Заруцкий послал ярославским вождям покаянную грамоту и сделал все, чтобы добиться примирения. Его старания не были оценены. Обличения со стороны ярославского Совета привели атамана в ярость. Он задумал отомстить тем, кто отверг протянутую руку.
Ходили слухи, будто Заруцкий заслал в Ярославль ведунов и те испортили князя Дмитрия, наслав на него злые чары. «И до нынешнего дня, — записал современник, — та болезнь — черный недуг — на нем». В дни ярославского стояния у князя Дмитрия в самом деле случился сильный припадок. Однако его болезнь вовсе не была следствием «порчи».
Когда Заруцкий замыслил физически уничтожить Дмитрия Пожарского, он прибегнул к услугам не колдунов, а тайных убийц.
Как обычно, ранним утром Дмитрий Пожарский заглянул в съезжую избу, чтобы решить накопившиеся дела. Переговорив с дьяками, он отправился на площадь перед Разрядной избой, чтобы осмотреть стоявшие там пушки. Подле пушек работали кузнецы. Пришло время отправлять артиллерию под Москву, и надо было привести в порядок пушечные лафеты и колеса. Осмотрев пушки, воевода повернул к крыльцу Разрядной избы и стал протискиваться сквозь толпу к дверям. Казак Роман вел его, поддерживая под руку. Внезапно провожатый отпустил князя, громко застонал и неловко повалился на бок. Пожарский не сразу понял, что случилось, и попытался выбраться из толпы, не чая беды. Но народ не выпускал его, а, напротив того, старался окружить со всех сторон плотной стеной. Люди кричали ему: «Тебя хотели зарезать ножом!» Подле раненого обнаружили окровавленный нож и тут же установили его владельца, не успевшего далеко убежать. Между тем к месту происшествия спешили со всех сторон ратники и посадские люди. Злодея пытали всем миром, и он вскоре же назвал свое имя и выдал сообщников.
Заруцкий поручил убийство Пожарского двум казакам — Степану и Обрезку. По прибытии в Ярославль эти люди должны были вовлечь в заговор нескольких смоленских дворян и стрельцов, которые пользовались покровительством Заруцкого в дни службы Сигизмунду III в лагере под Смоленском и были ему многим обязаны. Заруцкий допустил просчет. Казак Стенька виделся с сыном боярским Иваном Доводчиковым, стрельцом Шалдой и четырьмя другими смолянами, но те не поддались на уговоры. Тогда Стенька попытался подкупить холопа Пожарского Жвалова, имевшего давние счеты с господином. Холоп согласился проникнуть в спальню и зарезать спящего князя ночью. Но в последний момент он струсил и отказался участвовать в заговоре. Тогда казак Стенька решил собственноручно убить Пожарского в уличной давке. Он подстерег его возле земской избы, выхватил нож из-за голенища и попытался нанести жертве воровской удар снизу в живот. Из-за толчеи убийца промахнулся и вонзил нож в бедро казака, сопровождавшего князя Дмитрия.
Заговорщиков судили судьи, назначенные Советом всей земли. Казака Стеньку и его ближайших сотоварищей Пожарский взял с собою под Москву для обличения Заруцкого, всех прочих участников заговора разослал по тюрьмам. Князь Дмитрий не желал проливать их кровь.
Авантюра Заруцкого обернулась против него самого. Почва под его ногами заколебалась. Атаман давно уже не полагался на своего сотоварища Трубецкого, который вел за его спиной переговоры с Ярославлем. Теперь Трубецкой и дворяне готовы были пожертвовать Заруцким, чтобы получить помощь от второго ополчения.
Заруцкий метался как загнанный зверь и не мог найти выхода. Ходкевич знал о его затруднениях и думал толкнуть на предательство. В земский лагерь явился лазутчик и передал атаману письмо от гетмана. Заруцкий не дал ответа полякам. Но при этом он не только не арестовал лазутчика, но и позволил ему остаться в таборах как бы на земской службе. Он решил сохранить возможность тайных сношений с неприятелем, обнаружив обычную неразборчивость в средствах.
Между тем тайное стало явным. Лазутчик поделился своими секретами с несколькими поляками, находившимися на земской службе. Один из них, ротмистр Хмелевский, забил тревогу и не побоялся объявить обо всем Трубецкому и членам подмосковного Совета. Лазутчика арестовали и погубили на пытке, чтобы замять дело. Хмелевскому пришлось бежать в Ярославль к Пожарскому. Но толки о великой измене вождя больше не прекращались ни на день.
Казаки не забыли, какое побоище учинил их атаман, когда ему взбрело на ум увести казаков на королевскую службу под Смоленск. Они начали утрачивать доверие к Заруцкому вследствие также и других причин. Прошло время, когда казаки многое прощали своему предводителю за его отчаянную храбрость и везение. По законам вольного казачества выборный атаман считался первым среди равных. Некогда все так и было. Но со временем от равенства не осталось и следа. Казаки провели суровую снежную зиму в наспех вырытых землянках. Они жили впроголодь и вовсе обносились. Их же вождь не только не знал нужды, но использовал трудную годину для беззастенчивого обогащения. За особые заслуги Заруцкий добился пожалования ему во владение обширной важской земли, некогда принадлежавшей правителю Борису Годунову. Глава таборов грубо нарушил приговор 30 июня 1611 года, утвержденный им самим. Помимо Ваги он завладел другими землями. Минин и Пожарский имели основание упрекать атамана в злоупотреблениях. По своему произволу Заруцкий делил доходы, поступавшие в земскую казну из городов, рассылал «своих советников» по городам, дворцовым и черным волостям для сбора денег и «корма». Неравное распределение доходов усугубляло нужду рядового казачества и московских повстанцев. Вчерашние холопы, ярыжки и мужики, называвшие себя казаками, давно не считали Заруцкого своим человеком. Став великим господином, атаман усвоил истинно боярские манеры. Власть и богатство, свалившиеся на голову удалого казака, повлекли за собой полное перерождение.