Отражение массовых налетов авиации противника производилось только по приказу командира истребительного полка, прикрывающего угрожаемый район. При этом самостоятельно командир мог ввести в бой только дежурную эскадрилью. Более крупные силы могли быть введены в бой только по распоряжению командующего ВВС (ЦАМО РФ, ф. 406, оп. 9837, д. 2, л. 27).
Однако такая чрезмерная заорганизованность делала практически невозможным ведение широкомасштабных боевых действий. Поэтому несколько позже, ввиду приближения линии фронта к границам Крыма, было разрешено децентрализованное управление боем. 1 сентября командующий 51-й армией приказал «ввод в действие средств борьбы производить по инициативе частных начальников» (ЦАМО РФ, ф. 406, оп. 9837, д. 2, л. 66).
Решение на вылет, определение состава группы истребительной авиации и расчет встречи с противником для истребительной авиации ЧФ теперь надлежало производить командиру 62-го ИАП, а для истребительной авиации армии — командирам частей. Для истребительной авиации, приданной пунктам ПВО, подобные решения принимали начальники этих пунктов. И только в особых случаях эти решения принимал командующий ВВС армии. Он же осуществлял и боевое управление всей авиацией Крыма при совместном ударе по противнику (ЦАМО РФ, ф. 406, оп. 9837, д. 2, л. 67).
Однако, несмотря на все эти обоснованные и взвешенные меры, полностью избавиться от последствий противодесантной истерии так и не удалось. Командующий 51-й армией генерал-полковник Кузнецов исходил из того, что «центр Крыма — это сплошной аэродром, что точно известно врагу».
Из страха перед угрозой десантирования посадочным способом и из недоверия к собственной системе оповещения начальник штаба 51-й армии генерал-майор Иванов требовал летные поля всех аэродромов «в свободное от полетов время днем и ночью загромождать автомашинами, тракторами и повозками».
Из местного населения, помимо истребительных батальонов, в каждом населенном пункте дополнительно организовывались дружины по уничтожению десанта. Эти дружины должны были нести круглосуточную сторожевую службу, организуя наблюдательные посты на чердаках, крышах и деревьях. В задачу этих дружин также входило создание препятствий на местности, пригодной для высадки посадочных десантов.
В степной части Крыма выполнить подобную задачу, конечно, было невозможно, но дружины сосредотачивались на подходящих участках, наиболее близких к населенным пунктам и важным дорогам. Они перекапывали поля, ставили сломанную технику и даже стога соломы, закрепленные кольями.
В случае обнаружения высаживающегося десанта дружины должны были вступить в бой с противником, стараясь продержаться хотя бы до прибытия истребительных батальонов, в задачу которых входило вести бой с противником до подхода ближайших регулярных частей (ЦАМО РФ, ф. 406, оп. 9837, д. 2, л. 28).
Однако начавшиеся боевые действия показали: несмотря на то что борьба с воздушными десантами являлась одной из основных задач, поставленных перед армией, подготовка наземных войск к отражению ударов авиации противника находится на низком уровне. Наиболее плохо подготовленными оказались стрелковые части. Занятые строительством оборонительных сооружений, они уделяли недостаточно времени организации собственной противовоздушной обороны. Бойцы не знали силуэтов своих и чужих самолетов, опознавательных знаков и сигналов, использующихся собственной авиацией, и были незнакомы даже с основами тактики отражения воздушных налетов.
Ружейно-пулеметный огонь по низколетящим самолетам противника на уровне подразделений организовывался плохо и часто велся с расстояний, на которых являлся малоэффективным. Немецкие самолеты опознавались неуверенно и часто не обстреливались даже при проходе над боевыми позициями на малых высотах. Из-за трудностей с опознанием на средних и больших высотах, наоборот, свои самолеты часто принимались за немецкие.
Чтобы по возможности не повредить свои машины, бойцы, плохо зная их отличительные признаки, часто ориентировались не по типу самолетов, а по направлению, с которого они заходят. Немецкие летчики быстро заметили эту особенность и стали заходить на позиции советских войск с тыловой стороны. Такие удары давали наилучшие результаты и были связаны для противника с наименьшим риском.