Православная церковь создала культ почитания «мощей святых»— останков «благочестивых людей», являющихся будто бы божьими избранниками, посредниками между небом и землей. Тела некоторых таких умерших «святых», в отличие от тел обыкновенных людей, будто бы остаются «нетленными», то есть не гниют, не разлагаются и сохраняются как бы «в свежести». «Святым мощам» приписывалась способность исцелять больных, совершать чудеса. Революционная совесть передовых трудящихся не могла мириться с этим мракобесием и обманом.
В первые годы Советской власти по почину трудящихся во многих губерниях России было произведено вскрытие мощей, хранившихся в храмах и монастырях. При вскрытиях, происходивших в присутствии народа, духовенства, экспертов, в гробницах и раках вместо так называемых нетленных мощей святых оказывались или мумифицированные естественным образом трупы, или истлевшие, превратившиеся в пыль кости, или искусно выполненные из ваты, воска, тканей и картона куклы. В одних случаях в раках оказывались лишние кости, в других, наоборот, костей от скелетов не хватало. От «нетленных мощей преподобного Макария» вообще ничего не осталось, кроме пяти фунтов ваты, которой были проложены остатки костей. Вместо «нетленных мощей Питирима» (Тамбовская губерния) в раке было обнаружено несколько костей, залитых воском; голова «святого» представляла собой восковой слепок.
В раке князя Владимира были обнаружены остатки кожаных сапог машинного производства. Очевидные факты фальсификации показали массам, чему церковники заставляли их поклоняться, и сыграли большую роль в избавлении народа от невежественных суеверий и религиозных предрассудков.
Церковные власти, обеспокоенные этими вскрытиями, приняли меры, чтобы привести мощи в порядок.
20 марта 1919 г. патриарх Тихон обратился с письмом к Председателю Совнаркома В. И. Ленину и потребовал, чтобы вскрытие мощей было прекращено. В случае, если требование церкви не будет выполнено, патриарх Тихон ультимативно угрожал обратиться к народу с призывом «повиноваться более богу, нежели человекам».
Противодействие реакционных церковников мероприятиям Советского правительства не ограничивалось «ультиматумами»; они провоцировали и народные волнения. Возбуждаемые ими группы отсталых людей, созываемых набатным звоном «на защиту церкви», нападали на представителей советских органов и сельской бедноты, мешали им исполнять общественные и государственные обязанности.
Однажды представители Люберецкого Совета явились в Николо-Угрешский монастырь и предложили его настоятелю на основании декрета правительства выделить для военных нужд несколько лошадей. Тот отказался. Тогда представители Совета обратились к митрополиту Макарию, проживавшему в монастыре. Тем временем монахи послали гонцов в близлежащие села: дескать, помогите, большевики грабят монастырь. Вскоре в монастыре собралась толпа крестьян. Возбужденные духовенством, кулаками и подозрительными лицами, проживавшими в монастырской гостинице, крестьяне избили представителей Совета, заперли их в пожарный сарай и держали там, пока на помощь им не пришли окрестные бедняки. Николо-Угрешский монастырь, как выяснилось, являлся прибежищем приезжих белогвардейцев, которые вели антисоветскую работу среди крестьян. В покоях митрополита Макария было обнаружено его обращение к населению молиться за упокой души «благоверного сына церкви» Николая II.
Беспорядки произошли также в Звенигородском уезде, где спровоцированной антисоветскими элементами толпой, созванной колокольным звоном «на защиту церкви», были убиты два советских работника и милиционер. В Павловском Посаде возбужденная церковниками толпа фанатиков подожгла здание Совета и убила семь человек. В Яковлевском монастыре Пензенской губернии 5 сентября 1918 г. монахини и белогвардейцы убили юную чекистку Пашу (Прасковью Ивановну) Путилову. По сведениям Высшего церковного совета, при проведении в жизнь декрета об отделении церкви от государства в стране произошло 1414 кровавых столкновений, спровоцированных контрреволюционерами и реакционными церковниками. По данным Н. В. Крыленко, во время беспорядков были убиты 138 коммунистов. Революционные трибуналы республики в 1918–1919 гг. рассмотрели 78 дел о преступных действиях церковников.