В стане Трубецкого нашлись люди, сознательно разжигавшие недовольство казаков. К числу их принадлежал Иван Шереметев. Он уклонился от службы в полках Пожарского и прибыл под Москву не раньше чем узнал об окончании кровопролитных боев. Будучи членом ярославского Совета, Шереметев тем не менее обосновался под крылышком у Трубецкого. Вокруг Шереметева тотчас объединились многие старые тушинцы — слуга и боярин князь Григорий Шаховской, Иван Плещеев и другие. Минин и Пожарский с тревогой следили за этим зловещим альянсом. Всего год назад все эти бывшие тушинцы своими интригами подготовили почву для расправы над Прокофием Ляпуновым. Теперь они вновь затевали что-то недоброе.
Шереметев и его единомышленники не скупились на обещания, стараясь привлечь на свою сторону казацкую массу. Апеллируя к справедливости, они призывали обнищавших казаков посылать отряды в Ярославль, Вологду и другие города, чтобы организовать снабжение таборов деньгами, продовольствием и одеждой. Агитация тушинских бояр углубляла раскол в земской рати и грозила разжечь междоусобия. Опасность была столь велика, что Минин и Пожарский прибегли к решительным мерам против смутьянов. В начале сентября в окружных грамотах городам Совет земли открыто разоблачил их заговор. Совет заявил, что крамольники готовятся убить Пожарского и что под влиянием их агитации казаки вновь чинят грабежи по дорогам.
Двум земским правительствам трудно было ужиться в одном стане. 12 сентября 1612 года князь Василий Тюфякин привел из Одоева триста всадников. Он не мог решить, к кому пристать, и расположился поодаль от старого лагеря за стенами Деревянного города. Ветры раздора, погубившего первое ополчение, вновь повеяли над подмосковными полками. Дворяне, засевшие в Кремле, предсказывали развал освободительной армии. Но они радовались преждевременно.
Троице-Сергиев монастырь, потративший немало денег на поддержку первого земского правительства, использовал все свое влияние, чтобы покончить с волнением в таборах. Денежная казна монастыря истощилась, и монахам ничего не оставалось, как приняться за гардероб. Из тайников извлекли драгоценные ризы, аккуратно уложили их в повозки и отвезли в таборы. Там носланцы монастыря собрали казачий круг и предложили ратникам принять от них вещи в виде заклада. Как только монастырь соберет оброки со своих крестьян, заявили монахи, они тотчас выкупят заклад за тысячу рублей.
Казакам нужны были хлеб насущный и теплая одежда. Заклад не мог помочь им в жестокой нужде. Круг постановил немедленно вернуть вещи в монастырскую казну. Два атамана выехали в Троицу с письмом к архимандриту. Казаки писали, что никакие скорби и беды не заставят их отступить от стен столицы.
В дни боев под Москвой князь Дмитрий Трубецкой подтвердил давнюю репутацию бездарного и никчемного человека. Победу добыли Минин и Пожарский. Тем не менее родовитый Трубецкой и слышать не желал о признании авторитета незнатного стольника. Более того, боярин стал настаивать на том, чтобы Пожарский подчинялся всем его приказам. Троицкие монахи и тут предложили свои услуги, чтобы примирить соперничавших воевод.
Архимандрит Дионисий обратился к «двум князем Дмитрием» с обширным посланием. В нем он поминал всех святых и многословно убеждал воевод соединиться: «О благочестивые князи Дмитрие Тимофеевич и Дмитрие Михайлович! Сотворите любови над всею Российскою землею, призовите в любовь к себе всех любовию своею».
Казачьи таборы понесли меньшие потери, чем ярославская рать. Поэтому они первыми возобновили боевые действия. В начале сентября казаки установили пушки в Замоскворечье и стали бомбардировать Кремль калеными ядрами. Им удалось поджечь двор боярина Мстиславского. Двор располагался за стеной, обращенной к царским садам в Замоскворечье. Три дня спустя русские с громкими криками бросились на штурм Кремля, но ничего не могли поделать против его неприступных укреплений. Пока каждая из двух армий вела войну отдельно от другой, успех был невелик.
Повсюду крепло убеждение, что лишь полное объединение всех воинских сил может обеспечить победу. Переговоры между представителями Земского совета и таборов продолжались несколько дней, прежде чем стороны достигли согласия. Трубецкому пришлось пожертвовать своими амбициями. Он не настаивал более на том, чтобы Пожарский ездил к нему в ставку и там выслушивал его распоряжения. Приговор о создании единого командования предписывал воеводам основать ставку на новом месте — у Неглинной на Трубе. Там был выстроен новый Разрядный приказ, куда воеводы съезжались теперь для решения всех вопросов.