Шаг за шагом продвигаясь вслед за казаками, воеводы строили средь «дикого поля» новые городки и укрепления, определяли на государеву службу вольное население. После коронации Бориса в степях был основан город Царев-Борисов. Новая крепость отстояла на сотни верст от старых русских рубежей. Зато из нее открывались кратчайшие пути к Раздорам. Противостояние крепости с царским именем и казачьей столицы имело символический смысл. Название крепости показывало, что взаимоотношения с казачеством стали для Бориса не только источником постоянных тревог, но и вопросом престижа.
Казачье войско не могло существовать без подвоза боеприпасов и продовольствия из России. Стремясь подчинить казачью вольницу, Годунов запретил вольную торговлю с Доном, объявил, что лишь казна может отправлять донским атаманам оружие и порох, и стал преследовать тех, кто нарушал его указ. Царь Борис сознавал, какую опасность таит в себе бурлящая окраина. Но предпринятые им попытки стеснить казачью вольность обернулись против него самого. Донские казаки поддержали восстание в пользу самозванца.
При вступлении на престол Борис торжественно обещал покончить с нищетой народа в своем царстве. После коронации он не раз повторял, что готов разделить с подданными последнюю сорочку. Как доносили из Москвы иноземные послы, Годунов намеревался облегчить участь крестьян, регламентировать их платежи в пользу дворян. Но какими бы ни были помыслы Бориса, он никогда их так и не осуществил. Отмена Юрьева дня и проведение в жизнь указа о сыске беглых крестьян безмерно расширили власть феодальных землевладельцев над сельским населением. Дворяне все чаще вводили в своих поместьях барщину, повышали оброки. Крестьяне с трудом приспосабливались к новому порядку.
В начале XVII века на Россию обрушились неслыханные стихийные бедствия, вызвавшие массовое разорение деревни. В аграрной России сельскохозяйственное производство целиком зависело от погодных условий. Изучение климатических изменений привело ученых к выводу, что на протяжении последнего тысячелетия самое значительное похолодание произошло во второй половине XVI — начале XVII века. В различных уголках Европы, от Франции до России, земледельцы сталкивались с одними и теми же явлениями: сокращением продолжительности теплых летних сезонов, необычайными морозами и обильными снегопадами. Климатические перемены не были столь значительными, чтобы вызвать общее снижение сельскохозяйственного производства. Но некоторые области Европы на рубеже веков пережили аграрную катастрофу.
Ухудшение климатических условий совпало в ряде случаев с нарушением погодных циклов. На каждое десятилетие приходились обычно два-три неблагоприятных в климатическом отношении лета. Как правило, плохие годы чередовались с хорошими, и крестьяне компенсировали потери из следующего урожая. Но когда бедствия губили урожай на протяжении двух лет подряд, мелкое крестьянское производство терпело крушение.
В начале XVII века сельское хозяйство России испытало последствия общего похолодания в Европе и нарушения погодного цикла. Длительные дожди помешали созреванию хлебов во время холодного лета 1601 года. Ранние морозы довершили беду. Крестьяне использовали незрелые, «зяблые», семена, чтобы засеять озимь. В итоге на озимых полях хлеб либо вовсе не пророс, либо дал плохие всходы. Посевы, на которые земледельцы возлагали все свои надежды, были погублены морозами в 1602 году. В 1603 году крестьянам нечем было засевать поля. Наступил страшный голод.
По обыкновению, цены поднимались к весне. Нечего удивляться, что уже весною 1601 года «хлеб был дорог». Через год рожь стали продавать в 6 раз дороже. Затем эта цена возросла еще втрое. Не только малоимущие, но и средние слои населения не могли покупать такой хлеб.
Исчерпав запасы продовольствия, голодающие принялись за кошек и собак, а затем стали есть траву, липовую кору. Голодная смерть косила население по всей стране. Трупы валялись по дорогам. В городах их едва успевали вывозить в поле, где закапывали в большие ямы. Только в Москве власти за время голода погребли в трех больших «скудельницах» (на братских кладбищах) сто двадцать тысяч мертвых. Эту цифру приводят в своих записках и иноземцы (Я. Маржарет) и русские (А. Палицын).