Для расследования преступлений Колчака и членов его «правительства» еще «Политцентр» назначил Чрезвычайную следственную комиссию, в которую вошли большевик К. А. Попов, меньшевик В. П. Денике и правые эсеры Г. Г. Лукьянчиков и Н. А. Алексеевский. Военно-революционный комитет поставил во главе этой комиссии большевика С. Р. Чудновского. Следственная комиссия работала до 6 февраля 1920 г.
Председатель Иркутского военно-революционного комитета А. А. Ширямов впоследствии рассказывал: «С момента ареста Колчак содержался в Иркутской тюрьме под охраной надежного отряда. Созданная еще при «Политцентре» и реформированная нами следственная комиссия вела следствие и производила допросы Колчака и других членов правительства.
Город был занят нами в момент, когда в нем скопилась масса контрреволюционных элементов — буржуазия, застрявшие офицеры колчаковских армий, десятки всевозможных учреждений, юнкера и пр. и пр. В дни боев многие припрятали оружие, и его часто находили при обысках, находили части пулеметов, пулеметные ленты, гранаты, винтовки и т. д. Появились черносотенные прокламации, восхвалявшие Колчака как мученика, призывающие стоять за него…
Готовясь к бою, мы приняли все меры к предупреждению восстания у себя в тылу. Интернировали юнкеров, провели ряд арестов. В специальных приказах ревкома предупредили буржуазию и белогвардейщину, что в случае какой-либо попытки к восстанию пощады не будет никому. И все же полной уверенности в том, что во время боя город останется спокойным, — у нас не было.
Организующим центром этого восстания, его лозунгом оставался по-прежнему Колчак.
Председателю следственной комиссии т. Чудновскому было дано распоряжение иметь наготове надежный отряд, который в случае боя на улицах должен был взять Колчака из тюрьмы и увезти его из города в более безопасное место. Но числа 3 февраля следственная комиссия представила в ревком список человек на 18, роль которых в колчаковщине была достаточно выяснена. По мнению комиссии, они подлежали расстрелу. В числе их был Колчак.
Ревком выделил из списка только двух — Колчака и председателя совета министров Пепеляева. Все же в тот день вопрос о Колчаке был оставлен открытым.
Находившемуся в штабе 5-й армии т. Сурнову было по прямому проводу передано поручение выяснить, как отнесется Реввоенсовет к расстрелу Колчака. Ответ Реввоенсовета гласил, что если парторганизация считает этот расстрел необходимым при создавшейся обстановке, то Реввоенсовет не будет возражать против него».
6 февраля 1920 г. Иркутский военно-революционный комитет принял следующее постановление: «Обысками в городе обнаружены во многих местах склады оружия, бомб, пулеметных лент и пр. и таинственное передвижение по городу этих предметов боевого снаряжения. По городу разбрасываются портреты Колчака и т. д.
С другой стороны, генерал Войцеховский, отвечая на предложение сдать оружие, в одном из пунктов своего ответа упоминает о выдаче ему Колчака и его штаба.
Все эти данные заставляют признать, что в городе существует тайная организация, ставящая своею целью освобождение одного из тягчайших преступников против трудящихся — Колчака и его сподвижников. Восстание это, безусловно, обречено на полный неуспех, тем не менее может повлечь за собою еще ряд невинных жертв и вызвать стихийный взрыв мести со стороны возмущенных масс, не пожелающих допустить повторения такой попытки.
Обязанный предупредить эти бесцельные жертвы и не допустить город до ужасов гражданской войны, а равно основываясь на данных следственного материала и постановлении Совета Народных Комиссаров Российской Социалистической Федеративной Советской Республики, объявившего Колчака и его правительство вне закона, Иркутский военно-революционный комитет постановил:
1) бывшего верховного правителя — адмирала Колчака и
2) бывшего председателя совета министров — Пепеляева расстрелять.
Лучше казнь двух преступников, давно достойных смерти, чем сотни невинных жертв».
7 февраля 1920 г. постановление Военно-революционного комитета было исполнено.