С того времени как Михаил начал осознавать мир, в его душу глубоко запал страх перед бунтующим народом. Два года осады внушили ему ненависть к «воровским» воеводам и казакам из земского ополчения. Знать, собравшаяся в царской ставке, старательно поддерживала его предубеждение.
Атаманы и казаки, прибывшие из Москвы в Кострому, чувствовали там себя неуютно. Когда Михаил на пути в Москву сделал остановку в Троице-Сергиевом монастыре, многие казаки уже разъехались из его ставки. В Троице государя встречала чуть не вся столичная знать, множество дворян и другие чины. Выступая перед ними, Михаил с гневом и слезами обличал казачьи грабежи. Романов говорил с чужого голоса. Его выступление инспирировали бывшие члены боярского правительства.
Мстиславский с товарищами ждал первого подходящего случая, чтобы удалить из столицы возможно большее число казаков и заменить их послушными стрельцами. В марте 1613 года 2300 казаков перешли из Москвы в Калугу. Несколько казачьих сотен тогда же выступили в Псков.
Накануне прибытия царского поезда в столицу «холопы Митька Трубецкой и Митька Пожарский» запросили государя, в какой день и в каком месте прикажет он им и всем ратным людям ополчения встречать его и видеть его царские очи. Михаил прислал ответ не им, а всей Боярской думе. Соперничество между старшими боярами и земским правительством играло на руку новому «самодержцу». Оно мешало собору предпринять какие бы то ни было шаги к ограничению его власти.
14 апреля 1613 года собор постановил составить утвержденную грамоту об избрании Михаила. За образец дьяки взяли годуновскую грамоту. Нимало не заботясь об истине, они списывали ее целыми страницами, вкладывая в уста Михаила слова Бориса к собору, заставляя инокиню Марфу Романову повторять речи инокини Александры Годуновой. Сцену народного избрания Бориса на Новодевичьем поле они воспроизвели целиком, перенеся ее под стены Ипатьевского монастыря. Обосновывая права Романовых на трон, дьяки утверждали, будто царь Федор перед кончиной завещал корону братаничу Федору Романову. Старая ложь возведена была теперь в ранг официальной доктрины.
На изготовление грамоты ушло несколько недель. Подписание ее заняло значительно больше времени. В отличие от Годунова Михаил не позаботился о том, чтобы собрать подписи у всех членов собора поголовно. Выборные из городов выделяли из своей среды грамотея — дворянина либо посадского человека, реже стрельца, и тот подписывал разом за всех представителей своего города и уезда. Советники царя не пригласили подписывать грамоту ни выборного человека от всего Московского государства Козьму Минина, ни столичных гостей и посадских старост, ни атаманов и казаков из состава ополчения.
На коронации Михаила земские бояре тщетно пытались добиться признания их старшинства. Правитель Трубецкой пробовал местничать с самим Иваном Романовым, но его быстро одернули. Царь оказал честь дяде Ивану Романову, велел ему держать перед собой шапку Мономаха. Трубецкому пришлось довольствоваться более скромной ролью. Он нес скипетр. Пожарский также участвовал в церемонии коронации. Ему поручили держать золотое яблоко. Князь Мстиславский вновь оказался героем дня. Как самый знатный из бояр, он осыпал молодого царя золотыми монетами.
При всей вялости ума Михаил Романов понимал, что ему не видать было бы короны, если бы войско Пожарского не очистило Москву от вражеских отрядов. Члены собора и народ требовали признания заслуг выборного земского воеводы. Идя навстречу общему настроению, царь в самый день коронации объявил о пожаловании стольнику Пожарскому боярства. Но прежде стольника тот же чин получил князь Иван Борисович Черкасский. Порядок пожалования был глубоко символичен. Князь Пожарский возглавлял мартовское восстание в Москве, князь Черкасский помогал интервентам подавлять его. Позже Черкасский сражался с передовыми отрядами ополчения, но был взят в плен.
Козьме Минину более чем кому бы то ни было другому обязана была Москва своим освобождением. Совет ополчения по решению «всех земли» наградил его за московское взятие большой вотчиной. Заслуги Минина перед казной не получили признания. Не он, а Траханиотов получил чин казначея и возглавил Казенный приказ.