Альтернативные версии случившегося так и не стали предметом серьезного разбирательства. Мишель Брюн еще в августе 1989 года представил в ИКАО — Международную организацию гражданской авиации — свою версию в виде официального доклада. Но ответа оттуда до сих пор не получил.
Проигнорировано и предположение некоторых независимых исследователей относительно того, что пассажирский авиалайнер, возможно, лежит у японского острова Кюрокусима, недалеко от острова Садо. Именно туда 1 сентября 1983 года в далекий от Монерона квадрат Японского моря был направлен специальный самолет американских ВМС, использующийся обычно в спасательных операциях. Этот полет был зафиксирован японскими радарами.
Много странного и в частных рассказах наших водолазов, работавших на месте, по советской официальной версии, падения южнокорейского «Боинга» — в нейтральных водах у острова Монерон. Кстати, советский ВМФ начал там поиск обломков самолетов только спустя неделю, а глубоководные аппараты для съемки дна и поднятия тел и обломков были доставлены к месту трагедии только через месяц. Все это время по этой акватории моря свободно ходили американские и японские суда и корабли, которые могли — гипотетически — сбросить на дно Татарского пролива все, что угодно. Еще быстрее это можно было сделать самолетами ВМС.
Среди обломков не было найдено ни одной обгорелой вещи. Да и по составу находок у водолазов складывалось впечатление, что самолет был кем-то загружен случайными, уже ненужными вещами. Тела погибших пассажиров найти не удалось, хотя в других аналогичных случаях морских падений самолетов останки людей, как правило, находились.
Один из водолазов рассказывал журналистам «Известий», проведшим свое собственное и, пожалуй, самое обстоятельное в России расследование: «У меня совершенно четкое впечатление: самолет был начинен мусором, и людей скорее всего не было там. Почему? Ну, вот если разбивается самолет, даже — маленький. Как правило, должны оставаться чемоданы, сумочки, хотя выручки от чемоданов… А там было такое, что, я считаю, не должны везти в самолете нормальные люди. Ну, скажем, рулон амальгамы — как с помойки… Одежда вся, как со свалки — из нее вырваны куски. Или как будто простреленная — пробита во многих местах. Я лично никаких останков не встречал. Мы же месяц почти работали! И — практически ничего. Мало было и носильных вещей — курток там, плащей, туфель — очень мало. А то, что находили, — какое-то рванье! Вот нашли, скажем, россыпь пудрениц. Они остались целыми, открывались. Но, что странно, у всех — разбитые внутри зеркальца. Пластмассовые корпуса абсолютно целые, а зеркальца — все разбитые. Или зонты: все в чехлах, в целых чехлах — даже не надорванных. А сами — измятые, нерабочие… Ножи, вилки покореженные. Это какой же силы удар должен был быть?!»
Не менее интересен рассказ корреспонденту «Известий» начальника водолазной службы производственного объединения «Арктиморнефтегазразведка» Владимира Захарченко: «Глубина там был 174 метра. Грунт ровный, плотный — песок и мелкая ракушка. Безо всяких перепадов глубины. И буквально на третий день мы нашли самолет. У меня было представление такое, что он будет целый. Ну, может, чуть покореженный.. Водолазы зайдут внутрь этого самолета и все увидят, что там есть. Но на самом деле он был очень сильно разрушен — разнесен, что называется, в щепки. Самое крупное, что мы увидели, — несущие конструкции, особо прочные — длина полтора-два метра, ширина 50—60сантиметров. А остальное —разбито на мелкие кусочки… Но самое главное — это не то, что мы там видели, а чего не видели — водолазы практически не обнаружили человеческих трупов, останков»…
Отсутствие тел — это одна из основных загадок гибели «Боинга». У нее может быть два объяснения. Первое — на борту не находилось пассажиров. Но его легко опровергнуть, так как сохранилось немало свидетелей, способных подтвердить наличие пассажиров на борту рейса KAL 007. Второе — опытным южнокорейским пилотам удалось все же посадить «Боинг», и пассажиры были эвакуированы. Это предположение легло в основу еще одной версии событий в районе Сахалина. На наш взгляд, это самая правдоподобная и логически стройная гипотеза.