Высланная из Пскова погоня вскоре напала на след «вора» и без труда захватила его. По улицам Пскова самозванца провели как пленника, привязанным железными путами к коню. Псковичи немедленно посадили Матюшку «в палату» под стражу. Произошло это 20 мая. Плещеев снарядил нарочного в Москву и известил ополчение об аресте самозванца.
Земское правительство не дало времени опомниться сторонникам Лжедмитрия III. В начале июня 1612 года Совет земли постановил считать присягу псковскому «вору» недействительной Недолгому «царствованию» лжецаря Матюшки пришел конец.
Опасаясь волнений, вожди ополчения поначалу велели держать «вора» в Пскове Лишь 1 июля его под усиленной охраной повезли в Москву. В пути конвой попал в засаду. Лисовский едва не отбил самозванца у ратных людей. В таборах казаки не дали казнить «вора», а посадили его на цепь для всеобщего обозрения.
Без отлагательств подмосковный Совет снарядил в Ярославль посла дворянина Чеглокова и четырех атаманов с повинной грамотой. 6 июня послы встретились с Мининым и Пожарским и передали им приговор земли. Трубецкой и Заруцкий вместе с соборными чинами — воеводами, дворянами, атаманами, казаками, прочими служилыми людьми и москвичами извещали ярославский Совет о низложении Лжедмитрия III, клятвенно обещали впредь не затевать иного воровства и отрекались от Маринки и ее сына. Они предлагали ярославскому правительству немедленно объединиться «во всемирном совете», чтобы избрать царя всем вместе сообща.
Обращение подмосковных властей вызвало разногласия в Ярославле, «междоусобные смутные словеса». Члены Совета разделились. Одни настаивали на соглашении с таборами, другие категорически возражали против союза с казаками и их атаманом. Противники Заруцкого приписывали ему самые коварные замыслы. «Князя Дмитрия, — говорили дворяне, — манят под Москву казаки: хотят его убити, как Прокофия Ляпунова убили».
После «воцарения» Лжедмитрия III Совет земли сжег все мосты к примирению с вождем казаков, публично заклеймив его как убийцу Ляпунова. Арест самозванца не изменил отношения ярославских воевод к Заруцкому. В июне они разослали грамоты в северские и украинные города с новым призывом отстать от «вора», Маринки и ее сына. Минин и Пожарский старались окончательно подорвать влияние Заруцкого в тех местностях, которые давно поддерживали его. Их грамоты обвиняли атамана в том, что тот присвоил денежную казну, привезенную из городов в Подмосковье. Разъезд дворян из полков объяснялся теперь тем, что Заруцкий не давал им казны и они пришли в великую скудость.
Старания ярославского Совета достигли цели. Летом из Перемышля в Подмосковье прибыл Иван Дубина-Бегичев с ратными людьми из украинных городов. Он не мог найти общий язык с Заруцким и решил искать на него управы в Ярославле. Явившись к Минину и Пожарскому, Бегичев стал жаловаться на то, что не может добиться жалованья от земской казны и его люди терпят нужду в продовольствии и притеснения. Видя крайнюю бедность прибывших ратников, Минин в тот же час одарил их деньгами и сукном на платье. Посланцы вернулись в Москву ободренными.
Заруцкий расценил их обращение в Ярославль как прямой мятеж. По его приказу казаки напали на месторасположение отряда. Ратные люди из отряда Бегичева, спасаясь от гнева Заруцкого, бежали в свои города.
Отказ Пожарского вести какие бы то ни было переговоры с Заруцким и ответные действия казачьего предводителя расстроили намечавшийся компромисс между двумя земскими правительствами. Какими бы извилистыми путями ни шел Заруцкий, его заслуги перед освободительным движением были неоспоримы. Он сумел сплотить казачьи таборы и вдохнуть в них веру в победу. Более года казаки держали в осаде некогда грозного ворога. Мертвой хваткой вцепились они в московскую землю, и никакие потери не могли сломить их.