Дело рассматривалось специальным присутствием Всеукраинского чрезвычайного революционного трибунала под председательством М. В. Михайлика с участием государственного обвинителя — видного деятеля Коммунистической партии, члена Президиума ВУЦИК Д. 3. Мануильского — и защиты. Судебный процесс, проходивший с 22 по 29 мая 1921 г, в Харькове, сыграл большую роль в разоблачении предательства украинских эсеров. Подсудимые признали себя виновными в тягчайших преступлениях против рабочих и крестьян и подтвердили антинародную сущность петлюровщины, бандитский характер антисоветского повстанчества.
Бывший председатель «Цупкома», член ЦК партии украинских эсеров Назар Петренко, желая как-то обелить свою партию, заявил на суде, что его партия рассматривала антисоветское движение 1919 г. как стихийное явление и стремилась своим участием в нем «не дать повстанчеству пойти вправо». Но, сокрушенно признавал Петренко, «из этого… ничего не вышло». Далее Петренко заявил, что пережитые события убедили его в ошибочности позиции эсеровской партии. «Я понял, что в моменты напряженной борьбы с контрреволюцией она (Коммунистическая партия. — Д. Г.) должна была так поступать. Это с одной стороны. С другой стороны, кое-какие факты из политики Советской власти мы ошибочно понимали…» «Теперь мы видим, что повстанчество (1920 г.) вовсе не имеет стихийного характера, что теперь оно… выродилось в абсолютный бандитизм, и мы его осуждаем».
29 мая 1921 г. Всеукраинский верховный революционный трибунал вынес приговор, в котором отметил, что «тяжкие преступления по отношению к рабочим и селянам Украины, содеянные Центральным комитетом украинской партии социалистов-революционеров, всей партией и отдельными ее представителями в недавнем прошлом, заслуживают наивысшего и наисуровейшего наказания…». В то же время, «принимая во внимание мощь и величие революционного движения», раскаяние Голубовича, Петренко, Лизановского, Часныка и Ярослава во всех совершенных ими преступлениях, публичное обещание «словом и делом бороться с так называемой УНР и с повстанческо-бандитским движением на Украине и, руководствуясь в этом деле революционной совестью и социалистическим правосознанием», трибунал приговорил В. А. Голубовича, Н. А. Петренко, И. Н. Лизановского, И. Н. Часныка и Ю. Ю. Ярослава к 5 годам заключения, а Г. Т. Сиротенко освободил от отбывания назначенного ему наказания. Ю. А. Скугар-Скварский был осужден к заключению в исправительный лагерь на 5 лет. Профессора С. С. Остапенко трибунал приговорил к 5 годам принудительных работ без лишения свободы с использованием по специальности.
В июне 1920 г. в Харьковскую чрезвычайную комиссию явился бывший начальник контрразведки при Директории Юлиан Чайковский. Он заявил, что, раскаиваясь в прошлой деятельности, решил отдать себя в руки советского правосудия.
Чекисты произвели тщательное расследование. Помимо Чайковского, давшего пространные откровенные показания, были допрошены многие свидетели и потерпевшие. Дело Ю. Чайковского рассматривалось в публичном заседании Всеукраинского верховного революционного трибунала. Оно привлекло к себе внимание трудящихся. На суде были оглашены многочисленные факты преступного хозяйничанья петлюровских «вояк» в Киеве в дни господства Директории. Только в Анатомическом музее после изгнания петлюровцев из города нашли 200 трупов зарубленных ими людей.
Спрошенный об этом бывший председатель Директории В. К. Винниченко, прибывший весною 1920 г. на Украину из эмиграции и явившийся на суд, заявил, что все эти преступления совершались без ведома «правительства», которое будто бы даже боролось с ними. «Когда первый раз в Киеве был разгромлен профсоюз отрядом Коновальца и представители Бюро профсоюзов пришли ко мне, — поведал на суде Винниченко, — я немедленно вызвал тех, кто производил разгром, и поставил им вопрос, на каком основании они это сделали. Мне было отвечено, что, по сведениям контрразведки, в помещении профсоюза собираются большевики, которые угрожают спокойствию и государственной власти… Я просто дал приказ, чтобы немедленно все было исправлено, чтобы арестованные были отпущены, а книги возвращены… Но за первым разгромом последовал другой, за ним — третий. Каждый раз повторялась та же история». Винниченко объяснял, что он и Директория с «резким осуждением» относились к погромам на местах, выносили об этом соответствующие постановления. Но военная власть, представителем которой был Петлюра, никаких практических мер к их прекращению не принимала. «Отряд Ковенко, правда, получил задание ликвидировать погромы, но в действительности, выезжая на места для ликвидации, он сам эти погромы устраивал».