К концу октября войска Врангеля, занявшие оборону на подступах к Крыму, насчитывали 25–28 тыс. штыков и сабель, свыше 200 орудий, 5 бронепоездов, 20 броневиков и 3 танка.87 Врангель и представители Антанты рассчитывали, что в оборонительных боях на подступах к Крыму им удастся обескровить советские войска Южного фронта и затем нанести им решительное поражение. Полагая, что на подготовку наступления Красной Армии потребуется много времени, Врангель приступил к перегруппировке своих войск.
Однако командование Южного фронта приняло все меры, чтобы не дать возможности Врангелю привести в порядок свои сильно потрепанные войска и закрепиться на перекопских и юшуньских позициях. Было решено, не дожидаясь подхода обозов и тяжелой артиллерии, отставших во время стремительного продвижения советских войск, начать штурм Перекопа и Чонгара.
Первоначально командование фронта намечало нанести главный удар на чонгарском направлении с обходом вражеских укреплений по Арабатской стрелке. Прикрывать советские войска с Азовского моря должна была Азовская военная флотилия, находившаяся в Таганроге. Однако вскоре пришлось отказаться от этого плана. Наступившие морозы сковали Таганрогскую бухту льдами, и Азовская военная флотилия не смогла оттуда выйти. Вследствие этого флотилия противника могла беспрепятственно обрушиться на советские войска, в случае если бы они начали наступление по Арабатской стрелке.
Направление главного удара было перенесено на Перекоп. Для более оперативного руководства наступлением штаб Южного фронта был переведен из Харькова в Мелитополь. Командующий фронтом М. В. Фрунзе выехал непосредственно на боевые позиции. Ознакомившись с обстановкой, 5 ноября он отдал директиву о наступлении.88
Главный удар наносила 6-я армия силами 15-й, 52-й стрелковых дивизий, 153-й стрелковой и одной кавалерийской бригады 51-й дивизии, которые должны были перейти через Сиваш и ударить в тыл перекопских позиций врага. Остальные части 51-й дивизии должны были атаковать Турецкий вал с фронта. С прорывом перекопских укреплений 6-я армия должна была наступать на Евпаторию, Симферополь и Севастополь. Для развития наступления 6-й армии были приданы 2-я Конная армия и отряды Махно, который временно прекратил борьбу против Советской власти и изъявил желание совместно с войсками Южного фронта принять участие в борьбе против белогвардейцев. Общая численность отрядов Махно составляла около 5 тыс. человек.89
На чонгарском направлении должна была действовать 4-я армия. Наступление на чонгарском направлении имело значение вспомогательной операции. Активные действия советских войск на этом направлении должны были отвлечь силы Врангеля с Перекопа.
1-й Конной армии ставилась задача наступать на перекопском направлении. 13-я армия была оставлена в районе Мелитополя в качестве резерва фронта.
Оперативное построение войск Южного фронта было многоэшелонным: первый эшелон составляли 6-я и 4-я армии, второй — 1-я и 2-я Конные армии, третий — 13-я армия. Такое расположение войск позволяло непрерывно наращивать силу удара по врагу и свободно маневрировать.
Первый эшелон имел глубокое построение. Боевой порядок 51-й дивизии, наступающей на перекопские укрепления, состоял из пяти линий-волн. Первую волну составляли разведчики, резчики проволоки и гранатометчики. Они должны были расчистить для пехоты проделанные артиллерией проходы в проволочных заграждениях. Вторая волна — штурмовая, включавшая в себя по два батальона от каждого полка первой линии. Третьи батальоны этих полков составляли третью волну, которая предназначалась для пополнения второй волны при захвате перекопских позиций. Четвертая волна состояла из трех стрелковых полков и имела целью развитие успеха. Наконец, пятая волна, состоявшая из двух кавалерийских полков, предназначалась для преследования противника. В составе второй и третьей волн должны были действовать бронемашины, вооруженные пушками.