Надо сказать, что первая встреча Дрейка с испанцами в этой экспедиции показала, что годы, безусловно, наложили свой печальный отпечаток на адмирала. Возможно, сказывался и возраст: Дрейку уже было за пятьдесят. Он действовал необычно для себя. Сильной его стороной всегда была рассчитанная дерзость, неожиданность и точность удара, мастерская импровизация в ходе уже начавшегося сражения. В гавань Лас-Пальмас Дрейк вошел днем на виду всего города. Много времени потратил на бесплодные попытки высадиться на берег.
Дрейк, по всей вероятности, в душе согласился с тем, что на военном совете прав был не он, а Хокинс, предлагавший идти прямо в Пуэрто-Рико. Поэтому, когда Томас Баскервиль просил дать ему четыре дня для подготовки солдат, гарантируя захват города, Дрейк отказал ему. Заявив, что основной целью экспедиции является захват сокровищ в Пуэрто-Рико, Дрейк приказал поднять якоря и идти к юго-западной оконечности острова, где он предполагал запастись водой. Когда Дрейк высадил на берег небольшой отряд солдат, они были обстреляны. Семь человек было убито, а один захвачен в плен.
К несчастью, он, как и многие в экспедиции, знал детали предстоящего плавания. На допросе он рассказал испанцам, что флотилия идет в Пуэрто-Рико. Губернатор острова немедленно послал одно быстроходное судно в Пуэрто-Рико, а другое в Испанию с сообщением о полученных сведениях. Судно, посланное в Пуэрто-Рико, пришло туда на неделю раньше английского флота. В Испании в это время стояла наготове эскадра под командованием адмирала Дельгадильо де Авелланеда. Получив сведения с Канарских островов, адмирал теперь отчетливо представлял себе маршрут экспедиции.
Дрейк, к большому удивлению своих спутников экипажа, не стал преследовать испанцев, а приказал взять курс на Гваделупу. Это тоже было совершенно непохоже на Драйка. На кораблях начали шептаться: «Он уже не тот человек, каким был».
Через три недели, 27 октября, английская флотилия подошла к острову Доминика. Было решено не высаживаться на острове, а идти к Гваделупе, где можно было без помех пополнить запасы воды и дать отдохнуть командам судов. Флотилия разделилась. Эскадра под командованием Дрейка направилась к восточной части острова и встала там на якорь. Корабли, которыми командовал Хокинс, подошли к западной части острова. В составе эскадры Хокинса было два небольших барка — «Фрэнсис» и «Удовольствие». Во время перехода они отстали от других судов. Неожиданно их атаковали пять испанских кораблей. Это были быстроходные суда новой конструкции, посланные Филиппом в Пуэрто-Рико забрать драгоценности с находившегося там поврежденного талиона. Испанцы захватили «Фрэнсис» и погнались за барком «Удовольствие», уходившим к Гваделупе, к месту стоянки флотилии. Испанские суда не догнали британский барк, по они достигли большего. У Гваделупы испанцы увидели английский флот и со всей возможной скоростью направились к Пуэрто-Рико. В середине апреля губернатор Пуэрто-Рико Педро Суарес получил от Филиппа послание о выходе в Вест-Индию английского флота. Теперь командующий прибывших к острову фрегатов Педро Теллео де Гузман подтвердил это и, более того, сообщил, что английские кораблп уже находятся на Антильских островах.
Корабли Дрейка подошли к Гваделупе 28 октября, корабли Хокинса — 29 октября, а барк «Удовольствие» — 30 октября В тот же день капитан барка рассказал на военном совете о встрече с испанскими судами и пленении «Фрэнсиса». Все присутствовавшие на совете были очень встревожены этим сообщением. Теперь в Пуэрто-Рико узнают об их прибытии в Вест-Индию и постараются подготовиться к отпору. Дрейк предложил немедленно отправиться на перехват испанских фрегатов. Тогда они смогут подойти к острову неожиданно. По Хокинс категорически возражал, настаивая на проведении тщательной подготовки к нападению на Пуэрто-Рико. Хокинс был тогда уже очень болей, и Дрейк не стал с ним спорить. Лишь 4 ноября корабли ушли с Гваделупы. По и тогда флотилия не пошла прямо к Пуэрто-Рико. Англичане зашли к Виргинским островам и остановились у маленького островка этой группы. Остановка была объяснена необходимостью перераспределения людей на кораблях, а также тем, чтобы сбить с толку испанцев, нетерпеливо ожидавших их в Пуэрто-Рико. Дрейк использовал время, чтобы попытаться найти новый, неожиданный подход к Пуэрто-Рико. И он действительно нашел его. И ноября английские корабли снялись с якоря, а на следующий день утром появились у города Сан-Хуан.
