Составленный следственной комиссией «обыск» сохранил не одну, а по крайней мере две версии гибели царевича Дмитрия. Версия насильственной смерти всплыла в первый день дознания. Наиболее энергично ее отстаивал дядя царицы Марии Михаил Нагой. Он же назвал убийц Дмитрия: сына Битяговского — Данилу, его племянника — Никиту Качалова и др. Однако Михаил не смог привести никаких фактов в подтверждение своих обвинений. Его версия рассыпалась в прах, едва заговорили другие свидетели. Когда позвонили в колокол, показала вдова Битяговского, «муж мой Михайло и сын мой в те поры ели у себя на подворьишке, а у него ел священник… Богдан». Поп Богдан был духовником Григория Нагого и изо всех сил выгораживал царицу и ее братьев, утверждая, что те непричастны к убийству дьяка, погубленного посадскими людьми. Хотя показания попа откровенностью не отличались, он простодушно подтвердил перед Шуйским, что обедал за одним столом с Битяговским и его сыном, когда в городе ударили в набат. Таким образом, в минуту смерти царевича его «убийцы» мирно обедали у себя в доме вдалеке от места преступления. Они имели стопроцентное, алиби. Преступниками их считали только сбитые с толку люди.
Показания свидетелей позволяют выяснить еще один любопытный факт: Михаил Нагой не был очевидцем происшествия. Он прискакал во дворец «пьян на коне», «мертв пьян», после того как ударили в колокол. Протрезвев, Михаил осознал, что ему придется держать ответ за убийство дьяка, представлявшего в Угличе особу царя. В ночь перед приездом Шуйского он велел преданным людям разыскать несколько ножей и палицу и положить их на трупы Битяговских, сброшенные в ров у городской стены. Комиссия, расследовавшая дело по свежим следам, без труда разоблачила этот подлог. Городовой приказчик Углича Русин Раков показал, что он взял у посадских людей в Торговом ряду два ножа и принес их к Нагому, а тот велел слуге зарезать курицу и вымазать ее кровью оружие. Михаил Нагой был изобличен, несмотря на запирательство. На очной ставке с Раковым слуга Нагого, резавший курицу в чулане, подтвердил показания приказчика. Михаила Нагого окончательно выдал брат Григорий, рассказавший, как он доставал из-под замка «ногайский нож» и как изготовлены были другие «улики».
Версия нечаянного самоубийства Дмитрия исходила от непосредственных очевидцев происшествия. В полдень 15 мая царевич под наблюдением взрослых гулял с ребятами на заднем дворе и играл ножичком в тычку. При нем находились боярыня Волохова, кормилица Арина Тучкова, ее сын Баженко, молочный брат царевича, постельница Марья Колобова, ее сын Петрушка и еще два жильца (придворные служители, отобранные в свиту царевича из числа его сверстников). Шуйский придавал показаниям мальчиков исключительное значение и допрашивал их с особой тщательностью. Прежде всего он выяснил, «хто в те поры за царевичем были». Жильцы отвечали, что «были за царевичем в те поры только они, четыре человека, да кормилица, да постелница». На заданный «в лоб» вопрос, «были ли в те поры за царевичем Осип Волохов и Данило Битяговский», они дали отрицательный ответ. Мальчики прекрасно знали людей, о которых их спрашивали (сын дьяка был их сверстником, а Волохов и Качалов служили жильцами в свите царевича и были постоянными товарищами их игр). Они кратко, точно и живо рассказали о том, что произошло на их глазах: «…играл-де царевич в тычку ножиком с ними на заднем дворе, и пришла на него болезнь — падучей недуг — и набросился на нож».
Может быть, мальчики сочинили историю о болезни царевича в угоду Шуйскому? Такое предположение убедительно опровергается показаниями взрослых свидетелей.
Трое видных служителей царицына двора — подключники Ларионов, Иванов и Гнидин — показали следующее: когда царица села обедать, они стояли «в верху за поставцом, ажно, деи, бежит в верх жилец Петрушка Колобов, а говорит: тешился, деи, царевич с нами на дворе в тычку ножом и пришла, деи, на него немочь падучая… да в ту пору, как ево било, покололся ножом сам и оттого умер». Итак, Петрушка Колобов сообщил комиссии то же самое, что и дворовым служителям через несколько минут после гибели Дмитрия.
Показания Петрушки Колобова и его товарищей подтвердили Марья Колобова, мамка Волохова и кормилица Тучкова. Свидетельство кормилицы отличалось удивительной искренностью. В присутствии царицы и Шуйского она назвала себя виновницей несчастья: «…она того не уберегла, как пришла на царевича болезнь черная… и он ножом покололся…»