отпраздновали рождество. Дрейк, видя, что его люди восстановили силы, решил, что настало время действовать. В своей каюте на флагманском корабле он собрал военный совет, на котором присутствовали Мартпп Фробишер, Фрэнсис Ноллис, Карлейль и капитаны всех судов флотилии. Адмирал объявил им план дальнейших операций. Он решил напасть на богатейший остров Вест-Индии — Эспаньолу и захватить столицу американской империи Филиппа — Санто-Доминго.
Это был прекрасный город, построенный из мрамора и белого камня. В центре его находился огромный, роскошно украшенный собор с гробницей Христофора Колумба. Санто-Доминго имел внешнюю и внутреннюю гавани. Это был центр вест-индской торговли — город, где сосредоточивались фантастические богатства. Никто из пиратов, говорил Дрейк, еще не грабил Санто-Доминго, боясь мощных укреплений, окружавших город. Но он это сделает в первый день нового, 1586 г. во славу божью и в прославление своей королевы.
Помня опыт прошлых своих операций в Вест-Индии, Дрейк решил прежде всего возобновить дружественные отношения с маронами. Для этого он послал часть кораблей своей флотилии под командованием Фробишера к берегу. Там Фробишер тайно высадил несколько человек, а сам направился к городу и три дня демонстративно плавал на виду у жителей Санто-Доминго. Через три дня его посланцы вернулись, принеся хорошие вести. Они установили связь с маронами. Те обещали свою помощь. В ночь, когда Дрейк будет высаживаться, они обещали уничтожить всех испанских солдат, находящихся в сторожевых башнях на берегу.
Дрейк тоже не бездействовал в это время. Недалеко от Санто-Доминго он захватил небольшой торговый корабль. Капитан захваченного судна, грек по национальности, подробно рассказал адмиралу о подходах к городу, об укреплениях и вооружении, о наиболее уязвимых местах для нападения со стороны моря. В частности, он сказал, что берег охраняется солдатами в сторожевых башнях, которых посылали туда ежедневно из крепости, расположенной на холме в окрестностях города. Эта крепость и являлась центром обороны Санто-Доминго.