За последние годы в городе были построены новые укрепления, значительно усилена артиллерия, увеличен гарнизон. Особенно мощной была крепость Морро, расположенная у выхода из гавани. До прихода англичан был собран военный совет, на котором было решено снять орудия с прибывших фрегатов и перенести их на берег для усиления артиллерийской обороны города. Экипажи фрегатов должны были защищать город на суше. Два фрегата пришлось затопить, чтобы блокировать вход в гавань. Женщины, дети и рабы были отправлены в глубь острова. Когда появилась английская эскадра, Сан-Хуан был готов к обороне, моральный дух защитников города был высок.
Англичан же с начала плавания преследовали неприятности. Они потерпели поражение на Канарских островах, потеряли судно у Гваделупы. Все время враги опережали их, успевая подготовиться к отражению удара. Не успели корабли бросить якорь у Сан-Хуана, как разнеслась весть о смерти Хокинса. Это явилось тяжелым ударом для всего экипажа. С именем Хокинса были связаны многие славные победы английского флота, его популярность была очень велика. К тому же на кораблях узнали, что, умирая, Хокинс выразил сомнение в успехе экспедиции и потому завещал передать из своих средств 2 тыс. ф. ст. королеве в компенсацию ее возможных потерь. На Дрейка Хокинс не сердился и даже оставлял, как он писал в завещании, «моему дорогому кузену сэру Фрэнсису Дрейку мой лучший бриллиант и крест с изумрудом».
Теперь Дрейк готовился к штурму города. Когда он обедал с несколькими офицерами в своей каюте, туда попало испанское ядро, убило двух офицеров, сидящих рядом с адмиралом, и выбило стул, на котором оп сидел. Выбежав из разрушенной каюты, Дрейк приказал кораблям отойти на безопасное расстояние.
На следующее утро испанцы увидели, что английская флотилия расположилась к западу от гавани, укрывшись за двумя небольшими островками. В течение всего дня английские корабли не подавала признаков жизни. Дрейк вновь обдумывал план нападения. Он понял, что ошибался, полагая, что оборона испанцев осталась на том же уровне, что и во время его предыдущего плавания в Вест-Индию.
Дрейк решил сначала атаковать испанские фрегаты, стоявшие в гавани. Ночью он с отрядом солдат на 25 шлюпках и пиннасах подошел к испанским кораблям. Ему удалось зажечь четыре фрегата. Но загоревшись, они ярко осветили гавань и дали возможность береговой артиллерии обстреливать английские корабли. Потеряв несколько шлюпок и 50 солдат, Дрейк отступил.
Опытный Педро Теллео, командовавший испанскими кораблями, не сомневался, что Дрейк так просто не уйдет, что он еще будет пытаться захватить город. Поэтому дон Педро приказал затопить две тяжело груженных шлюпки и фрегат при входе в гавань. Когда Дрейк на другой день обнаружил это, то понял бесполезность попыток прорваться к городу. Собрав на своем флагманском корабле военный совет, Дрейк предложил высадить войска, которые будут штурмовать Сан-Хуан с суши, в наиболее слабо укрепленных местах.
Томас Баскервиль отверг этот план, сказав, что город укреплен значительно сильнее, чем укреплялись раньше испанские города в Америке. Его защищает гарнизон, состоящий из профессиональных солдат, а не из наскоро вооруженных мирных жителей, как это бывало в прежние времена. Дрейк не настаивал на своем предложении.
Ночью английские корабли ушли из Сан-Хуана. Утром жители города увидели опустевшее море. Педро Теллео тут же послал быстроходное посыльное судно в Санто-Доминго и Гавану предупредить о появлении английского флота. Дрейк повел свои корабли на запад, и 19 ноября его флотилия остановилась у залива Святого Германа. Там англичане провели неделю, отдыхая, охотясь, пополняя запасы продовольствия и воды, ремонтируя суда и пиннасы. Затем флотилия пошла к югу, к берегам Панамы.