Коммунистическая партия и Советское правительство принимали меры к налаживанию отношений с коренным мусульманским населением, от чего зависел и успех в борьбе с басмачами. 29 июня 1920 г. в решении «Об основных задачах РКП (б) в Туркестане» Центральный Комитет РКП (б), чтобы устранить национальное неравенство и искоренить феодально-патриархальные пережитки, предложил отобрать у русских переселенцев все земли, захваченные у киргизов, оставляя первым участки в размере трудового надела; изъятые земли обратить в фонд наделения киргизских обществ, артелей и отдельных лиц; обеспечить землей безземельных дехкан; ликвидировать все кулацкие организации, обезоружить кулаков и самыми решительными мерами лишить их возможности не только руководить, но и влиять на организацию местной власти и на местное строительство; выслать из Туркестана всех бывших чинов полиции, жандармерии, охранки, спекулянтов, бывших управляющих крупными российскими предприятиями, всех примазавшихся к партии, советским органам, Красной Армии и т. д.; в порядке перераспределения партийных сил откомандировать в распоряжение ЦК тех туркестанских коммунистов, которые заражены колонизаторством и национализмом; уравнять в продовольственном отношении коренное городское население с русским и принять меры к улучшению продовольственного положения и развитию местной промышленности.
Выполняя эти решения, туркестанские власти в 1920–1921 гг. провели земельную реформу, в результате которой было ликвидировано 466 кулацких хозяйств, выселено и расселено свыше 8 тысяч переселенческих хозяйств, поступило в земельный фонд более 232 тысяч десятин земли, наделено землей около 13 тысяч хозяйств, в том числе почти 10 тысяч казахско-киргизских, немногим более 3 тысяч узбекских и 54 русских.
В сентябре 1920 г. Чрезвычайная комиссия Туркестанской республики по борьбе с контрреволюцией издала приказ о регистрации в органах ЧК всех бывших крупных чиновников, жандармов и полицейских царской администрации, владельцев крупных фабрик, заводов и торговых предприятий и других колонизаторских элементов. Во многих советских учреждениях чекисты выявили бывших жандармов, полицейских, агентов охранки. К началу 1921 г. из пределов Туркестана было выслано более 2 тысяч представителей враждебных элементов.
Активнейшее участие туркестанские чекисты приняли и в непосредственной борьбе с басмачами. Они вели политическую работу по разложению басмачества, разведку о состоянии и местонахождении басмаческих банд, их составе и вооружении. Чекисты проникали в стан басмачей и добывали сведения, необходимые для советского военного командования, вели контрразведывательную работу по поимке и обезвреживанию басмаческих агентов. Среди таких агентов были осведомители (главным образом муллы и торговцы), сообщавшие о передвижениях советских частей, скупщики оружия и боеприпасов (в их числе нередко попадались бывшие белогвардейские офицеры, служившие в советских военных учреждениях) и другие.
Басмачи приносили огромный вред не только государству, но и непосредственно населению края. Только в 1920 г., по неполным данным, они сожгли 56 хлопкоочистительных заводов, около 153 тысяч пудов хлопка-сырца, 34,5 тысячи кип волокна, 17,5 тысячи пудов семян. В Ферганской области басмачи истребили из каждой сотни 84 лошади, 93 головы крупного рогатого скота и 90 голов мелкого скота.
В обращении к мусульманскому населению Ферганской области командующий вооруженными силами, действовавшими против басмачей, М. В. Фрунзе писал: «Братья! Два с лишним года льется кровь по всей Фергане; два с лишним года измученное население области не знает отдыха и не может спокойно трудиться; два с лишним года шайки басмачей терроризируют мирных жителей, угоняя их скот, забирая жен и сыновей, лишая последнего достояния.
В результате их грабительских «подвигов» все население стонет, поля не обработаны, ибо их нечем было пахать, отцы и матери оплакивают тысячи погибших детей, все хозяйство прежде цветущего и богатого края — на краю полного уничтожения…
С этим пора кончить. Пора каленым железом выжечь язву басмачества, пора железной метлой вымести из края всех грабителей и бандитов. Отныне с басмачеством, как явным бичом народа, будет вестись беспощадная борьба. Это — твердое решение Советской власти…
Братья дехкане, поднимайтесь на борьбу с язвой местной жизни — басмачеством… Собирайтесь в дружную братскую семью под красным знаменем Советской власти».