Южный фронт выделил для оборонительных работ первое из четырех созданных решением его Военного совета управлений военно-полевого строительства. Его возглавил генерал-майор Новиков. Позднее из-под Одессы сюда было переброшено и 2-е УПВС полковника Шурыгина.
Однако строительство укреплений, центр тяжести которого наконец начал смещаться на перешейки, не означало изменения общего плана обороны Крыма. Для обороны возводимых на Перекопе весьма скромных укреплений не выделялось стрелковых частей.
Наоборот, один из батальонов 106-й СД по требованию командования ЧФ был отправлен в Скадовск для охраны объектов под Николаевым.
Этому были свои причины. Командование ЧФ ввиду неопределенности позиции Ставки по Крыму, не выделившей пока полуостров из ряда других оборонительных рубежей, выработало свое собственное виденье его обороны, сильно переоценивая значение Одессы для обороны Крыма.
13 августа Командующий Черноморским флотом доложил Главнокомандующему Юго-Западного направления Будённому и народному комиссару ВМФ Кузнецову свои соображения о значении удержания Одессы в руках Красной армии. В них Октябрьский прямо связывал возникновение «смертельной угрозы Крыму» с оголением левого фланга полуострова в результате потери города и просил перебросить в Одессу еще 3 стрелковых дивизии.
Однако начало боев за Одессу уже сыграло свою положительную роль в оценке Ставкой становившейся все более очевидной необходимости защищать Крым с суши. Двух стрелковых дивизий Приморской армии и поддерживающей их одной кавалерийской не хватило даже для того, чтобы занять весь периметр обороны города. Для прикрытия Одессы с восточного направления пришлось создавать сводную группу комбрига Монахова, формируя для нее полки из моряков и пограничников.
Весь же Крымский полуостров в это время прикрывался еще меньшим количеством войск — всего двумя стрелковыми дивизиями. Становилось ясно, что сил 9-го стрелкового корпуса для обороны Крыма явно недостаточно.
После обсуждения предложений командующего флотом в Ставке нарком ВМФ сообщил командующему ЧФ, что в переброске дивизий в Одессу отказано, а принято решение о выделении трех дивизий на Перекопский перешеек и о создании в Крыму отдельной армии.
Сплошной аэродром (23 августа — 1 сентября)
Несмотря на создание в начале августа нового плана обороны Крыма, борьба с воздушно-десантным нападением противника по-прежнему являлась одной из основных задач командования войск Крыма. Однако по мере приближения немецких войск к полуострову отношение советского командования к возможности высадки противником воздушных десантов постепенно становилось все более спокойным.
Принятый 23 августа «план борьбы с воздушно-десантным нападением на территории Крыма» делал основной акцент в борьбе с возможными десантными операциями на использование истребительной авиации и истребительных батальонов.
Несмотря на то что в плане по-прежнему говорилось: «борьба с воздушными десантами должна вестись одновременно в воздухе, на земле и на море всеми средствами войсковых частей и мирного населения как днем, так и ночью», организовывалась это борьба теперь совсем иначе, нежели в первые месяцы войны.
Руководство ПВО Крыма, несмотря на оперативное подчинение Черноморского флота армейскому командованию, было возложено командующим на начальника ПВО Черноморского флота, который имел свое отделение при штабе 51-й армии «для руководства наземных войсковых соединений всеми имеющимися в их распоряжении средствами». Общее руководство всеми средствами ПВО Крымского участка осуществлял флагманский командный пункт ПВО ЧФ.
В авиации же единоначалия вводить не стали. Командующим ВВС армии и командующему ВВС ЧФ были установлены зоны действия их авиации.
Весь Крымский полуостров был разделен на девять районов, оборона которых возлагалась на дислоцированные в них соединения и части, истребительные отряды и части береговой обороны Черноморского флота. Ответственность за организацию обороны районов возлагалась на командиров частей, которые должны были в случае высадки воздушных или морских десантов организовать противодействие высадке и оборону занимаемой территории, привлекая к ней местное население.