Жизнеописание Отрепьева, составленное в патриаршей канцелярии, разительно отличалось от версии Посольского приказа. Враг оказался гораздо опаснее, чем думали в Москве. Самозванец терпел поражение в открытом бою, но посланная против него многочисленная армия не могла изгнать его из пределов страны. Попытки представить Отрепьева юным негодяем, которого пьянство и воровство довели до монастыря, никого больше не могли убедить. Дипломатическая ложь рушилась сама собой. Патриаршие дьяки принуждены были более строго следовать фактам. Патриарх Иов известил паству о том, что Отрепьев «жил у Романовых во дворе и заворовался, [спасаясь] от смертные казни, постригся в черньцы и был по многим монастырям», позже служил у него, патриарха, «а после того сбежал в Литву с товарищами своими, с чюдовскими черницы».
Власти не настаивали на первоначальной версии, будто Отрепьева постригли из-за его безобразного поведения и восстания против родительской власти. Юшка заворовался, живя на дворе у Романовых. Как видно, патриарх умышленно не называл имени окольничего Михаила: он хотел бросить тень разом и на старших Романовых! Но подобные побуждения имели все же второстепенное значение. Царские опалы, казалось бы, навсегда покончили с могуществом Романовых: старший из братьев принял монашество и сидел под стражей в глухом монастыре, трое других погибли в ссылке. Никто не предвидел, что один из уцелевших сыновей Никитичей взойдет со временем на трон.
Посольский приказ старался скрыть от иноземцев определенную связь между пострижением Отрепьева и службой его опальным Романовым. Но уже в разъяснениях патриарха можно уловить намек на такую связь.
После смерти Годунова и гибели Лжедмитрия I царь Василий Шуйский произвел новое дознание по поводу самозванца. Его следователи имели одно важное преимущество перед Борисовыми. Они видели самозванца наяву. Новый царь опубликовал результаты расследования с большими подробностями, чем Борис. Его разъяснения при польском дворе отличались сдержанностью. Любые неточности могли быть легко опровергнуты в Кракове. Между тем самый вопрос о самозванце приобрел теперь государственное значение.
В инструкциях дипломатам Посольский приказ больше не скрывал факта службы Отрепьева у Романовых. На этот раз царские дьяки сообщили полякам даже больше, чем Патриаршая канцелярия. Юшка, писали они, «был в холопах у бояр у Микитиных детей Романовича и у князя Бориса Черкаскова и, заворовався, постригся в чернцы…». Точности ради дьяки должны были указать, что Отрепьев служил окольничему Михаилу и не имел отношения к Филарету и другим Никитичам, в то время вернувшимся в Москву. Заявления насчет связи самозванца со всей семьей Романовых имели политическую подоплеку. Едва приверженцы Шуйского выкрикнули на площади имя нового царя, как в боярской среде возник заговор. К нему примкнули Никитичи, не оставившие надежды занять трон. Тогда на их голову посыпались удары. Филарет Романов, которого нарекли в патриархи, лишился сана. Царская немилость обрушилась и на ближайших родственников Филарета — князей Черкасских.
В царских наказах Отрепьев назван боярским холопом. Можно ли верить этому? Юрий Отрепьев поступил на службу к Михаилу Романову как добровольный слуга. Однако царское уложение о холопах 1597 года предписывало всем господам в принудительном порядке составить кабальные грамоты на всех добровольных «холопов», прослуживших у них не менее полугода. Боярин Черкасский стоял в боярской иерархии значительно выше молодого окольничего Михаила Романова. Поэтому Юрий Отрепьев имел причины для перехода во двор к Черкасскому. Там он, возможно, и дал на себя кабальную запись.
В поздних летописях умалчивается о службе Отрепьева у Романовых и их родни. В царствование Романовых было небезопасно или, во всяком случае, неприлично вспоминать этот факт из биографии вора и богоотступника. Поэтому история пострижения Юрия Отрепьева получила совершенно превратное истолкование в поздних летописных сочинениях. Автор «Иного сказания» сочинил романтическую сказку о том, как четырнадцатилетний Юшка случайно повстречал в Москве безвестного вятского игумена Трифона и под влиянием душеспасительной беседы с ним принял схиму. Отзвук подлинных событий находим в одном компилятивном сказании, автор которого изложил причины пострижения Юшки следующим образом. Царь Борис послал в заточение и на смерть великих бояр Федора Никитича Романова и Бориса Камбулатовича Черкасского. Юшка часто приходил в дом к Черкасскому и был у него в чести, «и тоя ради вины на него царь Борис негодова, той же лукав сый вскоре избежав от царя, утаився во един монастырь и пострижеся…». Автор сказания усердно пытался смягчить неприятные для новой династии факты. Он умалчивает о том, что Юшка служил Михаилу Никитичу Романову и его шурину Черкасскому. Юшка будто бы лишь захаживал на двор к боярину Борису Черкасскому и от него «честь приобретал». Как бы то ни было, но в намеках сказания все же проглядывает истина.