27 ноября лидеры буржуазных националистов вновь созвали в Коканде (Ферганская область) общемусульманский съезд, который провозгласил «автономию» Туркестана и образовал «Совет министров автономного Туркестана» во главе с лидером «Шуро-и-Исламия» Танышбаевым (вскоре его заменил Мустафа Чокаев). В городе Коканде возникли две власти: в новом городе и крепости – Советская власть, то есть власть выборных от рабочих, солдат и местной бедноты, в старом городе – власть «автономного правительства», то есть власть баев, богачей и мусульманского духовенства. «Кокандские автономисты» создали «вооруженные мусульманские силы», основу которых составил отряд басмачей под командованием известного в Фергане Иргаша, отбывавшего в прошлом наказание за разбой и ставшего при «автономистах» начальником милиции в Коканде. «Кокандские автономисты» надеялись превратить советскую Среднюю Азию в буржуазно-помещичье государство, находящееся под покровительством и контролем Великобритании.
13 декабря 1917 г. (в день «рождения» пророка Магомета) мусульманскому духовенству и буржуазным националистам при поддержке других контрреволюционных элементов удалось организовать в Ташкенте антисоветскую демонстрацию в поддержку «Ко-кандской автономии» и «в защиту ислама». Толпы фанатиков прорвались к тюрьме и насильственно освободили содержавшихся там контрреволюционеров. В городе произошли кровавые столкновения. Демонстранты были разогнаны рабочими.
В конце января 1918 г. туркестанские советские органы потребовали, чтобы «правительство Кокандской автономии» разоружило и распустило шайки басмачей. «Совет министров Кокандской автономии» отказался выполнить это требование. В ночь на 30 января его отряды – главным образом басмачи Иргаша – напали на красногвардейцев Коканда. Басмачи окружили крепость и учинили в новом городе резню и погром. Городской военно-революционный комитет во главе с большевиком Е. А. Бабушкиным организовал оборону и отбил нападение басмачей. Через два дня после первого нападения «автономисты» вновь окружили Кокандскую крепость. Начались кровопролитные бои. Рабочие Ташкента, Самарканда и других мест оказали военную поддержку кокандским трудящимся. Басмачи были разгромлены, и «Кокандская автономия» ликвидирована. Вся власть перешла в руки Кокандского Совета рабочих и солдатских депутатов. Иргаш с остатками своей шайки скрылся.
Кокандское «автономистское» движение оказало влияние на все районы Туркестана и на его окраины. Бухарский эмир Сеид Алим-хан, находившийся в вассальной зависимости от царской России, поддержал это контрреволюционное движение. Так же действовали и правители ханской Хивы. Английские империалисты снабдили их оружием и толкнули на войну с Советской Россией.
Опаснейшей формой проявления буржуазного национализма стало басмачество. Басмачами в Средней Азии издавна называли разбойников – «налетчиков». Помимо обычных разбойных налетов они совершали нападения на местную царскую администрацию, на русских поселенцев, выражая этим протест против колониального гнета. В советское время буржуазно-националистические и байские элементы привлекли басмачей к себе на службу, чтобы превратить их в антисоветскую силу, в защитников феодального уклада жизни. Басмачество стало реакционным, антисоветским движением, главари которого действовали методами кровавого бандитизма.
Большую опасность в крае представляло и антисоветское движение бывших колонизаторских элементов. В нем участвовали зажиточная часть казачества, бывшие царские чиновники, жандармы, полицейские, русские владельцы промышленных предприятий, кулаки русских поселений. До революции они были оплотом царского строя в Туркестане, а теперь, после Октября, отстаивали свои привилегии, собственность, вынашивали планы восстановления колониальных порядков.
В ноябре 1917 г. реакционная верхушка «войскового совета Семиреченского казачьего войска» не подчинилась центральному Советскому правительству, разогнала местный Совет рабочих и солдатских депутатов и захватила власть в центре Семиречья – Верном (ныне Алма-Ата).
В январе 1918 г. в Туркестан прибыли оренбургские и семи-реченские казаки, стоявшие раньше гарнизонами в Хиве и Персии. Эти вооруженные отряды (14 сотен) представляли угрозу для только что образовавшейся Советской власти края. Туркестанский Совнарком предложил им сдать оружие. Но их начальник, полковник И. М. Зайцев, командовавший ранее русскими войсками в Хиве, ответил отказом и, объединившись с другими антисоветскими силами, выступил против рабоче-крестьянской власти. Сотни Зайцева заняли города Чарджуй, Самарканд и двинулись на Ташкент. 14 февраля 1918 г. красногвардейские отряды туркестанских рабочих встретили казаков возле станции Ростовцево (неподалеку от Самарканда). Те заколебались и, отказавшись воевать против народа, сдали оружие.