А после распада СССР новые российские власти фактически присоединились к общепринятой на Западе трактовке событий. Во время визита в ноябре 1992 года в Сеул Президент России Борис Ельцин признал ошибочными действия советского военного командования и выразил глубокое сожаление по поводу трагедии, разыгравшейся над Сахалином.
Справедливости ради надо отметить, что прямых доказательств шпионской миссии «Боинга» советская сторона так и не добыла — по крайней мере по официальной советской версии. Среди обломков сбитого южнокорейского самолета детали разведывательной аппаратуры обнаружены не были. Ничего не дала и расшифровка «черных ящиков», поднятых нашими водолазами с океанского дна. В декабре 1983 года в докладной записке на имя генерального секретаря ЦК КПСС Юрия Андропова министр обороны Дмитрий Устинов и председатель КГБ Виктор Чебриков сообщали: «При расшифровке данных регистрирующей аппаратуры обнаружить достоверность преднамеренного вторжения в наше воздушное пространство нам не удалось. Мы не получили также прямых доказательств того, что самолет летел с разведывательной целью. С учетом того, что данные “черных ящиков” могут быть использованы не только Советским Союзом, но и западными странами для обоснования своих противоположных точек зрения о целях полета “Боинга “, рекомендуем эти данные засекретить».
После распада СССР южнокорейцам «черные ящики» вернули — но без их содержимого! Это, кстати, стало поводом для скандала в Кремле. Борис Ельцин, как рассказывал начальник его службы охраны Александр Коржаков, крайне возмутился, когда выяснилось, что в «черных ящиках», переданных им в торжественной обстановке руководству Южной Кореи, пленки отсутствовали. Кто и почему изъял пленки и куда они исчезли, люди Коржакова так и не установили. По мнению Коржакова, дипломатический конфуз с «черными ящиками» стал одним из поводов к увольнению главы президентской администрации Юрия Петрова, по инициативе которого Борис Ельцин и преподнес Сеулу «подарок».
Сегодня, спустя 30 лет после трагедии, существует несколько альтернативных точек зрения, в основе которых результаты независимых расследований. По мнению некоторых российских журналистов и отставных офицеров, пытавшихся самостоятельно разобраться в обстоятельствах трагедии, вина за гибель пассажирского «Боинга» лежит все же на южнокорейских властях, которые санкционировали его участие в специальной операции американской разведки. Системный анализ ставших достоянием гласности некоторых подробностей полета южнокорейского самолета выявил ряд фактов, позволяющих подозревать официальных представителей США и Южной Кореи в неискренности. Но, подчеркнем, чтобы избежать обвинений в необъективности, все это только косвенные доказательства.
Американский журнал «Сайенс дифенс мэгэзин» писал еще в 1983 году, вскоре после трагедии: «Южнокорейский самолет незадолго до инцидента — 11—14 августа 1983 года побывал на американской военно-воздушной базе Эндрюс, где был оснащен специальным оборудованием. При этой операции присутствовали представители не только Агентства национальной безопасности и ЦРУ, но и специалисты разведуправления ВВС США, Управления национальной разведки и других ведомств. В самолете было установлено совершенно секретное устройство, предназначенное для связи с самолетом-разведчиком RC-135».
Дэвид Пирсон, которого считают одним из наиболее серьезных на Западе исследователей сахалинской трагедии, писал по этому вопросу: «11 августа в 10.30утра на базу ВВС Эндрюс под Вашингтоном прибыл, как говорят, самолет авиакомпании КАЛ, сопровождаемый разведывательным самолетом RC-135. Сразу же после прибытия он был отбуксирован в дальний конец аэродрома к зданию номер 1752. Там заправляет делами фирма “И-Системс”. Это — базирующийся в Далласе, штат Техас, подрядчик Пентагона и ЦРУ. Ее специализация — электронное оборудование. Полагают, что корейский самолет был оснащен там электронным оборудованием, тип которого не уточняется. 14 августа, в 6.40 вечера, самолет вылетел с Эндрюс, опять-таки в компании RC-135».